大连培养狂人：细菌/古细菌/病毒/真菌的培

发布时间：2020-07-23 来源：大连胃肠医院

培养狂人：细菌/古细菌/病毒/真菌的培养，全面开花~

今天是第481期日报。

CID：培养组学的创立者和团队，硕果累累！

Clinical Infectious Diseases[IF:8.216]

① 世界培养组学引领者Didier Raoult和团队全面总结近年成绩；② 利用培养组学，首次从人体培养329种新认知和327种已知细菌，使人体已知细菌类目增加29%；③ 第一次分离4种人体肠道的古细菌，包括2个新种；④ 引领巨型病毒培养方法，已培养100多种病毒并有力表征它们的致病性；⑤ 从白蛉分离了超过70%的可能引起人类感染的白蛉病毒株；⑥ 拓展了人体特别是来自人类肠道的真核生物的培养；⑦ 论证了病原微生物和共生微生物的边界，环境和人体菌群间关系。

Many more microbes in humans: enlarging the microbiome repertoire

2017-08-01 DOI: 10.1093/cid/cix404

COIR：肠道菌群或是系统性红斑狼疮发生的因素

CURRENT OPINION IN RHEUMATOLOGY[IF:4.475]

① 近年来，很多研究关注人类和啮齿类动物的系统性红斑狼疮（SLE）与肠道菌群的相关性；② 两项研究发现SLE患者硬壁菌/拟杆菌门比值低于空白对照组，具体的属或种的丰度差异不一致；③ 小鼠疾病模型的研究显示了微生物组成与疾病状态间的关系，也表明了性别间的差异；④ 当前数据支持微生物与SLE之间存在关联，研究相关性为解释其发病原因以及改善未来的治疗开辟新的途径，仍需深入研究阐明SLE发病机制和疾病的女性倾向，提高诊断和治疗水平。

The gut microbiota: a possible factor influencing systemic lupus erythematosus

2017-04-01 DOI: 10.1097/BOR.0000000000000395

身心医学：生物+心理+社会+生态，理解微生态系统！

PSYCHOSOMATIC MEDICINE[IF:3.863]

① 扩展生物心理社会学（BPS）的概念来概述人类菌群的生态学模式，更好将环境和人为因素作为随着时间推移相互影响的全球性动态系统的成员；② 菌群可从包含BPS领域的生态系统的4个层面来理解；③ 直接的（分子、遗传和神经过程），邻近的（生理、情感和社会融合），媒介的（建筑环境、行为和社会实践），远端的（物理环境、态度和广泛的文化、经济和政治因素）；④ 可根据它们的直接相互作用以及更远端的物理和社会领域来理解菌群和宿主。

Toward a Biopsychosocial Ecology of the Human Microbiome, Brain-Gut Axis, and Health

2017-07-18 DOI: 10.1097/PSY.0000000000000515

Nutrients：应对儿童特应性皮炎，益生元/菌或有用（综述）

Nutrients[IF:3.550]

① 特应性皮炎（AD）的病理生理学受皮肤屏障、遗传易感性、免疫发育、皮肤微生物、环境、营养、药理和心理多因素的复杂影响；② 应用调节肠道微生物的益生元和/或益生菌管理AD，可见阳性或无影响的临床结局；③ 儿童AD管理中，用益生元和/或益生菌的膳食干预比对照膳食相比更有益，仅次于润肤剂和/或局部类固醇治疗；④ 不同研究间异质性较高，现有研究混杂因素过多，为了解膳食干预对儿童AD的潜在作用和相关机制，需更倚重临床随机对照试验。

Role of Microbial Modulation in Management of Atopic Dermatitis in Children

2017-08-09 DOI: 10.3390/nu9080854

FM：对深海岩浆地壳里的微生物，人类有了什么新认识？

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 岩浆海洋地壳是最大的地球生命潜在生境，在这种环境中，岩石-水-微生物反应所支持的微生物活性会影响全球生物地球化学循环；② 对这个系统的微生物学，特别是它的地下深层生物圈成分的理解，传统上受到样本的可用性和质量的限制③ 许多野外和实验室研究项目正在研究一个表达海底地壳热及化学改变的海底热液系统以及这些富含矿物质的流体所支持的微生物群落；④ Frontiers in Microbiology专门编发了相关领域的最新研究进展，推荐前往阅读。

Recent Advances in Geomicrobiology of the Ocean Crust

2017-07-21 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01368

BT：竹炭可减少平板膜生物反应器的污染并增加菌群多样性

BIORESOURCE TECHNOLOGY[IF:5.651]

① 膜污染在全尺寸膜生物反应器中是一个问题；② 添加竹炭（BC）显著提高了COD、NH4+-N、总氮和总磷水平的处理效果；③ 添加BC减慢了跨膜压速率的增加，并导致在平板膜生物反应器中检测到的可溶性微生物产物和细胞外聚合物质的水平降低；④ BC具有多孔结构，通过扫描电子显微镜检测到大量的生物量；⑤ BC增加了菌群多样性，增加了Aminomonas、Anaerofustis、无法培养的厌氧绳菌科、厌氧绳菌属和Anaerotruncus的丰度；⑥ 添加BC可减少膜污染。

Effects of bamboo charcoal on fouling and microbial diversity in a flat-sheet ceramic membrane bioreactor

2017-07-17 DOI: 10.1016/j.biortech.2017.07.084

MBE：通过DNA甲基化图谱分析远古环境（综述）

Molecular Biology and Evolution[IF:6.202]

① 通过重建远古人类尸体的DNA甲基化图谱，鉴定环境应答基因座（ERL）以分析远古人类生存的环境；② 单一ERL可能对多种环境因素变化产生应答；③ DNA甲基化差异与许多外部和内部因素变化有关，疾病、营养、毒素暴露可能影响DNA甲基化组；④ 现代狩猎者与远古人类的DNA甲基化模式相似，与低卡路里摄入（饥饿）相关，说明了在人类由狩猎转向农业生产时，DNA甲基化发生了相应变化；⑤ 对动植物的DNA甲基化研究及重建可研究更早期的地球环境。

Inferring Past Environments from Ancient Epigenomes

2017-07-24 DOI: 10.1093/molbev/msx211

MBE：重组+自然选择导致细菌及真菌的高GC含量

Molecular Biology and Evolution[IF:6.202]

① 碱基组成的改变可能是一个适应性过程，在自然选择下GC含量上升，有研究表明基因中GC含量较高的细菌菌株生长速率较快；② GC偏向性基因转换（gBGC）是一种非适应性过程，在重组过程中基因转换事件出现机械性偏移，从而增加DNA中的GC含量；③ 分析93种细菌和古菌，发现重组等位基因稳定地偏向A和T，重组诱导的AT偏向的量级与突变相似，不伴随选择干预的重组，不足以抵消突变造成的AT偏向性；④ 高GC含量是更多地是由于自然选择造成的。

Impact of recombination on the base composition of Bacteria and Archaea

2017-07-05 DOI: 10.1093/molbev/msx189