大连大势挡不住：人工智能用于肠镜，将大放

发布时间：2020-07-14 来源：大连胃肠医院

大势挡不住：人工智能用于肠镜，将大放异彩~

今天是第575期日报。

Gut：人工智能，高精确率识别息肉和腺瘤

Gut[IF:16.658]

① 开发了一种利用深卷积神经网络模型实时评估大肠息肉的内镜视频图像的人工智能（AI）模型；② 用该模型检测了测试集中的125个内镜视频，其中19个息肉（15%）无法确认；③ 在剩余的106个小型息肉中，该模型鉴别的准确性为94％，鉴别腺瘤的敏感性为98％，特异性为83％，阴性预测值为97％，阳性预测值为90％；④ AI模型可以高准确度地区分增生性息肉中的小型腺瘤，但还需在患者的实际临床试验中进一步研究，以帮助决策是否切除的问题。

Real-time differentiation of adenomatous and hyperplastic diminutive colorectal polyps during analysis of unaltered videos of standard colonoscopy using a deep learning model

2017-10-24 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-314547

Cell子刊：肠道菌群与肥胖，还需努力跨越相关性！

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 许多研究已证实肠道菌群与肥胖的紧密关联，但因果关联及背后的机制尚未明确；② 目前大多数的相关临床研究为横断面研究，缺乏重要的临床元数据（疾病亚型分层、年龄、种族、人口统计学等）；③ 个体之间的肠道菌群组成及功能差异也让研究更加困难，另外，常用于研究的粪便菌群并不能完全代表粘膜相关菌群的特征；④ 现有的研究模型包括无菌动物模型、体外类器官模型及生物反应器；⑤ 需要菌群研究者与肥胖研究者的合作及更好的生物信息学工具。

The Human Microbiome and Obesity: Moving beyond Associations

2017-11-08 DOI: 10.1016/j.chom.2017.10.005

Lancet子刊：粪菌治疗IBS，有希望但仍需更多研究

The Lancet Gastroenterology and Hepatology[IF:N/A]

① 2017年11月，首个利用粪菌移植治疗肠易激综合征（IBS）的随机对照临床试验的结果发布，共纳入83名中度-重度IBS患者；② 相比于安慰剂组（移植患者自己的粪便），接受粪菌移植治疗3个月后，患者的疾病严重程度显著降低；③ 粪菌移植组的患者缓解率为65%，显著高于安慰剂组的43%，粪菌移植并未造成严重不良事件；④ 需要对患者进行更长时间的跟踪随访，以分析粪菌移植的长期疗效；⑤ 并需更大型的临床研究，以及针对不同IBS亚型，优化治疗方案。

Stool as a treatment for IBS: more questions than answers?

2017-10-31 DOI: 10.1016/S2468-1253(17)30337-0

CGH：一文读懂消化不良（综述）

Clinical Gastroenterology and Hepatology[IF:7.398]

① 消化不良是对起源于上消化道的疾病症状的统称，具有非特异性；② 临床医生面临的第一个挑战是区分有潜在生命威胁（如胃癌）的少数消化不良患者；③ 第二个挑战是如何定义和处理功能性消化不良（FD）；④ 参考罗马标准，可将FD分为餐后窘迫综合征（PDS）和上腹痛综合征（EPS），且东西方有不同的流行趋势；⑤ FD病理包括胃排空延迟、炎症和幽门螺杆菌感染等；⑥ FD的治疗主要通过饮食、抗抑郁药物、促进胃肠蠕动等手段。

Definition, Pathogenesis and Management of that cursed Dyspepsia

2017-09-09 DOI: 10.1016/j.cgh.2017.09.002

Microbiome：利用SSU rRNA分析细菌的系统发育多样性

Microbiome[IF:8.496]

① 从近7000个宏基因组及所有可获得的参考基因组中，抽取高质量小亚基（SSU） rRNA序列，以此绕开对基因组的需求，分析细菌的系统发育多样性；② 约收集12.4万细菌序列（其中约6.4万来自于宏基因组数据），长度至少1200bp，首先将具有97%的核苷酸一致性的序列de-replicate，随后按照85%的序列一致性作为目水平的聚类标准；③ 获得的SSU rRNA序列不受PCR人工偏倚、某些分支比例过高的影响。

Towards a balanced view of the bacterial tree of life

2017-10-17 DOI: 10.1186/s40168-017-0360-9

Cell子刊：肠道菌群通过NFIL3调控生物钟

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 生理节律是生命的一个重要特征，使得机体代谢能够适应每天的环境变化；② 研究显示，机体生理节律也包含肠道菌群组成和功能的周期性变化，但分子机制还不清楚；③ Wang等人在Science上最新研究将微生物、肠道免疫系统、上皮细胞生物钟及脂代谢联系在一起；④ 肠道中的革兰阴性菌的组分激活髓系细胞分泌IL-23，进而刺激ILC3分泌IL-22；⑤ IL-22通过STAT3抑制节律基因Nr1d1的转录活性，从而促进NFIL3表达，NFIL3通过调控CD36等分子促进脂代谢。

NFIL-trating the Host Circadian Rhythm-Microbes Fine-Tune the Epithelial Clock

2017-11-07 DOI: 10.1016/j.cmet.2017.10.014

FM：两种细菌或与早产婴儿NEC密切相关

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 选取40名早产婴儿，其中29名健康对照，11名坏死性小肠结肠炎（NEC）患儿，分析出生后5周内的粪便样品；② 与肠杆菌科最接近的某个单一种系型与NEC密切相关，在该种系型丰度最高的样本中，通过宏基因组测序揭示克氏柠檬酸杆菌及肺炎克雷伯菌为主要分类群；③ 这两种分类群或可作为NEC早期诊断的菌群生物标记物；④ 低菌群多样性、低乳杆菌属丰度、菌群网络结构的变化与早产婴儿的NEC风险相关。

Low microbial diversity and abnormal microbial succession is associated with Necrotizing Enterocolitis in preterm infants

2017-11-15 DOI: 10.3389/fmicb.2017.02243

TB：在放线菌中寻找细菌天然产物

Trends in Biotechnology[IF:11.126]

① 放线菌是一种分布广泛的革兰氏阳性菌，其中的链霉菌属、小单孢菌属、糖多孢菌属、游动放线菌属是抗生素及其它生物活性天然产物的主要来源；② 利用二代测序（NGS）技术，可从多种栖息地里无法培养的细菌中发现新的生物合成途径，或是从已可被培养的细菌的基因组中鉴定新的生物合成途径；③ 可通过宏基因组挖掘分析环境中的DNA样品，通过Pan基因组挖掘分析某个特定菌种的多个菌株，通过基因组挖掘分析某个特定菌株。

Genomics-Driven Natural Product Discovery in Actinomycetes

2017-11-07 DOI: 10.1016/j.tibtech.2017.10.009