大连涨知识：人体肠道中丰度最高的病毒

发布时间：2020-07-13 来源：大连胃肠医院

涨知识：人体肠道中丰度最高的病毒

今天是第580期日报。

Nature子刊：人体肠道中丰度最高的噬菌体病毒

Nature Microbiology[IF:N/A]

① crAssphage是目前已知的人体中丰度最高的病毒，大约占肠道病毒组序列的90%；② crAssphage的基因组大约为100K，其中80%编码的预测蛋白与现有蛋白序列无显著相似性；③ 结合基因组与宏基因组数据，鉴定出与crAssphage相关的多组噬菌体，并预测了大多数噬菌体蛋白的功能（尤其是与结构、复制、表达模块相关的蛋白）；④ 大多数crAss样噬菌体与拟杆菌门中的一些细菌相关，包括某些人体肠道中丰度最高的细菌。

Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut

2017-11-13 DOI: 10.1038/s41564-017-0053-y

Microbiome：西式饮食↑，因纽特人的菌群季节变化也不明显了

Microbiome[IF:8.496]

① 收集因纽特人的粪便、厕纸样本以及膳食信息，并与蒙特利尔人进行对比；② 大多数厕纸样本中的菌群群落组成变化可以被个体差异、性别和地理位置差异解释；③ 1年的跟踪试验表明，膳食可以解释所有参与者菌群变化的11%，在因纽特人中，这一比例为17%，但是两个人群的菌群季节波动都不明显；④ 因纽特人个体内的菌群随时间的波动比蒙特利尔人更大，与其更多变及高度个性化的膳食相对应；⑤ 因纽特人菌群的季节变化不明显可能由于西式饮食的增加。

The Inuit gut microbiome is dynamic over time and shaped by traditional foods

2017-11-16 DOI: 10.1186/s40168-017-0370-7

COI：“卫生假说”相关机制研究进展（微综述）

Current Opinion in Immunology[IF:8.384]

① 相比于住在工业和农场的哈特派教徒儿童，住在传统农场的阿米什派教徒儿童的体内内毒素水平更高，哮喘及过敏的发病率则更低；② 人体肠道内某些特定细菌产生的组胺具有广泛的免疫调节作用；③ 对于有严重过敏倾向的婴儿，可以在其免疫窗口期应用口服耐受的方法来改善过敏；④ 上述发现有力支持了卫生假说与过敏性疾病及其免疫机制之间的关联；⑤ 可通过多组学方法进行“免疫监测”，以确定疾病状态，并预测治疗效果和副作用。

Highlights in immune response, microbiome and precision medicine in allergic disease and asthma

2017-10-01 DOI: 10.1016/j.coi.2017.10.009

FM：人体不同部位的菌群蛋白中的元素差别巨大

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 生态化学计量学（ES）利用生物体特有的元素含量来解释物种生活史、物种互作、群落组织、生态系统功能的差异；② 利用计量蛋白组学分析人体不同部位的菌群群落：从人类微生物组计划数据中获得690份来自肠道、阴道、口腔、鼻腔、皮肤的样品，比较菌群蛋白中的元素组成；③ 在人体不同部位，菌群蛋白中的碳、氧、氮、硫等元素具有显著差异；④ 阴道中蛋白的碳含量较高，皮肤及鼻腔中蛋白的氮、氧含量较高，粪便（肠道）中蛋白的硫含量较高。

A Stoichioproteomic Analysis of Samples from the Human Microbiome Project

2017-07-18 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01119

ISME：海绵菌群的共同防御及代谢特化

ISME Journal[IF:9.664]

① 从海绵菌群的短读长及长读长测序数据中，鉴定出来自11个细菌门及2个候选门的37个高质量bin；② 通过与特定参考基因组进行比较，揭示了与细菌防御（限制性修饰系统、毒素-抗毒素系统）、宿主定殖、胞外基质利用相关基因的显著富集；③ 海绵菌群中至少存在2种共生群体，1种代谢肉毒碱，另1种代谢硫酸多糖，这两种分子均在海绵的胞外基质中大量存在；④ 另1种共生群体可能能够利用多种营养物质。

Metagenomic binning of a marine sponge microbiome reveals unity in defense but metabolic specialization

2017-07-11 DOI: 10.1038/ismej.2017.101

ME：灌溉对土壤菌群的影响

Molecular Ecology[IF:6.086]

① 对阿尔卑斯山上的半干旱松林进行10年的灌溉，分析对土壤菌群及相关生态系统功能的影响；② 灌溉促进了树木生长，导致林冠增高，以及树木生物量、凋落物、根部生物量的增加；③ 植物的增加刺激了土壤菌群活性，使土壤菌群的生活方式由营养不足转变为富营养；④ 凋落物、根际沉积等增加了土壤菌群的资源可利用性，提升了土壤有机质矿化作用及土壤呼吸产生的碳。

A decade of irrigation transforms the soil microbiome of a semia arid pine forest

2017-01-21 DOI: 10.1111/mec.13995

ME：舟山孤岛上的病毒病原体多样性和丰度下降

Molecular Ecology[IF:6.086]

① 舟山群岛中24个陆桥岛屿和附近3个陆地区域，收集540份非繁殖期黑斑侧褶蛙样本，抽提DNA并测序；② 陆地和孤岛上的特有MHC等位基因比例较高，对应32个不同的功能性父型，对MHC抗原结合位点具有很强的正向选择作用；③ 与陆地相比，岛屿上的病毒病原体多样性和丰度下降，岛屿上标准化的MHC多样性超过了中性微卫星，核心功能性父型代表与环境中特定病毒的丰度正相关；④ 遗传变异、宿主-病原体关联在自然环境保护规划及管理中发挥重要作用。

Pathogen richness and abundance predict patterns of adaptive MHC variation in insular amphibians

2017-07-22 DOI: 10.1111/mec.14242

FM：澳洲李树的等轴不稳环斑病毒属感染情况

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 利用等轴不稳环斑病毒属（Ilarvirus）的RNA2组分中的保守区域进行RT-PCR，分析61株澳洲李树感染的病毒多样性；② 在48株李树中检测到李坏死环斑病毒（PNRSV），李矮缩病毒（PDV）及苹果花叶病毒（ApMV）分别在3株及1株李树中被检测到；③ 美国李线状病毒（APLPV）可在3株李树中检测到，是首次在澳洲检测到该种病毒；④ 同时鉴定出2种新型的等轴不稳环斑病毒属样RNA2扩增子序列；⑤ 在7株李树中检测到混合病毒感染。

Generic amplicon deep sequencing to determine Ilarvirus species diversity in Australian Prunus

2017-06-30 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01219