大连海洋虽大，但近海养殖场里的耐药基因

海洋虽大，但近海养殖场里的耐药基因可不少

今天是第640期日报。

BT：工业化的海水养殖场里有什么耐药基因？

Bioresource Technology[IF:5.651]

① 用宏基因组学法研究海水养殖系统中抗生素耐药基因（ARG）的分布情况；② 鉴定出21个类型50个亚型的ARG（主要包括四环素、磺胺、氯霉素、杆菌肽的抗性基因）和一些多重耐药性ARG，ARG在鱼塘和污水处理池中的相对丰度较高；③ 变形菌门和拟杆菌门是携带ARG的主要细菌，某些硝化细菌也携带部分抗性基因，β-内酰胺酶和核糖体保护蛋白是主要的抗生素耐药机制；④ ARG在工业海水养殖系统中具有广谱分布，而循环系统在控制ARG污染方面有重要作用。

Metagenomic analysis of antibiotic resistance genes in coastal industrial mariculture systems

2018-01-09  DOI: 10.1016/j.biortech.2018.01.035

Microbiome：靶向性宏基因组分析大幅提高抗性组分析深度

Microbiome[IF:8.496]

① 建立ResCap平台，基于SeqCapEZ 技术, 共包含8667个标准的抗性基因探针，2517个释放酶基因（质粒标记物），以及78,600个已鉴定的与抗性基因同源的基因探针；② ResCap可显著提高宏基因组测序中的基因丰度（从2.0%到83.2%）与基因多样性（从14.9到26）；③ ResCap也可辅助涉及抗生素、金属、农药、或任何组合的耐药性新基因分析；④ ResCap作为第一个靶向性序列捕获者，特别针对抗性基因的分析，极大增强了现有宏基因组技术的敏感度和特异性。

In-depth resistome analysis by targeted metagenomics

2018-01-15  DOI: 10.1186/s40168-017-0387-y

JAMA子刊：特定口腔细菌或与头颈部鳞状细胞癌低风险相关

JAMA Oncology[IF:16.559]

① 选取来自2项不同队列研究（CPS-II及PLCO）中的58及71例头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）病例，分析口腔微生物组的组成；② 年龄、性别和种族不影响HNSCC的风险；③ 病例患者大多吸烟，且饮酒量更高，口腔中乳头瘤病毒-16呈阳性；④ 口腔菌群的整体组成与HNSCC并无关系，但高丰度的棒状杆菌属及金氏菌属与HNSCC风险降低相关，这可能来源于上述细菌对致癌物的代谢能力；⑤ 两个队列研究结果一致并且稳定，喉癌的发生与吸烟关系很大。

Association of Oral Microbiome With Risk for Incident Head and Neck Squamous Cell Cancer

2018-01-11  DOI: 10.1001/jamaoncol.2017.4777

FI：皮肤与口腔菌群在对免疫及炎症的影响（综述）

Frontiers in Immunology[IF:6.429]

① 健康的皮肤中，菌群多样性更高，表皮葡萄球菌、不动杆菌属、革兰氏阳性厌氧球菌在特异性疾病中起保护作用，角质细胞与皮脂腺细胞释放抗菌肽；② 皮肤共生菌群调控IL-1的表达，毛囊附近的Treg在特定窗口期内与共生菌互作，以完成免疫耐受；③ 牙龈卟啉单胞菌可抑制龈上皮细胞分泌IL-8，干扰中性粒细胞向感染部位的趋化；④ 通过半胱氨酸蛋白酶，牙龈卟啉单胞菌可活化C5AR及TLR2，抑制巨噬细胞的吞噬作用，并促进炎症。

The Role of Skin and Orogenital Microbiota in Protective Immunity and Chronic Immune-Mediated Inflammatory Disease

2018-01-10  DOI: 10.3389/fimmu.2017.01955

FAN：在小鼠中，肠道菌群失调早于帕金森病症的出现

Frontiers in Aging Neuroscience[IF:4.504]

① 对口服鱼藤酮的帕金森病（PD）小鼠模型进行4周纵向分析；② 每周收集粪便样本通过16S测序分析菌群构成和KEGG通路，评估小鼠运动功能，分析结肠炎症情况、α-突触核蛋白病理和酪氨酸羟化酶（TH）神经元损伤；③ 口服鱼藤酮3周后，小鼠表现出明显的胃肠功能紊乱、肠内炎性细胞因子水平上升、结肠α-突触核蛋白表达增加、菌群显著失调；④ 这些变化早于运动功能障碍和中枢神经系统病理的出现；⑤ 菌群扰动可能对鱼藤酮毒性引发的PD有促进作用。

Longitudinal analysis of fecal microbiome and pathologic processes in a rotenone induced mice model of Parkinson's disease

2018-01-08  DOI: 10.3389/fnagi.2017.00441

CR：生成神经递质的酶增强葡萄球菌属粘附细胞的能力

Cell Reports[IF:8.282]

① 哺乳动物及细菌可产生一类生物胺示踪氨（TA），可作为神经调节因子；② 葡萄球菌属可通过芳香氨基酸脱羧酶（SadA）产生TA，将苯丙氨酸及5-羟色氨酸脱羧后，生成神经递质多巴胺及5-羟色胺；③ 表达了SadA的葡萄球菌属存在于人体肠道菌群中，SadA可增加其粘附HT-29细胞的能力，并增加细胞内化的能力2-3倍；④ 在色胺存在的情况下，sadA突变菌株的内化及粘附能力同样可提升，α-2肾上腺素受体对这种提升是必需的。

SadA-Expressing Staphylococci in the Human Gut Show Increased Cell Adherence and Internalization

2018-01-09  DOI: 10.1016/j.celrep.2017.12.058

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