大连培养无法培养的：有的放矢，从菌群之海

培养无法培养的：有的放矢，从菌群之海中“钓”细菌

今天是第1257期日报。

肠道产业  怎样吃更健康？膳食指南或有缺陷，个体化营养真是未来？

Nature子刊：通过基于反向基因组学的方法分离并培养细菌

Nature Biotechnology[IF:31.864]

① 开发一种基于反向基因组学的细菌分离方法，将其应用在人口腔细菌Saccharibacteria（TM7）上；② 利用TM7的单细胞基因组数据，鉴定出编码膜蛋白的基因，并选择特定膜蛋白（青霉素结合蛋白）上的特定表位，对兔子进行免疫以产生抗体；③ 随后利用标记了荧光的抗体对菌群样本中的TM7进行染色，分离并培养出了TM7中的3个菌种，发现其均为放线菌的体表寄生物种；④ 利用相同的方法，分离并培养出了一种先前无法培养的细菌人口腔细菌SR1。

Targeted isolation and cultivation of uncultivated bacteria by reverse genomics
09-30, doi: 10.1038/s41587-019-0260-6

【主编评语】大多数微生物是无法或难以培养的。Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，开发了一种基于反向基因组学的方法，利用靶向细菌膜蛋白特定表位的抗体，可从菌群中分离出特定的细菌。利用该方法可培养出先前无法培养的细菌。（@沈志勋）

Nature Reviews：合成生态学助力人肠道菌群研究（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:34.648]

① 合成人类肠道菌群生态系统需要：可控的外部环境、具有生物相关性的菌群、用于模拟菌群生态系统的数学模型；② 外部培养环境有分批、连续模式，每种模式下又有宿主是否参与互作两种状态；③ 生物相关性菌群主要关注人类肠道菌群的分离培养技术；④ 数学模型现有代谢模型、动力学模型、洛特卡-沃尔泰拉模型、中性模型和网的概念等，但都有各自的优势和弊端；⑤ 将数学模型和体外实体培养结合起来，相互指导，不断优化，或是可取办法。

Synthetic ecology of the human gut microbiota
10-02, doi: 10.1038/s41579-019-0264-8

【主编评语】肠道菌群是一个复杂的生态系统，目前人们对于菌群内不同成员之间的互作关系和机制，仍然所知甚少。用合成菌群作为模型，有助于解决这一问题。Nature Reviews Microbiology近期发表了由比利时鲁汶大学Jeroen Raes主导的综述，详细阐述了人类肠道菌群的合成生态学研究所涉及的3个主要方面，并依次分析了每方面的研究现状以及所需要解决的问题。（@兵兵）

IBS患者并无独特的粪便及粘膜相关菌群特征

Gut[IF:17.943]

① 随机选取一个包含3556名成年人的群体，其中745人接受过结肠镜检；② 最终对376名受试者（其中63名IBS患者）的乙状结肠样本及185名受试者（其中32名IBS患者）的粪便样本进行了16S rRNA测序；③ 乙状结肠粘膜相关菌群（MAM）中以毛螺菌科为主，粪便菌群中瘤胃球菌科的丰度较高；④ MAM与粪便菌群之间的丰富度及多样性线性相关，IBS患者之间的菌群异质性高于健康人之间。⑤ IBS患者并未表现出独特的MAM及粪便菌群特征。

No distinct microbiome signature of irritable bowel syndrome found in a Swedish random population
10-10, doi: 10.1136/gutjnl-2019-318717

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