大连人或动物自身基因，到底如

发布时间：2020-07-28 来源：大连胃肠医院

人或动物自身基因，到底如何影响菌群？

今天是第437期《热心肠日报》。

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TI：一文读懂宿主基因与肠道菌群的极密切关系！(必读综述)

Trends in Immunology[IF:13.287]

2017-06-29

① 本综述总结了宿主基因对肠道菌群组成的影响，重点关注了影响宿主免疫系统的遗传因素是如何塑造肠道菌群的；② 首先总结了不同文献中报道的肠道菌群中可遗传的细菌分类群；③ 并总结了在全基因组水平下的mbQTL mapping研究；④ 已知4类宿主内在分子的遗传变异体与菌群组成相关：TLR、C类凝集素、NOD样受体及接头（adapter）分子⑤ 分析菌群与宿主遗传因素的关联面临着3个主要挑战：环境因素的巨大影响、菌群数据的复杂结构、需要的样本量巨大。

Host Genetics and Gut Microbiome: Challenges and Perspectives

DOI：10.1016/j.it.2017.06.003

关键词：宿主基因

FM：Fut2基因缺陷，小鼠菌群动力学变化剧烈

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

2017-06-08

① FUT2基因编码α-1,2-岩藻糖基转移酶，携带至少一个FUT2功能等位基因的个体称为分泌者，而功能丧失突变的纯合子称为非分泌者；② 非分泌者更易受慢性炎症疾病（如克罗恩病）影响，可能由菌群的改变介导；③ 通过在Fut2缺陷小鼠模型中的研究发现，菌群的组装随时间表现出很大差异，取决于宿主及其上一代的Fut2基因型；④ 进一步确定了菌群随时间变化的特化及稳定化的模式，基因型和生育依赖性的群落模式对扰乱敏感。

Multigenerational influences of the Fut2 gene on the dynamics of the gut microbiota in mice

DOI：10.3389/fmicb.2017.00991

关键词：Fut2基因，组装动力学

Cell子刊：失调的皮肤菌群，可传播并促进感染和炎症

Cell Host & Microbe[IF:14.946]

2017-06-29

① 皮肤利什曼病患者的皮肤菌群失调，表现为葡萄球菌属及/或链球菌属的丰度增加；② 感染了利什曼原虫（L. major）的小鼠表现出相似的皮肤菌群失调，失调依赖于疾病的严重性；③ 皮肤菌群的失调不仅局限在病变部位，还可传播至距离较远的正常皮肤处，甚至可传播至同窝的未感染小鼠的皮肤上；④ 在感染前菌群已失调的小鼠在感染L. major后，皮肤炎症反应加剧；⑤ 皮肤菌群失调不仅仅是组织压力的结果，更可增强炎症反应。

Cutaneous Leishmaniasis Induces a Transmissible Dysbiotic Skin Microbiota that Promotes Skin Inflammation

DOI：10.1016/j.chom.2017.06.006

关键词：皮肤利什曼病，皮肤菌群

NPJBM：粪菌移植后，供体菌群可在个别受体肠道留存2年！

NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]

2017-06-07

① 尽管粪菌移植帮助患者重建正常的肠道菌群功能，但受体体内菌群群落的恢复程度有所差异；② 利用肠道菌群中的独特单核苷酸变异，精确鉴定同一粪菌移植供体的粪便菌群在受体中的定殖及长期留存；③ 将一名供体的粪便菌群移植给7名受体，移植3-6个月后在受体体内鉴定供体菌群；④ 供体菌群在移植后可在其中的2名受体体内可留存2年之久；⑤ 拟杆菌属最容易在受体体内留存，而F. prausnitzii在受体体内相似，但在受体及供体之间差异较大。

Identification of donor microbe species that colonize and persist long term in the recipient after fecal transplant for recurrent Clostridium difficile

