大连4月，最值得看的30篇菌群文献！ 热心肠
4月，最值得看的30篇菌群文献！
今天是第731期日报。
一图读懂：人体菌群研究的阶段性总结（Nature医学必读综述）
Nature Medicine[IF:29.886]
① 人体菌群已证实与多种疾病相关，菌群研究正从描述和关联性研究，向机制和应用性研究转变；② 每个人高度个性化的菌群受许多因素共同影响：发育早期的遗传和免疫互作、所处身体部位、饮食、抗生素、生活方式；③ 人体菌群不断发生着动态变化，弹性和稳定性在不同时间尺度上并存，菌群的变化率存在个体差异；④ 研究菌群在疾病中的作用机制应注意：深入菌株层面，在人群研究中鉴定疾病相关菌群特征并用动物实验验证，菌群本身可作为疾病标志物。
Current understanding of the human microbiome
04-10 DOI: 10.1038/nm.4517
一图读懂：婴儿肠道"先锋细菌"的来源和重大生态学意义！(Nature Reviews必读综述)
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]
① 细菌扩散、分化、漂变和选择这4个生态过程驱动婴儿肠道菌群的建立；② 优先效应指的是，细菌扩散进入肠道的时间和顺序，会改变其余3个生态过程对婴儿肠道菌群建立的影响，或对宿主健康带来长期影响；③ 优先效应受区域性物种集的影响，后者由大量局部性物种组成，包括宿主相关和其他菌群；④ 今后的研究需将细菌扩散的顺序和时间作为变量，引入实验模型的建立和分析；⑤ 若细菌扩散的顺序不可知，应当记录与菌群变化相关的环境变量。
Role of priority effects in the early-life assembly of the gut microbiota
01-24 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.173
Science：一文+一图读懂菌群在癌症免疫治疗中的作用（必读综述）
Science[IF:37.205]
① 菌群可产生毒性/致癌性代谢产物，或通过引起炎症或免疫抑制，直接或间接地调控肿瘤的发生、进展和治疗的疗效；② 使用抗生素可削弱免疫检查点抑制剂的疗效，有些细菌能代谢抗癌药促进肿瘤化疗耐药性，菌群多样性和特定菌种丰度（如双歧杆菌、Akk菌）也影响抗肿瘤疗效；③ 菌群干预或可成为抗肿瘤疗法，利用粪菌移植或可改善肿瘤免疫治疗；④ 需考虑：如何选择供体、潜在的致病菌传播、合适的样本条件和储存、粪菌移植次数、细菌联合类型等。
The microbiome in cancer immunotherapy: Diagnostic tools and therapeutic strategies
03-23 DOI: 10.1126/science.aar6918
Nature Reviews：肠道菌群影响肿瘤免疫监视和免疫疗法效果（观点）
Nature Reviews Clinical Oncology[IF:20.693]
① 肠道菌群的组成影响抗癌免疫监视的效果，影响靶向CTLA-4或PD-1/PD-L1轴的免疫检查点抑制剂以及免疫原性化疗的疗效，可能成为新的预测性生物标志物；② 治疗有效的患者中，菌群多样性高且存在特定菌种，如Akk菌群、脆弱拟杆菌、双歧杆菌和普拉梭菌；③ 这些细菌对一般健康产生积极影响，减少代谢紊乱和多种慢性炎症性疾病的发生；④ 表征和调控菌群组成成为肿瘤学的新的诊疗工具，正在研究有效操控菌群、传输细菌和克服原发性耐药等的方法。
The gut microbiota influences anticancer immunosurveillance and general health
04-10 DOI: 10.1038/s41571-018-0006-2
Cell子刊：肠道菌群对肿瘤免疫治疗的影响
Cancer Cell[IF:27.407]
① 免疫缺陷不仅参与肿瘤的发生与进展，而且使抗肿瘤治疗疗效欠佳；② 许多因素影响对肿瘤治疗的应答，包括：肿瘤代谢特征、HLA及IFN-γ等的表达；③ 肠道菌群影响局部肠道粘膜、引流肠系膜淋巴结以及全身免疫系统，从而影响免疫治疗的疗效和毒性，而免疫系统也可反过来影响肠道菌群；④ 通过饮食、“设计益生菌”、FMT等操控肠道菌群，可影响多种治疗手段的疗效；⑤ 挑战在于哪些肠道菌群的组成是提高疗效的最佳选择，以及选择何种菌群干预手段。
The Influence of the Gut Microbiome on Cancer, Immunity, and Cancer Immunotherapy
04-09 DOI: 10.1016/j.ccell.2018.03.015
Cell子刊：一文读懂结直肠癌相关的肠道菌群（综述）
Cancer Cell[IF:27.407]
① 结直肠癌相关的特定菌种包括：具核梭杆菌、产colibactin的大肠杆菌、产肠毒素的脆弱拟杆菌（ETBF）等；② 具核梭杆菌通过活化β-连环蛋白使肠道上皮细胞（IEC）生长失控；③ 编码聚酮化合物合成酶的大肠杆菌产生的colibactin具有基因毒性；④ ETBF可诱导精胺氧化酶产生活性氧，以损伤DNA；⑤ 硫酸盐还原细菌可产生具有基因毒性的硫化氢；⑥ 短链脂肪酸可通过抗炎、加强肠道屏障、减少IEC活性氧以抑制结肠炎症及肿瘤发生，但其作用及机制还有争议。
The Intestinal Microbiota in Colorectal Cancer
04-12 DOI: 10.1016/j.ccell.2018.03.004
于君+黄曦等：大肠癌中富集的7种细菌是潜在的诊断标记物
Microbiome[IF:8.496]
