大连如何从肠道菌群的角度研发健康食品？

如何从肠道菌群的角度研发健康食品？

今天是第729期日报。

健康食品研发的新思路（综述）

Journal of Agricultural and Food Chemistry[IF:3.154]

① 健康食品的研发需综合考虑人体和肠道菌群的营养需求；② 调整加工工艺、增加食物颗粒体积和基质强度，可降低人体对营养物质的生物利用率，增加肠道菌群可利用的营养物质，达到人体和菌群双赢的状态；③ 食物中的前体物质经过菌群的转化，可形成短链脂肪酸、雌马酚、尿石素、异硫氰酸酯、AHR配体等有益代谢产物，是食品研发的新切入点，但菌群也会产生有害代谢产物；④ 藉由肠道与其他器官的联系，食物可能影响肝脏、心血管甚至精神状态。

Food design to feed the human gut microbiota

03-22  DOI: 10.1021/acs.jafc.8b00456

Cell子刊：KREMEN1或是A型肠病毒感染的治疗靶点

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 单倍体遗传筛选鉴定出柯萨奇病毒A10（CV-A10）的宿主因子是细胞表面分子KREMEN1；② Kremen缺陷可保护小鼠免受CV-A10感染，KREMEN1过表达则增强CV-A10与细胞表面的结合、增加感染易感性，KREMEN1是CV-A10感染的限速因子；③ Kremen缺陷小鼠对CV-A10诱导的致命性瘫痪也具有抗性；④ KREMEN1的胞外结构域可直接结合病毒颗粒，是CV-A10和其它A型肠病毒感染细胞的进入受体；⑤ KREMEN1是这些新兴病原体的重要宿主因子和潜在治疗靶点。

KREMEN1 Is a Host Entry Receptor for a Major Group of Enteroviruses

04-18  DOI: 10.1016/j.chom.2018.03.019

上交+上海中医院等：脾阳虚证患者的代谢和菌群特征

Scientific Reports[IF:4.259]

① 脾阳虚证（SYDS）是中医常见病证，反映消化问题引发的整体代谢变化；② SYDS患者和健康个体各30例，分析血浆和尿液的代谢谱和粪菌组成；③ 与健康对照相比，SYDS患者菌群中厚壁菌门增多、拟杆菌门减少，菌群组成有显著变化，血浆和尿液中多个代谢通路被扰动；④ 综合分析菌群与代谢物，鉴定出norank_f_CFT112H7，f_lachnospiraceae和拟杆菌属与宿主粘膜完整性、胆汁酸代谢和多糖分解相关；⑤ 肠道菌群对SYDS患者的代谢紊乱有潜在贡献。

Integrative metabolic and microbial profiling on patients with Spleen-yang-deficiency syndrome

04-26  DOI: 10.1038/s41598-018-24130-7

山西大学等：黄岑素或能调节菌群，改善衰老和认知

ACS Chemical Neuroscience[IF:3.883]

① 黄岑素改善老年痴呆小鼠模型SAMP8的衰老和认知功能，显著抑制其大脑皮质中促炎细胞因子IL-6、IL-1β和TNF-α的释放；② 肠道菌群中6个菌属的含量明显改变；③ Mucispirillum、拟杆菌属和萨特氏菌属与认知能力负相关，前二者与大脑皮质中IL-6水平正相关，普氏菌属与IL-1β和IL-6正相关；④ Christensenellaceae与认知正相关，与IL-6和TNF-α水平负相关；⑤ 黄岑素对SAMP8小鼠衰老和认知的改善，或与抑制皮质中促炎细胞因子和调节肠道菌群有关。

The effects of baicalein on cortical pro-inflammatory cytokines and the intestinal microbiome in senescence accelerated mouse prone 8

04-18  DOI: 10.1021/acschemneuro.8b00074

Nature子刊：粪菌丰度作为健康指标，合适吗？

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 提出观点：粪菌丰度主要反映肠道内生态系统演化的阶段，而非菌群的抗扰动恢复力；② 粪便的质地/硬度与肠道通过时间和排便频率有关，影响菌群的载量、组成和功能；③ 随着粪便在肠道内时间变长，菌群可用的碳水化合物被消耗，菌群功能从糖分解向蛋白水解发酵转变，菌群的载量、丰度和蛋白水解代谢相关分类群显著增加；④ 应重新思考粪菌丰度在菌群研究和相关疾病指标中的定位，用菌群的代谢活性作为干预结果的判断标准可能比丰度更合适。

Richness and ecosystem development across faecal snapshots of the gut microbiota

04-24  DOI: 10.1038/s41564-018-0143-5

MGX框架宏基因组分析的新方法

Microbiome[IF:8.496]

① 如何将序列与物种和功能一一对应是宏基因组分析中的挑战；② MGX框架提供跨平台的Java客户端和服务器端，用于管理和分析宏基因组数据集；③ 整合了30多种常用分析流程，并支持自定义流程，包括了质量控制、分类、功能和抗性基因筛查，以及描述性统计、多样本比较等众多分析功能，并提供了可视化工具；④ 物种分类性能与Kraken持平，优于Centrifuge，MetaPhlAn2和Kaiju，总体功能明显好于MG-RAST，IMG/M和EBI宏基因组门户等平台。

Flexible metagenome analysis using the MGX framework

04-24  DOI: 10.1186/s40168-018-0460-1

宏基因组基因丰度分析，哪种方法更好？

BMC Genomics[IF:3.729]

① 通过比较宏基因组数据中的基因丰度，得出差异丰度基因（DAG），可以辨别群落之间的功能差异；② 然而不同样品数据之间存在高水平系统变异，数据需要先做标准化才能进行比较；③ 针对两个肠道菌群和1个海洋菌群等3个数据集，评估了TMM、RLE、CSS、RCSS、中位数、总数、上四分位数等9种标准化方法；④ 根据其真阳性率和假阳性率等参数的对比，得出分别来源于edgeR和DESeq软件包的TMM和RLE方法的表现最佳，推荐使用。

Comparison of normalization methods for the analysis of metagenomic gene abundance data

04-20  DOI: 10.1186/s12864-018-4637-6

Nature Reviews：宏转录组对IBD的指示作用更好

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 个体间肠道菌群结构的差异可以很大，而菌群基因表达和代谢通路却相对保守，对疾病状态的指示作用更显著；② 菌株在患者肠道中的基因表达可有别与正常人，与菌群结构变化相比，基因转录的改变或可更好地指示疾病相关的菌群变化；③ 不同菌株对各类代谢通路的贡献不同，菌群结构变化不一定指示代谢状态的改变；④ 研究肠道纵向，尤其是炎症部位的菌群功能、生理梯度指标，是炎症性肠病领域潜在的研究方向；⑤ 总细菌数量对转录组研究至关重要。

Gut microbiota: Beyond metagenomics, metatranscriptomics illuminates microbiome functionality in IBD

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