大连读大牛综述，过充实端午~ 热心肠日

发布时间：2020-06-24 来源：大连胃肠医院

读大牛综述，过充实端午~

今天是第779期日报。

一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 菌群研究和分析方法正高速发展，研究方法标准化、数据共享平台的推广为联合独立项目、完善已有成果提供可能；② 实验设计需合理设置空白和对照组，并考虑实验动物的习性；③ 可参考对已知菌群的分析效果，决定采用标志基因组、元基因组还是转录组分析方法；④ 基于序列实际差异的菌群分析方法应逐步代替OTU分析；⑤ 基于菌群相对丰度的相关性分析容易出现假阳性，需要优化分析方法；⑥ 多组学数据联合有助于进行全面的、机制性的菌群研究。

Best practices for analysing microbiomes

05-23 DOI: 10.1038/s41579-018-0029-9

Cell子刊：辐照损伤可诱导潘氏细胞的多能性

Cell Stem Cell[IF:23.394]

① 潘氏细胞是一种有丝分裂后的肠道上皮细胞，支持隐窝基底层内干细胞生态位和粘膜免疫；② 辐照可诱导一个亚群的潘氏细胞去分化并获得干细胞多能性；③ RNA-seq分析结果揭示这群潘氏细胞具有干细胞样的转录组，体外培养可形成类器官；④ 辐照激活Notch信号通路，驱动潘氏细胞中Notch细胞内结构域（NICD）的表达，而不活化Wnt/β-连环蛋白通路，从而诱导潘氏细胞的去分化；⑤ 潘氏细胞具有可塑性，可在干细胞缺失后补充上皮细胞。

Paneth Cell Multipotency Induced by Notch Activation following Injury

06-07 DOI: 10.1016/j.stem.2018.05.002

口腔菌群的早期发育特征和影响因素

ISME Journal[IF:9.664]

① 纵向采集90名儿童在3、6、12、24个月和7岁时的口腔样本，发现菌群组成模式随着时间推移而变化；② 早期包括链球菌属和韦荣球菌属，奈瑟氏菌属等其他菌属在1或2岁后定殖；③ 龋病的发生与菌群组成有关，链球菌属可作为龋齿生物标志物进行研究；④ 外部因素强烈影响了口腔菌群的发育，如分娩方式具有短期效应，母乳喂养时间或抗生素治疗等其它因素似乎具有长期影响；⑤ 结果提示婴儿期的口腔菌群发育至关重要。

Oral microbiome development during childhood: an ecological succession influenced by postnatal factors and associated with tooth decay

06-13 DOI: 10.1038/s41396-018-0204-z

琥珀酸盐在肠-脑轴中的作用（综述）

Journal of Endocrinology[IF:4.706]

① 肠道菌群降解膳食纤维产生短链脂肪酸，例如双歧杆菌属可利用β-呋喃果糖苷酶降解低聚果糖，双歧杆菌的增加与肥胖及葡萄糖不耐受呈负相关；② 丙酸和丁酸可激活肠道中的糖异生途径，并经胃肠神经将信号传送到大脑，减少食物摄取，并提高胰岛素敏感性和糖耐受，从而改善肥胖；③ 琥珀酸盐是细菌代谢膳食纤维产生丙酸过程中的中间产物，并可作为肝脏糖异生的底物；④ 猜测琥珀酸盐或可作为底物激活肠道糖异生，促进葡萄糖信号向大脑的传递。

Gut-brain signaling in energy homeostasis: the unexpected role of microbiota-derived succinate

2017-12-11 DOI: 10.1530/JOE-17-0542

接种特定细菌制剂，或能在脑内诱导抗炎效果

Brain Behavior and Immunity[IF:5.964]

① 成年雄性大鼠用热灭活的母牛分枝杆菌NCTC11659的制剂（0.1mg，皮下）或载体免疫3次；② 可在大鼠海马中诱导抗炎免疫表型（增加IL4、Cd200r1和Mrc1的mRNA表达），并在最后一次免疫后8天增加IL4蛋白；③ 母牛分枝杆菌降低了参与小胶质细胞激发的基因（Nlrp3和Nfkbia）的基础水平；④ 母牛分枝杆菌阻断了应激诱导的Cd200r1减少、预警素HMGB1增加以及小胶质细胞对免疫应激的反应的激发；⑤ 母牛分枝杆菌防止了压力引起的焦虑样行为的增加。

Immunization with Mycobacterium vaccae induces an anti-inflammatory milieu in the CNS: Attenuation of stress-induced microglial priming, alarmins and anxiety-like behavior

05-26 DOI: 10.1016/j.bbi.2018.05.020

海洋大学于广利等：条浒苔多糖对小鼠肠道菌群的益生作用

Marine Drugs[IF:3.503]

① 许多研究发现条浒苔多糖（ECP）有助于疾病治疗，因此ECP作为海洋药物开发的候选者受到广泛关注；② 在小鼠模型中分析ECP对肠道菌群的影响；③ ECP显著改变了C57BL/6J小鼠肠道菌群的结构，并显著促进益生菌的生长；④ ECP对不同性别小鼠的菌群影响不同：在雌性中，ECP增加双歧杆菌属和Akk菌的丰度，而在雄性中，ECP增加乳杆菌属的种群；⑤ 通过形成更平衡的菌群结构，ECP显著降低了雌性肠道内的抗原负荷。

Dietary Polysaccharide from Modulates Gut Microbiota and Promotes the Growth of , spp. and spp

05-17 DOI: 10.3390/md16050167

暨南大学彭喜春等：灵芝多糖改变小鼠肠道菌群缓解大肠癌

Journal of Functional Foods[IF:3.144]

① 在健康和结直肠癌（CRC）模型小鼠中，分析灵芝多糖（GLP）对死亡率、结肠长度和渗透性、盲肠菌群和结肠上皮细胞基因表达谱的作用；② GLP抑制CRC小鼠结肠缩短，使死亡率降低30%；③ 显著降低盲肠中的颤螺菌属和脱硫弧菌科一个未知菌属的相对丰度；④ 结肠上皮细胞中，与脂肪细胞中脂肪分解降低相关的7个基因的表达下调，其中4个基因（Acaa1b、Fabp4、Mgll和Scd1）与癌症有关，但因果关系仍需进一步探讨。

Ganoderma lucidum polysaccharide alleviating colorectal cancer by alteration of special gut bacteria and regulation of gene expression of colonic epithelial cells

05-30 DOI: 10.1016/j.jff.2018.05.041

宁波大学曹锦轩等：绿茶多酚如何影响肥胖小鼠的肠道菌群

Journal of Functional Foods[IF:3.144]

① 通过柱色谱法制备绿茶多酚（GTP），以肠道菌群人源化的高脂饮食诱导的肥胖小鼠为模型，用宏基因组学的方法研究GTP的减肥机制；② GTP缓解肥胖诱导的肠道菌群失调，降低厚壁菌门 / 拟杆菌的比值；③ KEGG信号通路分析不同基因的表达，发现GTP干预8周后，促进ATP结合盒（ABC）转运蛋白、双组分系统和氨基酸生物合成途径相关基因的表达；④ GTP作为功能食品组分，对高脂饮食诱导的肥胖、肠道菌群和代谢通路可能都有改善作用。

Metagenomics analysis of gut microbiota modulatory effect of green tea polyphenols by high fat diet-induced obesity mice model

05-26 DOI: 10.1016/j.jff.2018.05.003