大连神奇相似分子，在胰岛细胞致病，在肠道

发布时间：2020-07-17 来源：大连胃肠医院

神奇相似分子，在胰岛细胞致病，在肠道细菌治病~

今天是第548期日报。

Cell：肠道细菌通过模拟胰岛细胞抗原表位，以抑制结肠炎！

Cell[IF:30.410]

① 肠道拟杆菌属中的某些物种表达的整合酶基因中，编码低亲和力模拟表位；② 其模拟的是胰腺β细胞上被CD8+ T细胞识别的自身抗原IGRP206-214，这样的识别促进β细胞损伤和1型糖尿病；③ 通过在无菌小鼠中定殖整合酶正常/缺陷的拟杆菌属细菌，明确模拟表位促进肠道招募致糖尿病CD8+ T细胞；④ 这些交叉反应性CD8+ T细胞通过整合素b7、MHCI、穿孔素依赖性途径，靶向肠道中树突状细胞而抑制结肠炎；⑤ 人外周血中的T细胞同样可识别拟杆菌属的整合酶。

A Gut Microbial Mimic that Hijacks Diabetogenic Autoreactivity to Suppress Colitis

2017-10-19 DOI: 10.1016/j.cell.2017.09.022

Nature：DNA测序的40年（综述）

Nature[IF:40.137]

DNA测序发展40年以来经历了三代更新：桑格测序、大规模并行测序、实时单分子测序；① 随着技术更新，从1977年首次获得噬菌体的基因组信息，到2001年完成人类基因组测序，再到如今可完成各物种的上百万个基因组测序；② DNA测序技术已应用于基因组从头组装、个体基因组测序、非侵入式诊断等领域；③ 未来，DNA测序将在基因组多样性、种群规模的重测序、发育生物学、实时便携式感应器等领域发挥重要作用。④ DNA测序的影响将相当于或超过显微镜。

DNA sequencing at 40: past, present and future

2017-10-11 DOI: 10.1038/nature24286

NC：女性生殖道菌群特征及其与子宫疾病的关联

Nature Communications[IF:12.124]

① 收集110名育龄女性的生殖道菌群，通过16S rRNA测序及培养法进行分析；② 子宫颈管、子宫、输卵管及腹膜液中的菌群群落存在差异，且与阴道菌群不同；③ 提示女性生殖道并不是一个无菌环境，且生殖道菌群是一个连续体；④ 年龄、初次性行为时间、月经周期持续时间、是否生育等因素影响生殖道菌群；⑤ 鉴定出与月经周期相关的微生物分类群及潜在功能，⑥ 在因子宫内膜异位而导致子宫腺肌症或不孕症的个体中，鉴定出过表达的微生物分类群。

The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases

2017-10-17 DOI: 10.1038/s41467-017-00901-0

PNAS：“看到”肠道细菌的空间分布

PNAS[IF:9.661]

① 肠道菌群在肠道中的空间组织影响了菌群的演替、群落稳定性、互养关系及面对扰动时的恢复力；② 从人类肠道细菌中选取15株已测序菌株，具有系统发育学多样性，将菌株混合物移植给限菌小鼠；③ 移植混合菌株菌群的小鼠喂食富含多糖的饮食，利用原位杂交及光谱成像分析，检测各菌株在小鼠肠道内的空间组织；④ 与黏蛋白或食物颗粒的亲和力差异造成了不同菌株在肠道中的空间分布差异，差异表现在微米级别的尺度上。

Spatial organization of a model 15-member human gut microbiota established in gnotobiotic mice

2017-09-12 DOI: 10.1073/pnas.1711596114

Cell：手把手教你如何开展微生物组研究（新手必读）

Cell[IF:30.410]

① 微生物组研究涉及大数据的获取、统计学分析和建模；② 主要步骤：实验设计、开展实验（获取/保存样本、提取DNA、PCR扩增、测序）、测序分析（过滤及标准化、OTU分析）、多样性分析（可视化、分类及聚类、建模）、向数据库提交标准化数据；③ 以基于16S rRNA基因测序的菌群多样性分析为重点，介绍上述研究步骤中的常用方法和注意事项，并推荐常用的数据分析软件，为不熟悉微生物组研究方法的科研人员提供参考。

Conducting a microbiome study

2014-07-19 DOI: 10.1016/j.cell.2014.06.037

AJCN：一天中，肠道菌群及其功能随时间和饮食行为而变化

American Journal of Clinical Nutrition[IF:6.926]

① 为研究人类肠道菌群及其代谢产物和一天的时间、饮食行为之间的关系，对来自28名健康男女的77份粪便样本进行分析；② 一天中，乙酸、丙酸和丁酸的浓度随时间降低；③ 35%细菌OTU与时间有关，肠道菌群与进食频率、早间能量消耗和夜间禁食时间长短有关；④ 肠道菌群的组成和功能随一天时间的推移而变化，可能与人昼夜节律、微生物群落本身或饮食行为有关；⑤ 进食时间和夜间禁食时长可预测菌群丰度，但需纵向干预研究来确定其因果关系。

Time of day and eating behaviors are associated with the composition and function of the human gastrointestinal microbiota

2017-09-27 DOI: 10.3945/ajcn.117.156380

Microbiome：影响狗狗皮肤菌群的因素

Microbiome[IF:8.496]

① 选取35只年龄、遗传背景、活动环境相似的狗，分析皮肤菌群组成；② 个体特征主要影响了皮肤菌群的组成及结构，其次是皮肤区域，主要为γ-变形菌纲及芽孢杆菌纲；③ 不同皮肤区域的细菌与其接触的环境相关，并可反映出该个体该处皮肤的环境暴露程度；④ 网络分析显示，下巴、腹部、腋窝及肛周之间的皮肤菌群存在互作；⑤ 出生的季节及在狗窝中待的时间影响皮肤菌群，鞘氨醇单胞菌驱动了这些差异；⑥ 性别差异也影响了部分皮肤区域中的菌群组成。

Individual signatures and environmental factors shape skin microbiota in healthy dogs

2017-10-13 DOI: 10.1186/s40168-017-0355-6

FP：针对特定疾病，更好设计饮食建议的分析方法

Frontiers in Physiology[IF:4.134]

① 通过对大规模基因表达数据集及基于网络的拓扑特性进行分析，鉴定出饮食与疾病的关联；② 鉴定出在485对饮食-疾病关联中，饮食可抑制疾病的发展，以及472对饮食-疾病关联中，疾病状态下应避免该种饮食；③ 桔子、乳清蛋白、椰子脂分别对于牛皮癣、肺腺癌、老年黄斑变性有益；④ 对于慢性间歇低氧及卵巢癌患者，应尽量避免食用富含果糖的饮食；⑤ 与疾病呈负相关的饮食，表现出与药物相似的拓扑优先级。

Designing Dietary Recommendations Using System Level Interactomics Analysis and Network-Based Inference

2017-09-28 DOI: 10.3389/fphys.2017.00753