大连治感染新思路登上Cell：用饮食“改造”

发布时间：2020-06-18 来源：大连胃肠医院

治感染新思路登上Cell：用饮食“改造”致病菌！

今天是第832期日报。

Cell：用饮食改变代谢，与病原体和平共处

Cell[IF:31.398]

① 用半致死剂量的鼠柠檬酸杆菌（CR）感染小鼠，转录组分析表明，与生病的小鼠相比，无症状小鼠中铁代谢相关基因表达上调；② 通过饮食补充铁，可使感染1000倍致死剂量CR的小鼠健康存活，但并不影响肠内CR数量；③ 补充铁诱导小鼠发生胰岛素抵抗，使肠道吸收葡萄糖的能力下降，增加了肠腔内供CR代谢的糖，抑制了CR毒力因子表达，补充糖也有同样效果；④ 短期补铁可对毒力弱的CR菌株进行选择，从而导致小鼠与病菌的无症状长期共存。

Cooperative Metabolic Adaptations in the Host Can Favor Asymptomatic Infection and Select for Attenuated Virulence in an Enteric Pathogen

08-09 DOI: 10.1016/j.cell.2018.07.016

Cell子刊：改变菌群影响轮状病毒疫苗的免疫原性

Cell Host and Microbe[IF:17.872]

① 健康成人受试者随机分为3组各21人，分别口服广谱抗生素、窄谱（万古霉素）抗生素或空白对照，之后口服轮状病毒疫苗（RVV）；② 3组受试者的抗轮状病毒（RV）IgA抗体水平没有明显差异，但窄谱抗生素组接种后第7天的抗RV IgA水平略加强，两个抗生素组的粪便内病毒脱落增加；③ 抗生素快速改变肠道细菌β多样性，鉴定出与早期疫苗应答和病毒脱落相关的菌群特征和细菌种类（如肠杆菌科和普雷沃氏菌科）；④ 调节菌群可改变对RVV的免疫应答。

Effect of Antibiotic-Mediated Microbiome Modulation on Rotavirus Vaccine Immunogenicity: A Human, Randomized-Control Proof-of-Concept Trial

08-08 DOI: 10.1016/j.chom.2018.07.005

Cell子刊：增强轮状病毒疫苗效果，菌群是解决方案吗？

Cell Host and Microbe[IF:17.872]

① 多项研究表明，对轮状病毒疫苗的应答与肠道菌群组成存在关联；② Harris等报道，抗生素改变受试者的肠道菌群，虽不改变抗轮状病毒的IgA抗体滴度的绝对值，但增强了早期的IgA应答和病毒抗原脱落，与菌群组成的变化有关；③ 解读研究结果时应注意受试者是成年人，与对疫苗应答有缺陷的儿童有很大差异；④ 该研究为从观察性数据向假说驱动的干预转化研究开辟了新道路，未来研究应注意菌群组成与疫苗应答关联的强度及其背后的机制。

Enhancing Rotavirus Vaccination: A Microbial Fix?

08-08 DOI: 10.1016/j.chom.2018.07.017

Nature子刊：采用合成菌群优化菌群分析手段

Nature Communications[IF:12.353]

① 人工菌群基因组“sequins” 由一系列合成DNA序列组成，模拟天然菌群的序列复杂性、分类学结构以及GC含量，可作为菌群分析的内参；② 在测序文库构建之前将Sequins加入样本，Sequins与样本菌群同时参与测序与后续分析；③ sequins可用于校准由不同实验、分析手段造成的菌群差异；④ Sequins内参可用于校准不同样品间的差异，使得比较样品间菌群绝对丰度和相对丰度成为可能；⑤ Sequins可用于校准和优化新的测序技术和数据分析平台。

Synthetic microbe communities provide internal reference standards for metagenome sequencing and analysis

08-06 DOI: 10.1038/s41467-018-05555-0

IBD患者的肠道感染情况

American Journal of Gastroenterology[IF:10.231]

① 277例克罗恩病（CD）、300例溃疡性结肠炎（UC）和8826例无炎症性肠病（IBD）患者，检测艰难梭菌以外的肠道病原体；② 与无IBD的患者相比，IBD患者检测阳性的可能性较小（CD18.1％、UC16.1％、无IBD26.6％），CD中有较高的诺如病毒和弯曲杆菌，而UC中诺如病毒较低，弯曲杆菌、邻单胞菌属和大肠杆菌较高；③ 内镜和组织学检测无法区分IBD发作和肠道感染；④ 检测结果阴性的患者更可能使IBD治疗升级，鉴定和治疗肠道感染不影响长期的IBD结局。

Enteric Infections Are Common in Patients with Flares of Inflammatory Bowel Disease

08-03 DOI: 10.1038/s41395-018-0211-8

吴黎明+胡福良等：不同蜂胶对结肠炎大鼠的保护作用

Molecular Nutrition and Food Research[IF:5.151]

① 大鼠随机分组，用3%DSS饮水处理7天诱导结肠炎，蜂胶组在DSS处理期间和前后灌胃蜂胶；② 相比DSS组，中国蜂胶（CP）和巴西蜂胶（BP）均显著降低结肠炎疾病活性指数、DSS诱导的结肠组织损伤和结肠细胞凋亡，增加对DSS诱导的结肠氧化应激的抵抗能力；③ 抑制结肠炎症标记物IL-1β、IL-6和MCP-1表达，BP可诱导TGF-β表达；④ 显著减少拟杆菌属丰度，CP增加肠道菌群多样性和丰度；⑤ 两种蜂胶所含酚类物质不同，但对结肠炎大鼠的保护作用却相似。

Propolis from Different Geographic Origins Decreases Intestinal Inflammation and Bacteroides spp. Populations in a Model of DSS-Induced Colitis

06-11 DOI: 10.1002/mnfr.201800080

吸不同的烟，可能有不同的口腔菌群

Scientific Reports[IF:4.122]

① 纳入330名阿联酋受试者，分析口腔菌群与吸烟的关联，发现吸烟者与非吸烟者的口腔菌群组成存在显著差异；② 其中，吸香烟者与吸dokha烟者的口腔菌群与非吸烟者有显著差异，吸水烟者的口腔菌群与非吸烟者相比则无显著变化；③ 多种菌属的丰度在吸香烟者的口腔菌群中发生变化，而在吸dokha烟者的口腔菌群中，仅有放线杆菌属、卟啉单胞菌属、双歧杆菌属及Lautropia菌属的丰度显著改变；④ 而吸水烟者的口腔菌群中无菌属发生显著的丰度变化。

Types of tobacco consumption and the oral microbiome in the United Arab Emirates Healthy Future (UAEHFS) Pilot Study

07-27 DOI: 10.1038/s41598-018-29730-x

用唾液样本预测口臭的机器学习方法

BMC Oral Health[IF:1.602]

① 口臭主要是由细菌及其相互作用产生的挥发性硫化合物所致；② 对90名受试者（45名有明显口臭）唾液样本中的16S rRNA基因进行扩增，分析基因序列，并基于OTU的相对丰度，用深度学习方法对口臭和非口臭样本进行分类；③ 鉴定出口臭受试者的唾液菌群特征，与口臭密切相关的菌属为拟杆菌、普雷沃菌和卟啉单胞菌；④ 通过上述方法来构建辨别分类器，预测口臭准确度达97%；⑤ 该方法有望用于通过筛查唾液来预测口臭。

Predicting oral malodour based on the microbiota in saliva samples using a deep learning approach

07-31 DOI: 10.1186/s12903-018-0591-6