大连菌群研究再登Cell：生酮饮食抗癫痫，离

发布时间：2020-06-26 来源：大连胃肠医院

菌群研究再登Cell：生酮饮食抗癫痫，离不开肠道菌

今天是第755期日报。

Cell：生酮饮食抗癫痫，需要特定肠道菌

Cell[IF:30.41]

① 两种小鼠模型表明，肠道菌群介导了生酮饮食（KD）的抗癫痫作用；② KD富集特定肠道菌，共定殖其中的Akk菌和粪副拟杆菌，使抗生素处理和无菌小鼠中KD的抗癫痫效果恢复；③ 移植KD小鼠粪菌或补充这两种菌，可提高普通饮食小鼠的抗癫痫能力；④ 其抗癫痫作用与结肠、血清和海马内的代谢谱变化相关：全身γ-谷氨酰氨基酸减少、海马内GABA/谷氨酸比值升高；⑤ 两种菌互相促进生长，降低了菌群的γ-谷氨酰转肽酶活性，抑制γ-谷氨酰化有助于抗癫痫。

The Gut Microbiota Mediates the Anti-Seizure Effects of the Ketogenic Diet

05-24 DOI: 10.1016/j.cell.2018.04.027

Nature子刊：整合多组学数据预测免疫疾病风险

Nature Immunology[IF:21.506]

① 选取534名健康志愿者，用20种病原体刺激外周血单核细胞、全血细胞、单核细胞产生的巨噬细胞；② 将基础免疫指标与分子生物学谱（基因组、代谢组、肠道菌群）结合，系统性分析其与细胞因子产生的相关性；③ 在91个不同的细胞因子-刺激物配对中，11类宿主因素可共同解释67%的细胞因子产生中的个体差异；④ 其中遗传因素是主因，其他因素也有贡献，基于遗传数据的多组学计算模型可预测细胞因子水平；⑤ 免疫疾病风险与细胞因子水平相关。

Integration of multi-omics data and deep phenotyping enables prediction of cytokine responses

05-21 DOI: 10.1038/s41590-018-0121-3

阜外张浩等：慢性缺氧伤肠道菌群，促骨髓间充质干细胞衰老

Nature Communications[IF:12.124]

① 对比非紫绀型和慢性缺氧的紫绀型先天性心脏病（CCHD）患者，后者的骨髓间充质干细胞（BMSC）易发生早衰、多向性分化潜能受损；② 血液和骨髓中积累的D-半乳糖导致活性氧积累是诱因；③ 缺氧改变CCHD患者肠道菌群多样性，乳杆菌属含量显著减少，与D-半乳糖血液浓度负相关，菌群中降解D-半乳糖的酶亦减少；④ 给慢性缺氧大鼠补充乳杆菌，可减少D-半乳糖的积累、恢复有缺陷的BMSC；⑤ 慢性缺氧使肠道菌群失调，诱导D-半乳糖积累，促BMSC早衰。

Hypoxia induces senescence of bone marrow mesenchymal stem cells via altered gut microbiota

05-22 DOI: 10.1038/s41467-018-04453-9

对标记基因扩增子序列的系统分类进行优化

Microbiome[IF:8.496]

① 基于19个模拟菌群，评估了QIIME1和QIIME2中常用的物种分类工具的性能；② 包括QIIME1中的RDP、BLAST、UCLUST和SortMeRNA，和QIIME2中的朴素贝叶斯学习分类器和VSEARCH、BLAST+等；③ 发现所有分类方法单一使用时都是参数敏感的，改变分类器参数可以使其性能变为最佳或者最差；④ q2-feature-classifier整合了朴素贝叶斯、VSEARCH和BLAST+等3个分类器，在QIIME2中首次发布，默认采用优化的“平衡”配置，达到或超过了其他方法的物种准确度。

Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2’s q2-feature-classifier plugin

05-17 DOI: 10.1186/s40168-018-0470-z

利用流式细胞术检测益生菌产品中的细菌活性（综述）

Trends in Food Science and Technology[IF:5.191]

① 通过特定染料（例如SYTO 9、PI等）对细菌中的活菌或死菌进行染色，可利用流式细胞术对益生菌产品中的活菌数量进行检测；② 另外，也可通过流式细胞术检测食品中的细菌数量，检测到的结果与平板计数法或基于16S rRNA的PCR检测获得的数据一致；③ 通过细菌对染料吸收能力的差异，或通过特异性抗体进行标记，结合活菌染色，可利用流式细胞术检测混合菌群中特定菌种或菌株；④ 利用流式分选技术，可将菌群中的特定群体分选出来并培养。

Flow cytometry as a potential method of measuring bacterial viability in probiotic products: A review

05-04 DOI: 10.1016/j.tifs.2018.05.006

苏大二附院：汉族1型糖尿病患者的肠道菌群分析

Diabetes Research and Clinical Practice[IF:3.639]

① 收集年龄在12岁-33岁的10名健康汉族和12名1型糖尿病（T1D）汉族的粪便样品，分析肠道菌群组成；② 健康人群和T1D受试者的细菌群落不同，在门水平，拟杆菌门和厚壁菌门分别是T1D患者和健康对照的主要门类；③ 检测到28个细菌分类进化支在2组之间的差异，T1D患者中13个显著增加，15个显著减少；④ Faecalibacterium的丰度与HbA1c水平负相关，抗胰岛细胞自身抗体的数量与拟杆菌属和嗜胆菌属的丰度正相关，与链球菌属和疣微菌科的丰度负相关。

Gut Microbiota Profiling in Han Chinese with Type 1 Diabetes

05-05 DOI: 10.1016/j.diabres.2018.04.032

血糖影响2型糖尿病患者的龈下菌群

Journal of Clinical Periodontology[IF:3.477]

① 牙周炎与2型糖尿病（T2DM）相关；② 21例T2DM患者根据血糖状况分为两组：DMI（HbA1c≥8％）和DMA（HbA1c <7.8％），评估血糖状况对牙周菌群的影响；③ DMA组菌群多样性高于DMI组，血糖控制不足有利于发酵菌种，尤其是与丙酸/琥珀酸生产相关的菌种，而产生丁酸/丙酮酸的菌种在DMI中降低；④ DMI组中咽峡炎链球菌和无乳链球菌的高丰度可能表明龈下部位可能是潜在的侵入性病原体的储存库。⑤ T2DM患者的血糖状况或可调节龈下生物膜的组成。

Glycemic Status Affects the Subgingival Microbiome of Diabetic Patients

05-09 DOI: 10.1111/jcpe.12908

口腔菌群与食管癌风险相关

Cancer Research[IF:9.122]

① 横断面研究发现细菌可能在食管腺癌（EAC）和食管鳞状细胞癌（ESCC）中发挥作用；② 在两个队列（81EAC/160匹配对照，25ESCC/50匹配对照）的前瞻性研究中评估口腔菌群与EAC和ESCC风险之间的关系；③ 牙周病原菌福赛斯坦纳菌与EAC高风险相关，共生菌奈瑟氏菌属和肺炎链球菌的消耗与EAC低风险相关，类胡萝卜素的细菌生物合成也与EAC保护相关；④ 牙周病原菌牙龈卟啉单胞菌与ESCC高风险相关。

Oral Microbiome Composition Reflects Prospective Risk for Esophageal Cancers

2017-11-30 DOI: 10.1158/0008-5472