大连横空出世：新方法检测菌

发布时间：2020-07-27 来源：大连胃肠医院

横空出世：新方法检测菌群，像验血般快速又准确！

今天是第448期日报。

MSM：快速实时分析菌群，可用流式细胞术！(综述)

Molecular Aspects of Medicine[IF:5.686]

① 菌群分析的现有方法主要是测序，但技术及数据分析相对复杂、耗时以及高成本阻碍了其在临床菌群分析中的应用；② 创新的流式细胞术仅利用三个参数，即可提供基于单细胞的高维数据，而系统中的每个细胞都足以用于高灵敏实时表征整个群落特征；③ 相关改进主要包括实验流程的改进，以及受宏观生态学启发而特别开发的生物信息学工具；④ 新方法高效而准确，未来甚至可用于疾病和健康相关微生物组的实时监测，分析菌群会变得如验血般简单而有用。

Personalized microbiome dynamics - Cytometric fingerprints for routine diagnostics

2017-06-29 DOI: 10.1016/j.mam.2017.06.005

PLoS CB：成功分析菌群中低丰度物种互作的新方法！

PLoS Computational Biology[IF:4.542]

① 大多数针对人体肠道菌群组成的分析只关注了高丰度物种，数量巨大的低丰度物种常被忽视；② 使用一种基于布尔运算的新型分析方法，可研究人体肠道菌群中的低丰度物种之间的共生模式；③ 利用动态布尔网络模型对模拟数据进行校准，分析包含了人体肠道中822种菌群组成的新数据集，结果可靠；④ 这些低丰度物种之间存在大量协同相互作用，以及一些孤立的竞争性相互作用。

Boolean analysis reveals systematic interactions among low-abundance species in the human gut microbiome.

2017-06-22 DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005361

JTEH：霉菌毒素如何影响黏液和肠道菌群（综述）

JOURNAL OF TOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL HEALTH-PART B-CRITICAL REVIEWS[IF:5.815]

① 霉菌毒素是真菌产生的次级代谢产物，包括脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）、玉米烯酮（ZEN）、赭曲霉素A（OTA）、伏马菌素B1（FB1）、黄曲霉素B1（AFB1）和棒曲霉素（PAT），② 霉菌毒素可诱导小肠上皮坏死，显著影响上皮细胞完整性和功能，粘液和菌群是饮食霉菌毒素作用的关键靶点；③ 霉菌毒素干扰肠道屏障的完整性，通过影响肠道上皮、粘液和菌群之间的交流而干扰肠道稳态；④ 霉菌毒素对粘液和菌群的不良作用是个体化的，与肠道成分紧密相连。

Impact of mycotoxins on the intestine: are mucus and microbiota new targets?

2017-06-21 DOI: 10.1080/10937404.2017.1326071

AJRCCM：婴儿呼吸道菌群的成熟受何因素影响？

American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine[IF:13.204]

① 112例婴儿入组，采用16S-rRNA基因扩增子测序，11个连续采样时间点，每例婴儿最多三个RTIs样本，总计1121份样本；② 采用菌群为基础的机器学习算法，发现出生后一年内呼吸道感染（RTIs）数目高的婴儿自出生后一个月即表现出菌群发育轨迹异常；③ 菌群成熟过程的改变，与菌群稳定性下降相关，呼吸道菌群数异常发育轨迹的独立驱动因素为分娩方式、婴儿喂养、拥挤和近期抗生素的使用；④ 环境驱动因素影响菌群发育，发生RTIs的顺应性。

Maturation of the Infant Respiratory Microbiota, Environmental Drivers and Health Consequences: A Prospective Cohort Study

2017-06-30 DOI: 10.1164/rccm.201703-0554OC

ERAIT：呼吸道菌群与下呼吸道疾病（综述）

Expert Review of Anti-Infective Therapy[IF:3.139]

① 呼吸道庇护着一系列复杂的生态龛位，其中含有独特却又互相关联的细菌群落；② 越来越多的证据表明，呼吸道菌群与下呼吸道感染性疾病及相关状况相关，然而大多数相关研究都是样本量较小的横断面分类学研究或病例对照研究；③ 亟需借助宏转录组学及代谢组学进行大型前瞻性项目研究，以阐明呼吸道菌群对健康相关状况的影响；④ 也应该建立样品采集、文库构建、测序技术及数据分析的标准化流程。

Respiratory microbiota and lower respiratory tract disease

2017-06-29 DOI: 10.1080/14787210.2017.1349609

Pediat Res：婴儿来自不同医院，菌群中可动遗传因子各异！

Pediatric Research[IF:2.882]

① 早产儿肠道菌群易受不同生物和非生物因素的影响；② 收集来自3个不同医院的62名早产婴儿的粪便，包括患有坏死性小肠结肠炎（NEC）的婴儿;③ NEC阳性和阴性婴儿的菌群组成有显著差异，不同医院的婴儿菌群组成也有显著差异；④ 一个操作分类单元（OTU）分别与NEC和出生体重呈显著正相关和负相关，与分娩方式无显著关联；⑤ 宏基因组分析发现可动遗传因子（MGEs）与毒性基因的可结合质粒水平高，质粒标记基因在医院和NEC阳性婴儿中显著不同。

Hospital association of the gut microbiota mobilome in preterm infants

2017-06-30 DOI: 10.1038/pr.2017.146

NEJM：超重和肥胖对全球卫生产生不利影响！

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 全球疾病负担（GBD）研究结果提示，全球性肥胖流行病学逐渐恶化，对生理卫生和卫生经济学产生不利影响；② 收集195个国家的数据，自1980年以来，肥胖的发病率翻倍，目前5%儿童和12%成年人肥胖，2型糖尿病的全球发病趋势相似；③ 经过危险因素管理等之后，肥胖人群生活得更健康、更长寿，发病率增加，死亡率下降，负担则新增；④ 需要改进有效的持续性监测系统、多样化人群的分组、自然实验研究的平台，在全球和国家层面，制订不同的政策。

Global Health Effects of Overweight and Obesity

2017-07-06 DOI: 10.1056/NEJMe1706095

JFF：或可降低动脉粥样硬化风险的菌株

Journal of Functional Foods[IF:3.144]

① 动脉粥样硬化是心脑血管疾病的诱因，以健康志愿者为对象，研究动物双歧杆菌乳双歧亚种LKM512株对结肠三甲胺（TMA）及动脉粥样硬化相关标志物的影响；② 27个健康受试者，平均年龄47.1岁，分为2组，分别服用益生菌和安慰剂，持续12周；③ 益生菌组粪便三甲胺浓度、BMI指数、血清TNF-α水平显著降低；④ 梭状芽孢杆菌、梭菌目、毛螺菌科的相对丰度及产TMA菌的丰度比安慰剂组低；⑤ LKM512通过降低肠道菌群产生的TMA，降低动脉粥样硬化风险。

Bifidobacterium animalis subsp. lactis LKM512 reduces levels of intestinal trimethylamine produced by intestinal microbiota in healthy volunteers: A double-blind, placebo-controlled study

2017-07-03 DOI: 10.1016/j.jff.2017.06.032