大连病毒组：容易被忽视的人体微生物 热心
病毒组：容易被忽视的人体微生物
今天是第952期日报。
Nature子刊：DOCK8缺陷患者的皮肤病毒组变化
Nature Medicine[IF:32.621]
① DOCK8缺陷是一种罕见的原发性人类免疫缺陷，以皮肤及全身的复发性感染、特应性及癌症易感性增加为特征；② DOCK8编码了一种高表达于淋巴细胞中的鸟苷酸交换因子，后者可调节肌动蛋白细胞骨架，对淋巴细胞在富含胶原的组织中的迁移十分关键；③ 对27名DOCK8缺陷患者的皮肤样本进行深度宏基因组测序，发现：相比于健康人，患者皮肤中的真核病毒显著增加，多样性也显著升高；④ 并鉴定出上百种新型乳头瘤病毒基因组。
Expanded skin virome in DOCK8-deficient patients
11-05, doi: 10.1038/s41591-018-0211-7
【主编评语】来自Nature Medicine上发表的一项最新研究结果，在27名DOCK8缺陷患者中，分析了患者的皮肤病毒组组成及多样性，并鉴定出了上百种新型病毒基因组，同时对比了患者与健康人的皮肤病毒组差异。（@沈志勋）
Cell子刊：揭秘人肠道中最多的病毒crAss样噬菌体
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 从702份人粪便细菌组/噬菌体数据中发现249个crAss样噬菌体基因组，大幅扩展了已知的crAss样噬菌体基因组信息；② 这些crAss样噬菌体可被分为4个候选亚科，共包含10个候选属，显示出高度多样性；③ 一名样品提供者的粪便中同时存在7种不同的crAss样噬菌体；④ 离体粪便发酵技术可扩增crAss样噬菌体，并可在电子显微镜下看到短尾的噬菌体病毒粒；⑤ crAss样噬菌体衣壳蛋白的质谱分析结果符合高通量测序数据，验证了对该噬菌体结构注释的准确性。
Biology and Taxonomy of crAss-like Bacteriophages, the Most Abundant Virus in the Human Gut
10-25, doi: 10.1016/j.chom.2018.10.002
【主编评语】crAss噬菌体是人体肠道中最多的病毒，但相关基因组数据并不丰富。本研究通过组装粪便病毒组/噬菌体组数据，很大程度上填补了基因组数据匮乏的空缺，证明了crAss噬菌体在人体肠道中的丰富性和多样性，并且通过离体培养观察到了病毒结构。本研究对探索crAss噬菌体与肠道菌群的互作，以及对人体健康的影响具有借鉴作用。（@小肠君）
Nature子刊：人体肠道中的一类常见噬菌体ΦCrAss001
Nature Communications[IF:12.353]
① CrAssphages是一种广泛且普遍存在的尾噬菌体家族，可能会感染拟杆菌目的细菌；② 从人类粪便中分离出了CrAssphage (ΦCrAss001)，该噬菌体可感染人肠道中的Bacteroides intestinalis；③ 该噬菌体基因组是环状的，大小为102?kb，具有特殊的结构特征；④ 电子显微镜观察证实ΦcrAss001具有类似短尾病毒样的形态；⑤ 尽管没有明显的溶原性基因，ΦcrAss001以不破坏宿主细菌增殖的方式复制，并且能够在数周的连续宿主培养期间维持自身。
ΦCrAss001 represents the most abundant bacteriophage family in the human gut and infects Bacteroides intestinalis
11-14, doi: 10.1038/s41467-018-07225-7
【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，从人粪便中分离出了一种可感染拟杆菌目细菌的噬菌体ΦCrAss001，并对其基因组大小、基因组结构、病毒形态、复制方式等进行了细致分析。（@沈志勋）
温和噬菌体发展前景（综述）
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