大连直观领会：到底是什么方法让菌群研究

直观领会：到底是什么方法让菌群研究走向因果

今天是第646期日报。

Cell子刊：菌群因果性研究的新方法

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① Surana和Kasper发明了微生物-表型三角剖分法（MPT），成功在小鼠模型中鉴定出可降低结肠炎死亡率和诱导某抗菌肽表达的菌种；② 移植不同菌群的限菌小鼠对疾病有不同的易感性，将易感性高和易感性低的小鼠共饲养可产生“杂合”菌群；③ 具有这种菌群的小鼠表现出中度易感性，对比这三种小鼠的菌群-表型关系，可大幅度缩小要筛选的因果性细菌范围；④ 虽然还有如普适性、检测灵敏性等诸多问题仍待确认，MPT有助于推动菌群与疾病的因果性研究。

Navigating the Microbiota Seas: Triangulation Finds a Way Forward

2018-01-10  DOI: 10.1016/j.chom.2017.12.015

Nature：新方法，促进菌群研究从相关到因果！

Nature[IF:40.137]

① 在结肠炎小鼠模型中定殖不同菌群，生存状况各异，共饲养让菌群有交流，小鼠展现出结肠炎中度敏感性；② 利用“微生物-表型三角剖分法”，发现毛螺菌科可防止疾病，通过定向微生物培养技术，明确Clostridium immunis阻止结肠炎倾向性小鼠死亡；③ 该方法具有普适性，利用它成功鉴定几种诱导一种肠道抗菌肽表达的共生菌；④ 对完全不同的表型，该方法将相关性微生物组分析“升格”为因果性微生物鉴定，预计可在人类微生物组研究中被广泛应用。

Moving beyond microbiome-wide associations to causal microbe identification

2017-12-06  DOI: 10.1038/nature25019

Nature子刊：群体感应降低霍乱弧菌对宿主的营养消耗

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 霍乱弧菌定殖于节肢动物的肠道及外骨骼中，通过群体感应信号转导的级联反应，感知周围菌群的密度；② 霍乱弧菌在黑腹果蝇肠道中的定殖，可消耗宿主储存的脂质；③ 在果蝇肠道中，群体感应信号的激活通过抑制霍乱弧菌摄取琥珀酸盐，从而抑制霍乱弧菌对脂质的消耗；④ 补充琥珀酸盐可缓解霍乱弧菌感染引起的脂质消耗，延长感染后的果蝇的存活时间；⑤ 群体感应通过降低细菌定殖肠道期间的营养消耗，促进了霍乱弧菌与节肢动物宿主间的有益互作。

Activation of Vibrio cholerae quorum sensing promotes survival of an arthropod host

2017-12-27  DOI: 10.1038/s41564-017-0065-7

Cell子刊：肠上皮细胞的自噬在结肠炎中起保护作用

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 评估骨髓或肠上皮细胞（IEC）特异性缺失Atg16l1（自噬相关基因）对条件致病菌肝螺杆菌引发的小鼠慢性结肠炎的影响；② IEC特异性Atg16I1缺失加剧慢性结肠炎，伴随着促炎性细胞因子分泌升高和IEC凋亡增加；③ 骨髓细胞中Atg16I1缺失对疾病无影响；④ IEC中的Atg16I1是防止TNF诱导细胞凋亡所必须的，TNF阻断剂改善IEC特异性缺失Atg16I1小鼠的结肠炎；⑤ 肠上皮细胞自噬抑制炎症诱导的细胞凋亡，并维持肠道屏障完整性，以限制慢性肠道炎症。

Intestinal Epithelial Cell Autophagy Is Required to Protect against TNF-Induced Apoptosis during Chronic Colitis in Mice

2018-01-17  DOI: 10.1016/j.chom.2017.12.017

JI：肝脏激酶B1缺失可促结肠炎

Journal of Immunology[IF:4.856]

① 肠上皮细胞（IEC）特异性缺失肝脏激酶B1（LKB1ΔIEC）的小鼠，对葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的结肠炎易感性增加，且小肠中菌群组成明显改变；② 将LKB1ΔIEC小鼠的菌群转移到野生型受体小鼠，足以增加受体小鼠对DSS诱导的结肠炎易感性；③ IEC中LKB1缺陷导致共生菌群中致结肠炎菌的生长，并减少了结肠中IL-18和抗菌肽的产生；④ 外源性IL-18的施用恢复了抗菌肽的表达和一些菌属的生长，并减轻了LKB1ΔIEC小鼠对DSS诱导的结肠炎易感性。

Intestinal Epithelial CellDerived LKB1 Suppresses Colitogenic Microbiota

2018-01-19  DOI: 10.4049/jimmunol.1700547

SR：阿托伐他汀可恢复高胆固醇血症大鼠的肠道菌群变化

Scientific Reports[IF:4.259]

① 基于高脂饮食（HFD）/正常饮食（NCD）和不同剂量的阿托伐他汀形成7个实验组大鼠；② 阿托伐他汀显著降低了大鼠的胆固醇水平；③ 分别与NCD/HFD对照组相比，药物治疗的NCD组细菌多样性降低，药物治疗的HFD组多样性相对增加；④ 在药物治疗的HFD组中，阿托伐他汀增加变形菌门丰度，减少厚壁菌门丰度，阿托伐他汀逆转了HCD相对于NCD的菌群变化；⑤ 药物治疗的HFD和NCD组中，螺杆菌属相对丰度增加。

Effect of atorvastatin on the gut microbiota of high fat diet-induced hypercholesterolemic rats

2018-01-12  DOI: 10.1038/s41598-017-19013-2

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