大连地球微生物组计划：近3万样本海量数据

发布时间：2020-07-15 来源：大连胃肠医院

地球微生物组计划：近3万样本海量数据震撼发布~

今天是第560期日报。

Nature：“众包”的地球微生物组计划硕果累累

Nature[IF:40.137]

① 2010年启动的地球微生物组计划的首批成果发布，40多个国家的500多名研究者参与其中，已有超过60篇相关文献发表；② 首批成果分析了来自7个大陆、43个国家、17种不同环境的27000余份环境样本中的细菌及古细菌；③ 分别来自于宿主相关环境（动物肠道、动物分泌物/体表/组织、植物）及自由生活环境（含盐环境、非盐水、非盐沉积物/土壤/表面/气溶胶）；④ 研究也有缺陷：基于DNA提取的方法可能在不同样本中造成偏差、缺少假设驱动的实验设计。

CrowdsourcingEarth’s microbes

2017-11-01 DOI: 10.1038/nature24756

Nature：地球微生物组计划的阶段性成果

Nature[IF:40.137]

① 相比于自由生活环境（含盐/非盐环境），宿主相关环境（动物/植物）中微生物丰度降低，植物根系是个例外，根系菌群与土壤菌群类似；② 利用机器学习方法根据微生物组成区分样本来源，准确率91%，土壤、非盐表面、气溶胶、动物分泌物中的微生物较难区别；③ 微生物群落丰度与pH值及温度相关，中性pH值和10℃下，微生物丰度最高；④ 群落的β多样性由turnover（分类群的更替）及嵌套性（获得或失去分类群导致丰度变化）驱动，后者占主导地位。

A communal catalogue reveals Earth’smultiscale microbial diversity

2017-11-01 DOI: 10.1038/nature24621

JCI：首次揭示母乳特定菌株或缓解坏死性小肠结肠炎

Journal of Clinical Investigation[IF:12.784]

① 母乳可缓解及预防坏死性小肠结肠炎（NEC），但机制未知；② 通过将母乳喂养的早产婴儿的菌群移植给无菌小鼠，发现肠道菌群的改变与NEC的缓解相关，而起到缓解作用的可能是丙酸杆菌属中的一个菌株P. UF1；③ 定殖了P. UF1的无菌小鼠对病原体感染的抵抗性增加，与肠道Th17细胞的增加相关；④ P. UF1诱导Th17细胞的能力依赖于其S层表达的二氢硫辛酰基乙酰基转基酶；⑤ P. UF1与其受体树突细胞上的SIGNR1结合，可调节肠道吞噬细胞。

Commensal Propionibacterium strain UF1 mitigates intestinal inflammation via Th17 cell regulation

2017-11-01 DOI: 10.1172/JCI95376

COHA：HIV感染者的肠道菌群改变，或增加骨折风险（综述）

Current Opinion in HIV and AIDS[IF:4.050]

① 与正常人群相比，HIV携带者骨密度（BMD）减低，骨折风险增加；② 肠道-免疫-骨骼轴发生改变，肠道菌群参与免疫表型和炎症环境，通过增加破骨细胞形成性细胞因子，改变BMD及骨量；③ HIV携带者的胃肠菌群和免疫-骨骼轴的相关关系非常复杂，与其非AIDS合并症、慢性免疫活化特征下的骨丢失、炎症相关；④ 抗逆转录病毒治疗开始后的最初48周内，骨分解代谢明显，通过补充益生菌和益生元来改造肠道菌群，是维持骨健康环境可行的办法。

Fractures and the gut microbiome

2017-10-18 DOI: 10.1097/COH.0000000000000425