大连关注宏观尺度下菌群与环境的相互作用

发布时间：2020-05-12 来源：大连胃肠医院

关注宏观尺度下菌群与环境的相互作用

今天是第1147期日报。

EcoFABs：通过标准化的装配生态系统推进微生物组科学

Nature Methods[IF:28.467]

① 微生物群落社区迫切需要开发一些广泛接受的标准化微生物生态系统，并结合标准化工作流程，计算工具，数据标准和计算模型；② 这种可重复的装配生态系统（fabricated ecosystems，EcoFABs）将使相关研究可以被不同的科学家复制，平衡研究的再现性和相关性；③ 目前可用于宿主-微生物相互作用的实验系统包括微生物恒化器、慢性伤口生物膜模型和organ-on-a-chip系统等；④ 这些现有和未来开发的标准微生物生态系统将推动微生物组科学的研究。

EcoFABs: advancing microbiome science through standardized fabricated ecosystems
06-21, doi: 10.1038/s41592-019-0465-0

【主编评语】解析微生物互作的生态学基础是人类得以操控菌群的重要前提。然而，当前大多数情况下，科学家缺乏标准化和可重复的模式微生物群落，这阻碍了微生物生态学一般规律的发现。在本研究中，作者提出装配生态系统的概念，指出了用这类标准化的模式系统进行生态学研究的重要价值。（@高春辉）

气候变化背后的微生物学问题和展望

Nature Reviews Microbiology[IF:34.648]

① 气候变化会影响环境中微生物的多样性和功能，包括海水酸化、全球变暖等，冻土和草原等敏感区域将首当其冲；② 为了减轻气候变化的影响，需要有针对性的采取诸如遏制污染、减少排放、增加土壤碳固定和开展生态系统工程等干预措施；③ 目前的观测数据的时空尺度仍然有限，微生物组研究产生的细节与宏观尺度上的气候模型仍然存在脱节；④ 生态基因组学面临巨大挑战，需要弄清自然系统的哪些组成部分才是决定特定气候因子的关键。

Climate change microbiology - problems and perspectives
06-01, doi: 10.1038/s41579-019-0178-5

【主编评语】在整个地球的生命史中，微生物存在的时间最长，微生物群落一直在改变气候，并且已经被气候所改变。了解环境微生物组在气候变化时如何响应、适应和演变，是我们认识气候 - 生态系统互馈能力的关键。（@高春辉）

综述：捕食在调节土壤微生物组中的重要作用

Trends in Microbiology[IF:11.974]

① 土壤中的捕食者可以通过选择性或非选择性的摄食行为调节微生物群落的结构（例如多样性）和功能（例如微生物矿化作用）；② 直接捕食者包括原生动物、线虫、微型节肢动物和腐食性土壤动物等，体型上从几毫米到几厘米不等；③ 顶级捕食者可以消耗直接捕食者，对土壤微生物产生间接影响，这个级联效应的作用通常会被忽视；④ 气候变化可以影响捕食关系，导致真菌的过度增殖；⑤ 总体上，捕食、植物和土壤性质是调节土壤微生物组的关键因素。

Trophic Regulations of the Soil Microbiome
05-25, doi: 10.1016/j.tim.2019.04.008

【主编评语】土壤微生物组调节重要的生态系统功能，然而我们才刚刚开始了解调节土壤微生物组的因素。当前，捕食在推动土壤微生物组结构和功能方面的作用仍未得到足够重视。在这里，作者回顾对土壤中微生物捕食者如何影响和塑造土壤微生物组的群落结构和功能。最后，作者强调土壤微生物组的结构和功能取决于捕食、植物和土壤理化性质之间的相互作用。（@高春辉）