大连菌群研究再起小高潮，Nature及其子刊3连

菌群研究再起小高潮，Nature及其子刊3连发

今天是第690期日报。

Nature: 非抗生素药物同样影响肠道细菌

Nature[IF:40.137]

① 比对1079种市售药物对代表性肠道共生细菌的影响，发现24%以人体为靶位的药物对肠道细菌有抑制作用；② 抗精神病药物的抗菌作用尤为典型，指示这类药物对肠道共生菌的影响可能是一种药物机理；③ 人靶标药物影响共生菌，造成的副作用与抗生素的抑菌效果类似，这一结果与现有人群荟萃分析结果一致；④ 人靶标药物与抗生素效果的一致性，指示共生细菌中存在广谱的药物耐受机制；⑤ 非抗生素类药物对肠道菌耐药性的影响，值得深入研究。

Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria

03-19  DOI: 10.1038/nature25979

南方医科大学：过量对乙酰氨基酚引发肝损伤，菌群可能是关键

Journal of Hepatology[IF:12.486]

① 对乙酰氨基酚（APAP）可引起急性肝损伤，并表现出昼夜变化；② 雄性小鼠每日分别在活动期（ZT12）及休息期（ZT0）结束时服用两次APAP，分为2组，其中1组抗生素处理；③ APAP在ZT12时期造成的肝损伤显著高于ZT0时期，抗生素可减少APAP在ZT12时造成的肝损伤；④ 接受ZT12时期粪便移植的小鼠相对于接受ZT0时期粪便移植的小鼠，肝损伤更为严重；⑤ ZT12及ZT0时期的盲肠菌群及肠道菌群代谢产物均有显著差异，1-苯基-1,2-丙二酮在ZT12时期更高。

Gut microbiota mediates diurnal variation of acetaminophen induced acute liver injury in mice

03-07  DOI: 10.1016/j.jhep.2018.02.024

Nature子刊：96株肠道菌的体外培养和代谢分析

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 选择有代表性的96株肠道菌（常见人体肠道共生菌、益生菌、致病菌等），分析在19种培养基中的生长特性；② 76个菌株能在至少一种成分确定的培养基中生长，使得准确评估这些细菌的生物合成能力成为可能，mGAM和M4培养基或许最适合培养肠道菌；③ 不同菌株的生物合成能力和种系发生未必匹配，即分类学上接近的细菌，对培养基的偏好可存在很大差异，反之亦然；④ 氨基酸和短链脂肪酸可抑制多种肠道菌，鉴定出多个降解/利用粘蛋白的菌种。

Nutritional preferences of human gut bacteria reveal their metabolic idiosyncrasies

03-19  DOI: 10.1038/s41564-018-0123-9

Nature子刊：瘤胃细菌/古菌基因组再添410个

Nature Biotechnology[IF:41.667]

① 对培养的410个瘤胃细菌和古菌基因组进行测序、组装和注释，与另外91个已公开的基因组，共同组成Hungate基因组目录，在菌属水平代表了约75%的瘤胃细菌和古菌；② 评估瘤胃菌群的多糖降解、短链脂肪酸生成和甲烷生成通路，将特定分类群与功能相对应；③ 501个基因组中的336个存在于现有的瘤胃宏基因组数据集中，134个出现在人体肠道微生物组数据集；④ 瘤胃菌群富含参与维生素B12合成的基因，此外存在进化中的基因丢失和潜在的垂直遗传。

Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection

03-19  DOI: 10.1038/nbt.4110

Nature Reviews：效益和政策制约业界对耐药细菌疫苗的热情

Nature Reviews Drug Discovery[IF:57]

① 使用疫苗应对细菌耐药性（AMR）具有可观的前景，但细菌疫苗的研发和推广受效益和政策的制约；② 疫苗可预防感染，避免由于细菌增殖而积累的耐药突变；③ 抗生素的靶位单一，而疫苗可针对细菌细胞的多个结构，使其难以形成耐药机制；④ 已有若干针对高风险耐药菌的疫苗处于三期临床阶段，但仍需建立评价标准，系统性地评估疫苗对防控AMR的作用；⑤ 慈善及民间机构的支持有利于抗AMR疫苗的研发，但政府和业界需摸索出推广这类疫苗的商业模式。

Vaccines take a shot at antimicrobial resistance

03-09  DOI: 10.1038/nrd.2018.8

SR：利用宏基因组测序分析玻璃体菌群

Scientific Reports[IF:4.259]

① 对接受过白内障手术及玻璃体内注射的眼内炎患者及非眼内炎患者对照的玻璃体（眼内体液）菌群进行分析；② 利用玻璃体切除术中使用的平衡盐溶液作为DNA提取空白对照，对比2种DNA提取方法，发现一种超净生产试剂可降低背景DNA的含量；③ 通过宏基因组测序获得的序列信息与通过培养法分离出的菌株信息几乎一致；④ 在一些眼内炎患者中，通过全基因组/宏基因组序列组装，可鉴定出抗生素耐药性基因。

Genomics-Based Identification of Microorganisms in Human Ocular Body Fluid

03-07  DOI: 10.1038/s41598-018-22416-4

AJG：蛋白组学鉴定儿童IBD相关生物标志物

American Journal of Gastroenterology[IF:9.566]

① 获取18名非IBD对照及42名IBD患者的升结肠及降结肠的肠道粘膜-内腔界面（MLI）抽吸物，利用液相色谱-质谱进行蛋白组学分析；② 可通过4种蛋白质（基因名分别为LT4AH、CAT、TKT、ANXA3）的组合区分活动期IBD与非IBD患者，③ 另外4种蛋白质的组合（基因名分别为LT4AH、TXNDC17、TMSB10、VASP）可在溃疡性结肠炎患者中区分全结肠炎（pancolitis）及非全结肠炎患者；④ 过氧化氢酶及LTA4H在IBD患者的粪便样本中显著高于非IBD患者。

Mucosal-luminal interface proteomics reveals biomarkers of pediatric inflammatory bowel disease-associated colitis

03-12  DOI: 10.1038/s41395-018-0024-9

Lancet：达利珠单抗退市药物安全问题不容忽视

Lancet[IF:47.831]

① 3月7日，欧洲药品管理局（EMA）建议立即暂停使用并召回用于治疗多发性硬化的达利珠单抗（daclizumab）；② 共报道了12起达利珠单抗引起的严重炎症性大脑功能紊乱，包括3起死亡病例；③ 2016年，达利珠单抗基于2期随机对照临床试验的结果获批上市，然而始终受到安全性问题困扰；④ 在美国，因其造成的肝脏毒性及免疫介导的紊乱，只有对2种或以上多发性硬化药物无应答的患者可使用；⑤ 达利珠单抗事件提示，需对新上市的药物持续进行安全性评估。

End of the road for daclizumab in multiple sclerosis

03-17  DOI: 10.1016/S0140-6736(18)30565-8

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