大连人体-菌群共生体：疾病防治中的新理念

发布时间：2020-06-28 来源：大连胃肠医院

人体-菌群共生体：疾病防治中的新理念

今天是第738期日报。

防治疾病，应将人体和菌群作为共生体考虑

Microbiome[IF:8.496]

① 人体的肠道菌群组成有规律可循，如肠型和宏基因组多样性差异，与许多慢性疾病间存在相关/因果性；② 从生态学角度，肠道菌群-宿主共生系统可存在多种稳定状态；③ 西方生活方式中的饮食、抗生素、剖腹产等元素，可促使菌群从“健康”稳定态转变为“预病/疾病”稳定态；④ 治疗疾病时，应将人体与菌群作为共生系统整体考虑，以菌群和炎症等为靶点，多种方法综合应用，以帮助“预病/疾病”的菌群-宿主状态跨越临界点，重回健康稳定态。

Humans as holobionts: implications for prevention and therapy

05-01 DOI: 10.1186/s40168-018-0466-8

共生体基因组研究：不断演变的概念（综述）

Microbiome[IF:8.496]

① 十年间，共生体基因组的概念不断演变，最终有四点共识：② 所有动植物都是共生体，共生菌群有个体差异，随时间和环境条件变化，受宿主遗传影响；③ 共生菌可抵御病原菌入侵、提供营养素、调节脂肪存储、发育和行为，还是人静息时多达70%热量的来源；④ 共生体被视为进化选择的单位，包括宿主和微生物基因组在内的共生体基因组可在世代间传递；⑤ 还可通过调节种群结构，接纳新的微生物物种或水平基因转移等途径产生遗传变异。

The hologenome concept of evolution after 10 years

04-25 DOI: 10.1186/s40168-018-0457-9

将共生基因组学用于水产养殖

Trends in Biotechnology[IF:11.126]

① 水产养殖业中，鱼的基因型及其肠道菌群，对生长代谢和疾病抗性等关键表型有重要作用；② 增加产量的传统方法是筛选与表型对应的基因型，或调节鱼的肠道菌群，然而宿主与菌群的基因间存在复杂互作，不应分开看待；③ 提出应用共生组学框架：结合基因组、转录组、表观基因组、蛋白组、代谢组、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组，将鱼及其肠道菌群作为有机整体进行分析；④ 将共生基因组学方法应用于水产养殖，或能促进可持续生产。

Applied Hologenomics: Feasibility and Potential in Aquaculture

01-29 DOI: 10.1016/j.tibtech.2017.12.006

罗伊氏乳杆菌的益生菌作用（综述）

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 罗伊氏乳杆菌在人体胃肠道、泌尿道、皮肤等组织中广泛定植，具有促健康作用；② 该类杆菌产生的有机酸、罗氏菌素等抗菌分子可抑制病原微生物定植，改变宿主共生菌群结构；③ 部分菌株可促进调节性T细胞发育、减少促炎细胞因子产生，促进宿主免疫系统健康；④ 杆菌定植还可增强肠道屏障能力，减少微生物由肠道内腔向组织迁移，从而减轻炎症症状；⑤ 罗伊氏乳杆菌对于肥胖、神经发育障碍、系统性红斑狼疮等疾病治疗也具有重要作用。

Role of Lactobacillus reuteri in Human Health and Diseases

04-19 DOI: 10.3389/fmicb.2018.00757

工程益生菌作为病原感应器

ACS Synthetic Biology[IF:5.382]

① 金黄色葡萄球菌发病过程中产生的群体感应分子自诱导肽-I（AIP-I），可以利用特定重编程益生菌进行检测；② 将金黄色葡萄球菌中的Agr群体感应(AgrQs)系统整合到罗伊氏乳杆菌中，获得该类工程菌生物感应器，可以检测到毫微摩尔级浓度的AIP-I；③ 该生物感应器可用于快速、高通量检测混合物中的AIP-I含量；④ 该生物感应器可感知浓度低至0.5nM的AIP-I，可定性和定量检测医疗环境中的葡萄球菌，有助于进行葡萄球菌污染控制和高通量药物筛选。

Reprogramming Probiotic Lactobacillus reuteri as a Biosensor for Staphylococcus aureus Derived AIP-I Detection

04-13 DOI: 10.1021/acssynbio.8b00063

中科院宋立岩等：垃圾填埋促进抗生素耐药性的积累

Science of the Total Environment[IF:4.9]

① 用于处理城市固体垃圾的填埋处理法可能会提高抗生素耐药基因（ARG）的水平；② 从最初的有氧分解阶段到后期产甲烷阶段，抗生素耐药基因的总丰富从431.0ppm增加到643.9ppm；③ 分解过程中ARG的种类逐渐由特异性耐药转变为多重耐药，潜在ARG宿主菌的增殖推动了这种类群变化；④ mexF和mexW这两种ARG的增长主要由假单胞菌引起；⑤ 编码外排泵的ARG丰度增加，可能有特定的ARG宿主菌为适应分解过程中碳和能量的短缺，而产生了这种机制。

Metagenomic analysis of antibiotic resistance genes (ARGs) during refuse decomposition

04-12 DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.04.048

宏基因组测序深度对牛粪样品分析的影响

Scientific Reports[IF:4.259]

① 在牛粪便菌群中，比较不同测序深度关于菌群分类结构和耐药基因（ARG）流行生成有意义信息的能力；② 对四个肉牛饲养场的8个复合粪便样品进行测序，宏基因组DNA测序至不同的深度D1，D0.5和D0.25，平均样品读数分别为117、59和26万；③ 无论深度如何，读长分配的相对比例保持稳定；④ 随着深度的增加，分配给ARGs以及微生物群落的读长数显著增加；⑤ D0.5的深度适合描述牛粪便样本的微生物组和耐药基因组。

Impact of sequencing depth on the characterization of the microbiome and resistome

04-12 DOI: 10.1038/s41598-018-24280-8

获得性免疫缺失影响脂代谢

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 固有和获得性免疫在个体发生中对肠道菌群的相应应答机制还不明确；② 正常稳态情况下，肠道中的固有免疫细胞Th17和Treg会抑制IL23-ILC3-IL22信号，Th17细胞分泌的IL17会激活肠上皮细胞（IEC）信号，对菌群形成免疫耐受；③ 缺乏获得性免疫时，肠道菌群会刺激CCR2+单核细胞分泌IL23，从而激活固有免疫淋巴细胞ILC3分泌IL22作用于IEC，而这种情况会导致脂代谢失调。

Without Adaptive Immunity, There's a Cost to Responding STAT

04-03 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.03.011