① 基于多个国家4个队列的526个宏基因组样本，鉴定出在结直肠癌（CRC）中富集的7个菌种；② 脆弱拟杆菌、具核梭杆菌、不解糖卟啉单胞菌、微小小单胞菌、中间普雷沃菌、芬氏别样杆菌、食氨基酸热厌氧弧菌；③ 用这7个菌种可在不同人群中区分CRC患者和健康对照，AUC为0.80（结合临床信息可提升至0.88）；④ 丰度相关性分析表明，CRC中富集和减少的细菌分别形成各自的共生网络，二者互斥；⑤ CRC中富集的细菌与脂多糖和能量生物合成途径相关。
Multi-cohort analysis of colorectal cancer metagenome identified altered bacteria across populations and universal bacterial markers
04-11 DOI: 10.1186/s40168-018-0451-2
于君等：肠道病毒组特征或可用于大肠癌诊断和预后评估
Gastroenterology[IF:18.392]
① 分析74例结直肠癌（CRC）患者和92例对照个体的粪便样本的病毒组；② CRC患者的肠道噬菌体多样性显著上升， 22个病毒属可作为区分CRC和对照的标志物（AUROC=0.802），并用另外3个队列数据进行验证；③ 肠道病毒组特征可区分早期和晚期CRC，4个标志物与患者生存率降低相关，独立于肿瘤阶段、淋巴结转移等临床病理指标；④ CRC患者粪便样本中，噬菌体与口腔共生细菌间的互作发生改变；⑤ 与CRC相关的肠道病毒组特征，或可用于CRC诊断和预后预测。
Alterations in Enteric Virome Associate With Colorectal Cancer and Survival Outcomes
04-21 DOI: 10.1053/j.gastro.2018.04.018
肝细胞癌及肝硬化患者的肠道菌群变化
Hepatology[IF:13.246]
① 纳入41名非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）相关肝硬化患者，其中21名患有肝细胞癌（HCC），以及20名健康人；② HCC患者粪便中的钙网蛋白增加，肠道通透性与无HCC的肝硬化患者相似，血浆IL-8、IL-13、CCL3、CCL4、CCL5水平的升高与循环单核细胞的活化状态相关；③ 相比于健康人，肝硬化患者的粪便菌群中肠杆菌科、链球菌属丰度增加，Akk菌减少；④ HCC患者的拟杆菌属及疣微菌科增加，双歧杆菌属减少；⑤ Akk菌与拟杆菌属的丰度与钙网蛋白浓度负相关。
Hepatocellular Carcinoma is Associated with Gut Microbiota Profile and Inflammation in Non-Alcoholic Fatty Liver Disease
04-17 DOI: 10.1002/hep.30036
Gut：肾结石患者的肠道菌群特征
Gut[IF:16.658]
① 纳入52例特发性钙结石患者（SF）和48例对照，分析粪菌组成、饮食习惯、24小时尿草酸排泄（UOE）等特征；② SF粪菌多样性降低，3个菌属（栖粪杆菌属、肠杆菌属、多尔氏菌属）含量显著降低，而草酸杆菌属丰度无变化；③ 5个分类群（Defluviitaleaceae UCG-011、Catabacter、厌氧细线菌属、萨特氏菌属、消化球菌属） 的丰度与UOE显著相关；④ SF粪便中，与草酸降解相关的菌群基因及含有这些基因的分类群总含量下降，与UOE负相关。
Understanding the gutkidney axis in nephrolithiasis: an analysis of the gut microbiota composition and functionality of stone formers
04-28 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-315734
蔡军+李玉明等：心梗后要当心肠道菌群移位
Microbiome[IF:8.496]
① 分析49名健康对照、50名稳定性冠心病和100名ST段抬高心肌梗死（STEMI）患者的血液菌群；② STEMI后，患者的血液菌群丰度和多样性升高，超过12%的血液细菌来自肠道菌群；③ 血液中肠道菌群产物显著增加，与STEMI后的系统性炎症和不良心血管事件相关；④ 心肌梗死小鼠模型中，左心室功能减退和肠灌注不足，使紧密连接蛋白表达下降、肠粘膜受损，导致肠道通透性升高；⑤ 抗生素治疗消除肠道细菌移位，可缓解模型小鼠的系统性炎症与心肌细胞损伤。
Gut-dependent microbial translocation induces inflammation and cardiovascular events after ST-elevation myocardial infarction
04-03 DOI: 10.1186/s40168-018-0441-4
Nature子刊：高纤维饮食或能治疗艰难梭菌感染
Nature Microbiology[IF:N/A]
① 将菌群可利用的碳水化合物（MAC）加入饲料，可显著抑制小鼠艰难梭菌感染（CDI）；② MAC饲料可使多种小鼠模型在12天内清除感染的艰难梭菌，而缺乏MAC的饲料则造成持续性CDI；③ 含复合型MAC或以菊粉为唯一MAC来源的饲料，都可抑制小鼠CDI，但二者对菌群的影响有差异；④ MAC食物改变小鼠肠道菌群及其代谢物、抑制肠道炎症状态，使消耗MAC的菌群成员富集、MAC代谢终产物（乙酸、丙酸和丁酸）增加，与艰难梭菌在肠道内的适性降低相关。
Microbiota-accessible carbohydrates suppress Clostridium difficile infection in a murine model
04-23 DOI: 10.1038/s41564-018-0150-6
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