大连21世纪一大悬案或将有解：病毒到底是不

发布时间：2020-07-24 来源：大连胃肠医院

21世纪一大悬案或将有解：病毒到底是不是生命？

今天是第477期日报。

CID：病毒是生命吗？（综述）

Clinical Infectious Diseases[IF:8.216]

① 可感染真核细胞的DNA或RNA病毒粒子，或致病或也不引起任何症状；② 潜伏在胞内的人类内源性逆转录病毒（HERV）、前病毒、附加体等，有的可被重新激活，是否致病尚未明确；③ 噬菌体可感染并调节人类菌群，携带许多细菌功能性基因，在免疫系统的成熟中发挥作用；④ 感染阿米巴虫的巨大DNA病毒的发现，引发了对病毒起源、性质和定义，以及生命观的激烈辩论；⑤ 或可视病毒为“病毒细胞”形态的生命，作者甚至认为蛋白、染色质和质粒具有生命力。

Viruses in the 21st Century: From the Curiosity-Driven Discovery of Giant Viruses to New Concepts and Definition of Life

2017-08-01 DOI: 10.1093/cid/cix349

Science：肠道细胞的代谢，调控病原肠杆菌扩张

Science[IF:37.205]

① 平衡的肠道菌群中，一般厚壁菌门和拟杆菌门的专性厌氧菌占优，兼性厌氧的肠杆菌扩张则是微生态失衡的标志；② 丁酸盐下调NOS2的表达、iNOS的合成和上皮产生的氮，宿主通过PPAR-γ感受丁酸盐；③ 菌群诱导的PPAR-γ信号传导，驱动结肠上皮细胞的能量代谢向β-氧化转化，限制肠腔氮的生物利用度；④ 上皮PPAR-γ信号传导缺失促进结肠上皮氧合；⑤ PPAR-γ信号传导与Tregs协同维持结肠细胞缺氧，减少肠杆菌的呼吸电子受体，防止其生态失调性扩张。

Microbiota-activated PPAR-g signaling inhibits dysbiotic Enterobacteriaceae expansion

2017-08-10 DOI: 10.1126/science.aam9949

Science：致病菌长不长，要看肠细胞的代谢方式！

Science[IF:37.205]

① Byndloss等研究发现，丁酸盐通过β-氧化指令结肠细胞消耗氧，避免致病菌扩张，阐明宿主和菌群间的生态平衡机制；② 结肠细胞的代谢决定肠道的健康，β-氧化使肠道保持缺氧状态，维持专性厌氧菌的生长，而抗生素治疗等生态失衡情况下，结肠细胞代谢转为糖酵解，允许致病菌大量生长；③ 丁酸盐激活结肠细胞内的核受体PPAR-γ，抑制NOS2的表达，减少肠腔氮水平，免疫细胞通过G蛋白耦联受体对丁酸盐产生应答；④ 这在未来或许可转化应用于人体。

Gut cell metabolism shapes the microbiome

2017-08-10 DOI: 10.1126/science.aao2202

Microbiome：分娩时的预防性抗生素，不利于婴儿菌群

Microbiome[IF:8.496]

① 超30%孕妇在分娩时使用预防性抗生素（IAP），这或促进婴儿早期肠道菌群失调，对婴儿健康产生影响；② 纳入40名足月阴道分娩婴儿，其中18名婴儿的母亲接收IAP；③ IAP婴儿出生头一周肠道菌群组成模式改变，放线菌和拟杆菌比例降低而蛋白菌和厚壁菌增加，醋酸盐水平增加延缓；④ 在1月大婴儿粪便样品中检测到耐抗生素基因的存在，部分婴儿存在更高水平的β-内酰胺酶编码基因；⑤ IAP影响新生儿早期肠道菌群的建立，减轻相关影响或须在临床考虑。

Impact of intrapartum antimicrobial prophylaxis upon the intestinal microbiota and the prevalence of antibiotic resistance genes in vaginally delivered full-term neonates

2017-08-08 DOI: 10.1186/s40168-017-0313-3

GigaScience：妊娠糖尿病孕妇，肠道菌群有不同！

GigaScience[IF:6.871]

① 收集43例妊娠糖尿病（GDM）患者和81例健康孕妇21-29孕周的粪便样品；② 宏基因组关联研究(MGWAS)鉴定了154837个基因，聚类到129个宏基因组连锁群（MLGs），两组之间的相对丰度有显著差异；③ GDM患者富含吉氏副拟杆菌、克雷伯氏菌等，对照组富含史氏甲烷短杆菌、Alistipes、双歧杆菌和真杆菌；④ GDM富含的MLGs和对照组富含的MLGs的总丰度的比率与血糖水平正相关；⑤ 随机森林模型显示粪便MLGs有很好的区分能力来预测GDM状态。

Connections between human gut microbiome and gestational diabetes mellitus

2017-07-31 DOI: 10.1093/gigascience/gix058

GCNA：针对菌群治克罗恩病？需要让子弹再飞一会！(综述)

Gastroenterology Clinics of North America[IF:2.936]

① 克罗恩病患者的肠道菌群多样性降低，这在患者发病过程中起着重要作用；② 菌群恢复疗法可能用于未来标准疗法中的辅助治疗；③ 通过个体化靶向治疗，如益生菌、细菌组合、甚至是控制饮食，来修改肠道菌群结构或功能，以治疗克罗恩病或许是可行的；④ 目前，对于粪菌移植治疗克罗恩病，还没有安慰剂对照试验的结果报道，因此除研究目的外，不应对克罗恩氏病患者进行粪菌移植；⑤ 更好地了解宿主-菌群互作，将有助于改善对克罗恩病患者的管理。

The Microbiome in Crohn's Disease: Role in Pathogenesis and Role of Microbiome Replacement Therapies

2017-07-19 DOI: 10.1016/j.gtc.2017.05.004

BMC G：克罗恩病患者体内大肠杆菌的基因组分析

BMC Genomics[IF:3.729]

① 将来自10个克罗恩病（CD）患者的28个大肠杆菌分离株（CDEC）与已经公布的CD菌株，及其它致病/非致病菌株的基因组进行比较；② CDEC属于A、B1、B2和D系统进化群，CD患者的炎症肠道由单株大肠杆菌定植；③ 检测的10种CDEC菌株中有8种在系统发育上最接近致病性大肠杆菌；④ 相比共生菌株基因组，CD相关大肠杆菌菌株LF82的质粒和一些操纵子更多存在于CDEC基因组中；⑤ 这些操纵子包括前噬菌体I、铁吸收操纵子I和II、丙二醇及半乳糖醇利用操纵子等。

Genome analysis of E. coli isolated from Crohn's disease patients

2017-07-19 DOI: 10.1186/s12864-017-3917-x

FM：放养母鸡与笼养母鸡的肠道菌群有何不同？

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 收集小母鸡（8周）和成熟产蛋母鸡（30周）的整段小肠和盲肠内容物；② 所有肠内菌群均受喂养方式和年龄的影响，厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门和梭杆菌门是主要组分；③ 相比小母鸡，成熟产蛋母鸡有更多厚壁菌门和拟杆菌门，且后者菌群更丰富；④ 相比于笼养母鸡，自由放养的母鸡有着更丰富的放线菌门、拟杆菌门和变形菌门；⑤ 大多数菌株在小肠中比盲肠中更丰富；⑥ 母鸡肠道中提取的乳酸菌对幼仔生长和空肠绒毛生长有益。

Age-Related Variations in Intestinal Microflora of Free-Range and Caged Hens

2017-07-11 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01310