DOI：10.1038/s41522-017-0020-7

关键词：粪菌移植

JBS：利用宏蛋白组学分析人体肠道菌群（综述）

JOURNAL OF BIOMEDICAL SCIENCE[IF:2.799]

2017-06-12

① 人体肠道定居着复杂的微生物群，这些菌群因各种内外部刺激而动态变化；② 肠道菌群对人类健康起着重要的功能性作用，其平衡被打乱会引起疾病和癌症等有害结局，描述其特点是了解其对人类健康和疾病的基础；③ 宏蛋白质组学，即收集所给样品的微生物的全部蛋白质进行研究，是提供关于微生物功能性方面的详细信息的新兴研究；④ 本文总结了利用宏蛋白质组学研究肠道菌群功能性作用的进展，概括其粪便样本的研究方法，讨论了其研究前景和方向。

Metaproteomic analysis of human gut microbiota: where are we heading?

DOI：10.1186/s12929-017-0342-z

关键词：宏蛋白质组学，多组学

NPJBM：研究牛皮癣相关皮肤菌群，分析到菌株水平很必要！

NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]

2017-06-22

① 银屑病（牛皮癣）与皮肤菌群失调相关；② 本文对28名银屑病患者的病灶皮肤及健康皮肤进行采样；③ 病灶皮肤菌群的多样性下降，葡萄球菌增加，但总体来说在物种水平上病灶皮肤与健康皮肤无显著差异；④ 更精细的物种水平分析发现，病灶皮肤与健康皮肤之间存在菌株异质性定殖及功能性差异；⑤ 结果表明，皮肤菌群中的隐藏多样性及菌株水平的变异是银屑病皮肤菌群的关键决定因素，菌株水平的分析是必需的，特别是在鉴定治疗靶点时。

Unexplored diversity and strain-level structure of the skin microbiome associated with psoriasis

DOI：10.1038/s41522-017-0022-5

关键词：银屑病，皮肤菌群，菌株水平

FCIM：口腔菌群间特殊的竞争和协作交互作用

Frontiers in Cellular and Infection Microbiology[IF:4.300]

2017-06-07

① 为研究功能化合物对口腔细菌的联系和影响，本文分析15种口腔细菌的细胞表型；② 碳、氮和多肽倾向于减少所有致病菌的呼吸活动，但不显著；③ 24h和48h，所有化合物都未显著增加致病菌活性；④ 致病菌的代谢物需求不同，表明其呼吸活动可能不受集体调节；⑤ 流式细胞术说明Biolog plate计数法不能直接反应细菌数量；⑥ 损伤细胞膜可能不影响整体呼吸活动；⑦ 证实了口腔菌群间的竞争和协作交互作用，可作为健康状况的标志或作为调节口腔环境的靶标。

In vitro Increased Respiratory Activity of Selected Oral Bacteria May Explain Competitive and Collaborative Interactions in the Oral Microbiome

DOI：10.3389/fcimb.2017.00235

关键词：口腔致病菌，健康相关菌，共生菌，表型微阵列，呼吸活动，多元统计分析

EM：Patescibacteria中DNA损伤诱导网络的比较基因组学

Environmental Microbiology[IF:5.395]

2017-06-15

① Patescibacteria的基因组较小，推测其为共生或寄生的生活方式；② 结合生物信息学和体外方法，描述Patescibacteria超门中应对DNA损伤的SOS转录应答；③ 利用比较基因组学方法，鉴定并确认SOS转录抑制因子LexA的新结合基序，描述Patescibacteria中SOS调控网络的保守元件；④ Patescibacteria LexA结合基序具有独特的直接重复结构，不同酸杆菌LexA蛋白质之间具有相似的序列和结构；⑤ 揭示了共同核心SOS网络，LexA调控其他核心SOS功能予以补充。

Comparative genomics of the DNA-damage inducible network in the Patescibacteria

DOI：10.1111/1462-2920.13826

关键词：宏基因组学，遗传学多样性，比较基因组学，SOS调控网络，转录抑制因子LexA