大连Nature：如何精细调控外来菌株在肠道内的

发布时间：2020-06-27 来源：大连胃肠医院

Nature：如何精细调控外来菌株在肠道内的定殖？

今天是第741期日报。

Nature：改造菌株+配套营养支持=可精细调控的菌株定殖

Nature[IF:40.137]

① 向拟杆菌菌株中转化可利用紫菜聚糖的罕见基因位点，使之能利用紫菜聚糖作为碳源；② 通过喂食紫菜聚糖，在小鼠肠道中形成一种独有的代谢生态位，以供这种改造的外源菌株独享，使该菌株可以在含有不同肠道菌群的小鼠中成功植入；③ 调节紫菜聚糖的喂食剂量，可精细调控该菌株在小鼠肠道内的丰度，且该效果可逆；④ 这种靶向的膳食营养支持，足以使改造的外源菌株与已在小鼠结肠隐窝内定殖的同基因型菌株竞争，并取代后者。

An exclusive metabolic niche enables strain engraftment in the gut microbiota

05-09 DOI: 10.1038/s41586-018-0092-4

港大团队：幽门螺旋杆菌根除治疗与老年人较低的胃癌发病率相关

Gastroenterology[IF:18.392]

① 收集2003-2012年间接受幽门螺旋杆菌（Hp）根除治疗的患者的随访记录，分析Hp根除治疗对胃癌发病率的影响；② 共分析73237名接受过Hp根除治疗的患者，200人（0.27%）在随访期间患上胃癌；③ 在60岁以上的老年人中，相比于未接受过Hp根除治疗的群体，接受过Hp根除治疗的群体的胃癌发病率显著降低；④ 但对于更年轻的群体，两组间的胃癌发病率无显著差异；⑤ 接受Hp根治治疗10年以上之后，40岁以上的群体的胃癌发病率显著降低。

Effects of Helicobacter PYLORI Treatment on Incidence of Gastric Cancer in Older Individuals

03-14 DOI: 10.1053/j.gastro.2018.03.028

Nature Reviews：多糖互作如何影响细菌的致病性（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 病原菌与宿主之间的互作与二者间多糖的特异性结合密切相关；② 大肠杆菌、幽门螺杆菌和链球菌等分泌的凝集素介导其在宿主细胞表面吸附、定殖，决定其在宿主细胞和组织的嗜性；③ 细菌可识别、模仿、修饰和代谢宿主的多糖成分，促进其生存和免疫逃逸的同时还可诱发自身免疫疾病；④ 宿主多糖常常还是细菌毒素的作用靶标，在细菌致病过程中发挥重要作用；⑤ 凝集素/多糖/黏蛋白微阵列芯片和计算方法等糖组学手段的发展推动了多糖相互作用的研究。

Glycointeractions in bacterial pathogenesis

04-19 DOI: 10.1038/s41579-018-0007-2

菌群研究助力农业发展

Nature Plants[IF:10.3]

① 优化和最大化利用农业生物系统中菌群的作用，是发展可持续农业的必要条件；② 植物相关菌群的定殖受优先效应调控，因此在育种和发芽期的调节将会更加高效；③ 这包括募集功能菌、抑制病原菌和农业害虫、强化核心菌群等3个过程，借助多学科交叉的研究策略可优化农业生态系统的菌群功能；④ 微生物网络分析等技术帮助确定核心菌群的成分，微流体、自动化机器人农场和AI技术则帮助我们筛选和设计核心菌群，并检验不同组合的核心菌群的作用。

Core microbiomes for sustainable agroecosystems

04-30 DOI: 10.1038/s41477-018-0139-4

菌群纵向传播维持植物共生功能体的延续

Microbiome[IF:8.496]

① 植物通过将菌群传播给后代来确保有益共生体的存在；② 以无性系植物欧活血丹作为模型研究母体和后代植株的根部菌群，发现多数母体植物的共生细菌和真菌垂直传播给后代，但不传播古菌；③ 传播菌群的丰富度较低，说明存在菌株筛选过程；④ 传播菌群在子代植株间相似度高，组成了一个特定的可遗传微生物群，有助于理解植物共生功能体；⑤ 距离母株的距离和生长时间显著影响传播菌群的丰富度；⑥ 菌群传播极大地推动了植物-菌群共生体的建立和运作。

A microorganisms' journey between plant generations

04-26 DOI: 10.1186/s40168-018-0459-7

建模研究单宿主的菌群动态变化

Microbiome[IF:8.496]

① 新开发的研究菌群短期动态的模型，可结合环境菌群形成和从亲代获取菌群的中性过程，并整合宿主的莫兰族谱模型，可在单一宿主世代内研究菌群进化的动态；② 研究结果表明宿主群体中菌群的中性动态受到传播模式和共享环境的强烈影响；③ 宿主内的菌群多样性随环境影响的增加而增加，宿主间的菌群多样性随亲代影响的增加而增加；④ 整个宿主群体中的菌群多样性表现出显著的时间稳定性，与菌群获取模式和亚群结构无关。

Neutral models of short-term microbiome dynamics with host subpopulation structure and migration limitation

04-27 DOI: 10.1186/s40168-018-0464-x

蜂类肠道菌群基因操作的合成生物学工具

ACS Synthetic Biology[IF:5.382]

① 基因操作工具BTK可在泛宿主性质粒上模块化组装多种基因，可以快速检验新菌株中多种耐药标记、启动子、荧光报告蛋白和其他编码序列；② BTK可用于操作蜜蜂和大黄蜂肠道内固有的变形杆菌，在一系列肠道菌中表达荧光蛋白，可以直观的显示这些标记菌株在蜂肠道内的定植情况；③ BTK可参与CRISPR干扰，抑制特定菌株的基因表达；④ BTK参与Cas9介导的基因敲除，证明目标黏蛋白基因对菌株定植很重要；⑤ BTK可用于环境菌群的基因操作。

Genetic engineering of bee gut microbiome bacteria with a toolkit for modular assembly of broad-host-range plasmids

04-02 DOI: 10.1021/acssynbio.7b00399

肠道菌群影响小神经胶质细胞功能

Developmental Cell[IF:9.174]

① 小神经胶质细胞（MG）是位于大脑的巨噬细胞，影响大量生理过程的同时被外周因素影响，是唯一可替换的脑细胞；② 性别和菌群会影响MG的功能，但机制尚不明确；③ 近期一项研究通过对比不同性别及发育阶段小鼠的MG细胞转录组，发现性别因素在成年期对MG影响较大，雌性更为明显；④ 而无菌小鼠的性别因素对MG影响不大，说明性别特异性菌群会影响MG发育；⑤ 需进一步研究菌群对脑膜免疫的影响、脑膜免疫对MG的影响，明确影响MG稳态的关键调控因子。

Sex, Gut, and Microglia

01-22 DOI: 10.1016/j.devcel.2018.01.003