大连《自然生物技术》发表新一代微生物组分

《自然生物技术》发表新一代微生物组分析平台QIIME 2菌群分析步入可重复时代

今天是第1174期日报。

QIIME 2: 全新微生物组分析平台在Nature Biotechnology正式发表

Nature Biotechnology[IF:31.864]

① 发表于2010年的QIIME是基于Python2开发的微生物组领域高引分析流程，但在可重复、大数据方面无法满足当今需求；② 为解决以上问题，由QIIME一作Gregory Caporaso发起的QIIIME2基于Python3编写了可重复、可扩展的全新微生物分析平台，79家单位112人参与；③ 目前平台支持扩增子、宏基因组和代谢组数据分析，未来将支持宏转录组、蛋白组；④ 平台分析过程可追溯、图表可交互、结果查看和分享方便，满足未来可重复分析和多人合作的要求。

Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science using QIIME 2
07-24, doi: 10.1038/s41587-019-0209-9

【主编评语】引用1.5万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。2018.11版本十万字中文教程见此。本月底将发布2019.7版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新。（@刘永鑫）

QIIME：最高引的微生物组分析流程

Nature Methods[IF:28.467]

① 2010年微生物组计划积累了海量数据，但分析工具有限；② 一款基于Python的扩增子测序分析流程QIIME(读音chime)发布，是微生物生态学定量研究的缩写；③ 该流程实现从原始数据到发表级图表的全部分析，包括多样性、物种组成、差异比较、网络和核心物种等；④ 软件官网(qiime.org)提供16S/18S/ITS扩增子分析的教程和150+脚本满足不同数据类型的处理需求；⑤ 制定了多个行业标准，几十万字的帮助文档是学习和检索的资料库，推动了本领域的发展。

QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data
2010-05-01, doi: 10.1038/nmeth.f.303

【主编评语】2010年Rob Knight组发布的微生物组分析流程QIIME，整合了200+常用软件包，并编写150+辅助脚本，功能强大到没有对手，极大地推动微生物组领域的发展。Google统计截止18年7月引用1.58万次，每次仍将会以4-5千次引用速度递增，是目前本领域最广为人知的流程。此软件依赖关系众多安装困难的痛点，被近年发展的Conda安装技术完美解决，极大地促进了本软件的推广和使用。此软件简明中文教程，见宏基因组公众号《扩增子分析流程-把握分析细节》系列文章 。（@刘永鑫）

本文地址：http://ltwc.86106666.com/yydt/202005097441.html 转载请注明出处!