大连Cell：对人类微生物组多样性的认知，再

Cell：对人类微生物组多样性的认知，再上一层楼！

今天是第993期日报。

Cell：探索全球人类微生物组中的广大未知

Cell[IF:31.398]

① 对涵盖不同年龄、地域和生活方式的9428个人体宏基因组进行组装，获得4930个物种、154723个微生物基因组；② 77%的物种是未知物种（uSGB），大大扩展了人类微生物组多样性和参考基因组，使粪便样本中匹配到参考基因组的宏基因组读段从67.76%提高到87.51%；③ uSGB在样本中普遍存在，主要来自非西化人群，有些uSGB包含上千个基因组，鉴定出一些常见的肠道uSGB，并扩展了细菌和古菌门；④ 注释了285万个基因，许多与婴儿发育或西方化等相关。

Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle
01-17, doi: 10.1016/j.cell.2019.01.001

【主编评语】Cell发表的一项微生物组最新研究，对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位（粪便、口腔、皮肤和阴道）的9428个人体宏基因组进行大规模组装，发现了大量的未知微生物物种和基因组，使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍，大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知，将为后续研究特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究，提供很大的助力。（@mildbreeze）

Cell：细菌蛋白研究助力人类癌症预测

Cell[IF:31.398]

① 大肠杆菌类致癌物蛋白上调会导致DNA损伤和突变，人体内的同源蛋白可形成一个癌症预测网络；② 大肠杆菌上的蛋白网络过度生产DNA损伤蛋白(DDP)时，会增加内源性DNA损伤；③ DDP导致DNA损伤的机制包括通过跨膜转运体增加活性氧、复制体结合导致的染色体丢失、转录因子导致复制停滞；④ 人体内发现284个同源DDP，这些DDP及其RNA与大量已知促癌因子重合；⑤ 受检测DDP蛋白中有一半会促进DNA损伤与变异，机制与大肠杆菌中的类似。

Bacteria-to-Human Protein Networks Reveal Origins of Endogenous DNA Damage
01-10, doi: 10.1016/j.cell.2018.12.008

【主编评语】由DNA损伤会导致基因突变和细胞癌变，但是内源性DNA损伤的机制一直不甚明确。本研究在大肠杆菌中发现了大量会导致DNA损伤的蛋白（DDP），并在人体中找到了284个同源蛋白，对于利用这些类致癌物蛋白来预测癌症、研究癌症诱发机制等均具有参考价值。（@小肠君）

范祖森+田勇：环状RNA参与免疫细胞对肠道干细胞的调节作用

Nature Immunology[IF:21.809]

① 环状RNA circPan3在小鼠和人的肠道干细胞（ISC）中高表达，其缺失可削弱ISC自我更新和肠上皮再生，该作用依赖于CD45+免疫细胞；② circPan3在ISC中与RNA结合蛋白Ksrp竞争性结合IL-13受体亚基IL-13Rα1的mRNA，增加其稳定性，从而促进IL-13Rα1的蛋白生成；③ 隐窝微环境中，2型天然淋巴细胞生成的IL-13，通过ISC上的IL-13Rα1激活IL-13R下游的STAT6信号，增加转录因子Foxp1的表达，Foxp1与β-catenin结合促其入核，促进ISC自我更新。

IL-13 secreted by ILC2s promotes the self-renewal of intestinal stem cells through circular RNA circPan3
01-14, doi: 10.1038/s41590-018-0297-6

【主编评语】中科院生物物理所范祖森团队和田勇团队的合作研究本周在Nature Immunology发表。该研究发现肠道干细胞（ISC）表达的环状RNAcircPan3，可调控细胞因子IL-13的受体亚基IL-13Rα1的表达，从而促进隐窝中2型天然淋巴细胞产生的IL-13介导的ISC自我更新。（@mildbreeze）

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