大连贺二期成果发布！人类微生物组计划15篇

贺二期成果发布！人类微生物组计划15篇强文大放送

今天是第1116期日报。

今天我们必须向大家郑重推荐Nature和Nature Medicine的8篇论文、评述文章，它们全面介绍并解读了人类微生物组计划（HMP）二期重大成果。

同时，我们也把介绍HMP一期主要成果的老文章编在了今天日报中，希望能助你掌握这一重大科学计划的脉络。

请大家一起见证历史，并一起准备好微生物组研究和应用的下一个十年高潮吧！

iHMP：整合人类微生物组计划

Nature[IF:41.577]

① iHMP主要研究领域包括以下三点：② 分析了1527名妇女20多万个取自阴道、口鼻腔、直肠、皮肤、血液、尿液和脐带、胎粪等不同组织的菌群，评估孕妇微生物组对PTB风险的影响；③ 分析了132个体粪便、肠道活检和血液样本中的微生物组和宿主代谢组、蛋白组、转录组、表观组和血清学特征，揭示IBD菌群-宿主的动力学过程；④ 跟踪了106名健康和前驱糖尿病患者4年间的血液、粪便等样本，评估膳食和（呼吸道）病毒感染等扰动因素对糖尿病发展的影响。

The Integrative Human Microbiome Project
05-29, doi: 10.1038/s41586-019-1238-8

【主编评语】NIH的人类微生物组计划（HMP）已经进行了十多年，分别完成了两个阶段的工作。第一阶段被称为HMP1，第二阶段被称为iHMP（也称为HMP2）。iHMP包括三个条件下人体菌群和宿主动态变化的研究，分别是怀孕和早产（PTB）、炎症性肠病（IBD）和前驱糖尿病的影响因素等。iHMP代表了未来人类微生物组多学科研究的范式，提供了独特的数据资源，并已经开始逐步阐明宿主-微生物组互作的机制。在本期Nature杂志（2019-5-30）中发表了iHMP的多篇研究成果，小编予以编译，以飨读者。（@高春辉）

Nature评论：未来十年人类微生物组研究的重点

Nature[IF:41.577]

① 十年间超过17亿美元用于人体微生物组研究，揭示了微生物组的功能，在膳食调节、菌群移植和与癌症的关系上获得大赢；② 但是大多数研究多过分强调细菌物种与疾病的关系，好像它是一个固定且可被映射的因果关系；③ 而我认为，只有超越了物种的认识，真正理解了微生物之间复杂、可变的生态和进化关系后，进而发现有助于治疗糖尿病、癌症和自身免疫性疾病的干预措施；④ NIH和全球研究者共同面临的问题还包括研究数据标准化、协调和合作等。

Priorities for the next 10 years of human microbiome research
05-29, doi: 10.1038/d41586-019-01654-0

【主编评语】评论员 Lita Proctor 认为：要实现基于微生物组的精准医疗，需要事先解决宿主-微生物互作中的生态学和进化课题这应当成为未来十年研究的重点。（@高春辉）

Nature子刊：与早产相关的阴道菌群

Nature Medicine[IF:32.621]

① 收集45名早产及90名足月产产妇的阴道样本，对16S rRNA、宏基因组、宏转录组及细胞因子谱进行纵向分析；② 早产产妇的阴道菌群多样性增加，卷曲乳杆菌的丰度降低，细菌性阴道炎相关细菌1（BVAB1）、TM7-H1等13个分类群的丰度增加；③ 基于4种早产相关分类群（收集于孕期24周或更早）构建早产预测模型，灵敏度和特异性分别为77.4%及76.3%；④ 早产相关分类群与阴道分泌物中的促炎细胞因子水平显著相关；⑤ 首次报道了BVAB1及TM7-H1的基因组。

The vaginal microbiome and preterm birth
05-29, doi: 10.1038/s41591-019-0450-2

【主编评语】Nature Medicine上发布的一项来自整合人体微生物组计划（iHMP）的研究成果，报道了1572名孕妇的阴道菌群多组学数据，同时对45名早产产妇及90名足月产产妇的多组学数据进行了对比，鉴定出了与早产相关的阴道菌群分类群，这些分类群可较好地预测早产风险，提示阴道菌群或可用于未来的早产风险评估。（@沈志勋）

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