大连全面组学分析：肠道菌群改变代谢引发脂

发布时间：2020-06-23 来源：大连胃肠医院

全面组学分析：肠道菌群改变代谢引发脂肪肝

今天是第787期日报。

Nature子刊：肠道菌群及其代谢物引发脂肪肝

Nature Medicine[IF:29.886]

① 分析脂肪肝患者的粪便宏基因组、分子表型组学（肝转录组、血浆和尿液代谢组）和临床表型；② 患者肠道菌群基因丰富度低，菌群的膳食脂质代谢、内毒素、芳香族和支链氨基酸的生物合成能力增强；③ 与此一致的是患者的代谢组特征，肝脏中免疫炎症等基因表达增强；④ 粪菌移植实验表明肠道菌群可引发脂肪肝，长期摄入苯乙酸（PAA，菌群代谢芳香族氨基酸的一种产物）也有相似作用；⑤ 基于分子表型组学和宏基因组学的建模可准确预测脂肪肝情况。

Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women

06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0061-3

Nature子刊：1型糖尿病与乳糜泻的共同风险因素（综述）

Nature Immunology[IF:21.506]

① 1型糖尿病与乳糜泻共享部分遗传风险因素，包括HLA基因（HLA-DQ2、HLA-DQ8），以及某些非HLA基因，例如与T细胞活化相关的CTLA4及IL2RA基因；② 细菌或病毒等病原体感染，以及菌群的改变，均是1型糖尿病及乳糜泻的环境风险因素，但具体的机制尚未明确；③ 在乳糜泻中，细菌或病毒感染、菌群结构及功能的变化伴随着肠道屏障功能障碍，可能改变先天性免疫反应以及谷蛋白特异性T细胞的应答；④ 在1型糖尿病中，上述变化可能促进自身抗体的产生。

Common ground: shared risk factors for type 1 diabetes and celiac disease

06-20 DOI: 10.1038/s41590-018-0130-2

IBD患者能否应答抗TNF-α疗法的预测因素

Gut[IF:16.658]

① 对来自多个队列IBD患者的结肠活检样本中的全基因组表达谱进行分析；② 浆细胞比例可作为IBD患者对抗TNF-α疗法是否应答的生物标志物，并在2个独立队列中进行验证；③ 利用炎症活检样本中的浆细胞分数预测IBD患者对抗TNF-α疗法的不应答，AUC为82%；④ 在对抗TNF-α疗法不应答的患者中，炎症性巨噬细胞增加与TREM-1及CCR2-CCL7轴表达上调相关；⑤ 血液基因表达分析鉴定出，基础TREM-1下调可作为IBD患者对抗TNF-α疗法不应答的标志物，AUC为94%。

Cell-centred meta-analysis reveals baseline predictors of anti-TNFα non-response in biopsy and blood of patients with IBD

04-04 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-315494

绝对定量菌群丰度的新方法

Microbiome[IF:8.496]

① 向样品中加入合成的嵌合体DNA作为内参，可定量计算环境样品中微生物的绝对丰度，并在不同来源样品间进行比对；② 嵌合体DNA的引物结合位点、插入序列的CG含量对应相应的扩增子序列，以质粒为载体被加入样品；③ 该方法会影响菌群种系结构的计算，在相对丰度减少的情况下，特定菌群的绝对丰度可能维持稳定甚至增加；④ 利用该方法，发现18S和ITS扩增子可能分别高估和低估了土壤中的霉菌数量；⑤ 最好通过预实验来选择内参的加入量。

Absolute quantitation of microbiota abundance in environmental samples

06-09 DOI: 10.1186/s40168-018-0491-7

SIV感染后先出现肠道屏障损伤，后发生粘膜免疫失调

Mucosal Immunology[IF:7.478]

① 恒河猴直肠内感染SIV后，纵向分析粘膜及全身的T细胞活化、菌群易位、Th17细胞及中性粒细胞比例，并对结肠蛋白组进行分析；② SIV感染后3-14天内，HLA-DR+ T细胞活化增加，外周连蛋白减少，SIV感染14天后开始出现菌群易位；③ 外周及粘膜Th17细胞的缺失发生在SIV感染后14-28天内，未发现肠道中性粒细胞积累；④ 在SIV感染3天后，与上皮结构相关的蛋白下调；⑤ 结果提示肠道上皮损伤发生在黏膜免疫失调之前。

Intestinal damage precedes mucosal immune dysfunction in SIV infection

06-15 DOI: 10.1038/s41385-018-0032-5

益生菌如何影响食欲及代谢（综述）

Journal of Clinical Gastroenterology[IF:3.328]

① 在动物模型中，益生菌可增加高密度脂蛋白/低密度脂蛋白的比值，降低血清胆固醇，减少甘油三酯，增加短链脂肪酸，降低脂肪细胞大小；② 在部分人体试验中，益生菌可降低血清胆固醇、脂肪肝指数，但也有部分试验发现益生菌无法改善胆固醇水平；③ 在动物模型中，益生菌可降低血糖，提升胰岛素敏感性，在人体试验中，益生菌对血糖的调节存在争议；④ 在动物模型中，益生菌可减少猪及斑马鱼的食物摄入，并可改善食源性肥胖小鼠模型的瘦素抵抗。

Influence of Probiotics Administration on Gut Microbiota Core: A Review on the Effects on Appetite Control, Glucose, and Lipid Metabolism

06-02 DOI: 10.1097/MCG.0000000000001064

Infloran?益生菌或增加极早产儿的NEC风险

Beneficial Microbes[IF:2.923]

① 选取516名胎龄在23周-28周之间的极早产儿，其中346名服用Infloran?益生菌产品（包含嗜酸乳杆菌菌株及长双歧杆菌婴儿亚种菌株），170名为对照组（历史队列）；② 在服用益生菌的时期内，血液培养中无法分离出益生菌菌株；③ 服用益生菌与Ⅱ级以上的坏死性小肠结肠炎（NEC）发病率增加相关，在校正性别、胎龄、产前类固醇水平、母乳喂养等因素后，仍存在显著关联；④ 服用益生菌与晚发性败血症（LOS）及葡萄球菌败血症的发病率降低相关。

Increased incidence of necrotizing enterocolitis associated with routine administration of Infloran? in extremely preterm infants

06-11 DOI: 10.3920/BM2017.0098

益生菌抗焦虑？还不能定论

PLoS ONE[IF:2.806]

① 纳入22项临床前研究（共743只动物）及14项临床试验（1527名受试者）进行荟萃分析，分析益生菌在抗焦虑中的作用；② 总体上，益生菌显著减少了动物的焦虑样行为，亚组分析显示益生菌仅减少了疾病（包括高血氨症、DSS诱导结肠炎等）动物的焦虑样行为；③ 在物种水平的益生菌分析揭示，仅有鼠李糖乳杆菌具有抗焦虑作用；④ 在人体试验中，益生菌并未显著减少焦虑症状，并且在健康人及患者（包括IBS、癌症、情绪低落）中均无抗焦虑作用。

The anxiolytic effect of probiotics: A systematic review and meta-analysis of the clinical and preclinical literature

06-20 DOI: 10.1371/journal.pone.0199041