大连便便中的代谢物，研究价值可不小热心

发布时间：2020-06-25 来源：大连胃肠医院

便便中的代谢物，研究价值可不小

今天是第760期日报。

Nature子刊：粪便代谢组反映了什么？

Nature Genetics[IF:27.959]

① 分析来自双胞胎研究的786名个体的1116个粪便代谢产物，发现这些代谢物与年龄和肥胖相关；② 宿主遗传可影响粪便代谢组，但程度有限，NAT2基因的一个重复位点与粪便代谢性状相关；③ 粪便代谢组在很大程度上反映了肠道菌群的组成，肠道菌群组成平均解释了710种代谢物水平变化的67.7％；④ 粪便代谢组与内脏脂肪量密切相关，说明菌群对腹部肥胖的潜在影响；⑤ 粪便代谢谱分析是探索菌群组成、宿主表型和遗传复杂性状之间的联系的新工具。

The fecal metabolome as a functional readout of the gut microbiome

05-28 DOI: 10.1038/s41588-018-0135-7

Cell：利用代谢组学及同位素示踪研究代谢通路

Cell[IF:30.41]

① 除测量代谢产物的浓度，同位素示踪剂可定量特定时间点的材料流（代谢流）以明确通路的活动；② 利用质谱进行代谢产物测量的基础包括：样品制备、代谢组学分析、数据解析，样品制备应重视控制营养环境及收获代谢产物；③ 色谱可提高代谢产物覆盖率及质谱定量准确性，可用于鉴定特定代谢产物；④ 结合代谢组学与其它组学方法可发现全局概貌，跟踪起作用的通路，在多细胞器官内示踪；⑤ 代谢组学发展方向是分析程序的标准化、明确代谢的空间组织。

Metabolomics and Isotope Tracing

05-03 DOI: 10.1016/j.cell.2018.03.055

Nature：上千个功能未知的细菌基因的突变表型鉴定

Nature[IF:40.137]

① 采用转座子诱变后测序（TnSeq）及每个突变的随机DNA条形码（RB-TnSeq），系统性评估不同实验条件下32种细菌的全基因组突变适应度数据；② 鉴定出11779个蛋白编码基因的突变表型，这些基因未被注释过具有特定功能，其中有2316个基因对表型的影响具有高可信度；③ 将这些保守的相关性与比较基因组学结合，可鉴定出推定的DNA修复蛋白编码基因；④ 对于一些未被注释的酶、转运蛋白及未知蛋白家族，可推测出其特定功能。

Mutant phenotypes for thousands of bacterial genes of unknown function

05-16 DOI: 10.1038/s41586-018-0124-0

Nature Reviews：用CRISPR技术对“难搞定”的微生物进行遗传分析

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 许多微生物难以用传统方法技术进行遗传操作和分析，基于CRISPR的基因编辑技术使之成为可能；② 基于CRISPR的技术可在分枝杆菌、真菌和真核寄生虫等“难搞定”的微生物中，用于生成遗传突变体（功能缺失、基因抑制、基因删除、基因敲入等）、进行功能基因组学研究、分析基因互作网络、进行复杂的基因组工程等；③ 基于CRISPR的技术还有其它应用前景：通过基因活化进行药物敏感性筛选、寻找药物靶点，以及研究宿主-病原体互作等。

CRISPR-based genomic tools for the manipulation of genetically intractable microorganisms

03-29 DOI: 10.1038/s41579-018-0002-7

Nature Reviews：促进心血管健康有哪些好方法？（综述）

Nature Reviews Cardiology[IF:14.299]

① 细胞、组织和机体层面的损伤随时间积累，使心血管结构和功能逐渐衰退，造成心血管老化；② 不健康饮食、摄入能量过多、缺乏运动、精神压力、吸烟和污染等是心血管疾病风险因素；③ 热量限制、模拟禁食、调整进食时间等，是预防心血管疾病的有效干预方式；④ 调整饮食营养结构，如减少蛋白质、特定氨基酸和饱和脂肪酸的摄入，采用地中海饮食，用营养方式调节肠道菌群，也可保护心血管；⑤ 耐力和阻抗锻炼、冥想、热量限制模拟药物，也有益处。

Interventions to promote cardiometabolic health and slow cardiovascular ageing

05-23 DOI: 10.1038/s41569-018-0026-8

华西口腔医院廖等：中国人的口腔菌群银行

International journal of oral science[IF:3.93]

① 为了研究口腔菌群在口腔及系统性疾病中的作用，美国建立了人体口腔菌群数据库（HOMD）；② HOMD中包含了13个门的619个分类群，大多来自于美国人群，无法反映中国人的口腔菌群状态；③ 建立中国口腔菌群银行（OMBC），现已从中国人群中获取720份临床样本及289个口腔细菌菌株，并同时记录了每份样本的实验室与临床信息；④ 这些菌株属于3个细菌门（厚壁菌门、变形菌门、放线菌门）中的10个科，全部菌株均已被成功培养并鉴定了各类表型。

The Oral Microbiome Bank of China

05-03 DOI: 10.1038/s41368-018-0018-x

周学东+程磊+魏泓等：双胞胎的龋齿敏感性差异与口腔菌群相关

Scientific Reports[IF:4.259]

① 口腔菌群可能与龋齿、牙周炎、口腔癌等口腔疾病及某些全身性疾病相关；② 分析一对同卵双胞胎的口腔菌群，双胞胎的龋齿敏感性（DMFT）不同，并开发了小鼠模型；③ 对于双胞胎中的龋齿患者，其口腔菌群有着较高的代谢活性，并可产生更多的乳酸，超过80％的科类可以转移到无菌小鼠；④ 与龋齿相关的关键菌属在双胞胎之间是有显著差异的，并在小鼠中也发现类似菌属差异；⑤ 尽管遗传结构、生活环境和生活方式相似，双胞胎的口腔菌群仍可以相互区分。

Research on oral microbiota of monozygotic twins with discordant caries experience-in vitro and in vivo study

05-08 DOI: 10.1038/s41598-018-25636-w