大连FMT新突破：追踪菌株，预测患者的术后

发布时间：2020-07-05 来源：大连胃肠医院

FMT新突破：追踪菌株，预测患者的术后菌群

今天是第665期日报。

Cell子刊：在菌株水平追踪FMT前后的菌群变化

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 分析18位复发艰难梭菌感染患者在粪菌移植（FMT）期间和前后的肠道菌群；② 成功建模预测细菌在患者中的植入情况，并开发出用于解析菌株动态变化的方法Strain Finder；③ FMT后患者的菌群动态存在较大个体差异，是来自患者、供体和环境细菌的复杂混合，FMT疗效或取决于某些特定菌株的植入；④ 细菌植入情况主要取决于在供体和患者中原来的丰度+细菌类别，来自供体某菌种的多个菌株以“全或无”的方式定殖；⑤ 这些原理在其他FMT数据中得到验证。

Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation

02-14 DOI: 10.1016/j.chom.2018.01.003

Cell子刊：不同肠道微环境中的细菌互作及竞争

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 利用霍乱弧菌的DNA接合转移，以跟踪兔模型体内细菌间发生直接接触的位点，并测定6型分泌系统（T6SS）介导的细胞杀伤作用发生的位置；② 大部分接触依赖型的细胞间互作发生于远端小肠和盲肠；③ T6SS赋予了霍乱弧菌在小肠中段定殖的竞争优势，而在远端小肠和盲肠处，T6SS介导了霍乱弧菌种群内部的竞争；④ 宿主体内由细菌接合引起的DNA转移频率高于体外试验；⑤ 依赖接触的细胞间互作以及T6SS，对霍乱弧菌在肠道的定殖具有重要作用。

Tracking Vibrio cholerae Cell-Cell Interactions during Infection Reveals Bacterial Population Dynamics within Intestinal Microenvironments

02-02 DOI: 10.1016/j.chom.2017.12.006

GM：遗传因素对不同部位菌群的影响不一样

Genome Medicine[IF:7.071]

① 选取来自人类微生物组项目（HMP）中的298个健康志愿者进行全基因组测序，分析宿主遗传因素对身体不同部位的菌群的影响；② 胃肠道及口腔菌群的组成特征与宿主遗传因素相关，例如FUT2（岩藻糖基转移酶基因）的分泌状态及LCT基因附近的与乳糖不耐受相关的突变体与粪便双歧杆菌丰度相关；③ 但鼻孔和阴道菌群的组成特征与遗传因素无显著关联；④ 在不同的身体部位，菌群特征与遗传因素的相关性有所差异。

Host genetic variation and its microbiome interactions within the Human Microbiome Project

01-29 DOI: 10.1186/s13073-018-0515-8

Nature子刊：绿脓杆菌中T3SS可改变宿主细胞表观遗传

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 由绿脓杆菌引起的宿主细胞组蛋白H3去磷酸化修饰，依赖T3SS分泌系统，反应的发生与感染时间有关；② PopB-PopD易位子作为新的T3SS作用分子，引发组蛋白的去磷酸化和去乙酰化修饰反应，是一种膜孔形成毒素；③ 绿脓杆菌通过T3SS将PopB-PopD注射进宿主细胞后离开，PopB-PopD遗留在宿主细胞膜上形成钾离子通道，引起磷酸化组蛋白H3丝氨酸10的去磷酸化，破坏组蛋白网络；④ 蛋白磷酸酶PP1参与细胞内的磷酸化组蛋白H3丝氨酸10的去磷酸化反应。

Pore-forming activity of the Pseudomonas aeruginosa type III secretion system translocon alters the host epigenome

02-05 DOI: 10.1038/s41564-018-0109-7

ISME：小鼠肠道菌群中的溶原性细菌

ISME Journal[IF:9.664]

① 在C57BL/6J小鼠中检测溶源性细菌的丰度和多样性；② 大部分共生细菌被鉴定为溶源菌，与拟杆菌门和放线菌门相比，在厚壁菌门和变形菌门中有更多的溶源性细菌；③ 前噬菌体与游离噬菌体的宏基因组序列高度相似，前噬菌体可能自发诱导为活性噬菌体，饮食干预可改变诱导的前噬菌体的组成；④ CRISPR-Cas系统在少数共生细菌中存在，对肠道噬菌体有活性的较少；⑤ 细菌-噬菌体感染网络为“嵌套-模块化”结构，噬菌体在肠道生态中导致溶源性的流行。

Lysogeny is prevalent and widely distributed in the murine gut microbiota

02-07 DOI: 10.1038/s41396-018-0061-9

第三军医大：氧化三甲胺诱导血管炎症的新机制

Journal of the American Heart Association[IF:4.863]

① 氧化三甲胺（TMAO）可诱导人脐静脉内皮细胞（HUVEC）和ApoE-/-小鼠主动脉的炎症，并在体外和体内促进NLRP3和活化的caspase-1 p20的表达，并增强caspase-1的活性；② caspase-1抑制剂、NLRP3抑制剂、NLRP3 siRNA可减弱TMAO诱导的NLRP3炎症小体活化，并抑制HUVEC中的炎症；③ 在HUVEC和ApoE-/-小鼠主动脉中，TMAO刺激线粒体的氧化应激（ROS），抑制SOD2激活和SIRT3表达；④ 在HUVEC和小鼠动脉中，清除ROS或敲除SIRT3可减弱NLRP3炎症小体激活。

Trimethylamine-N-Oxide Induces Vascular Inflammation by Activating the NLRP3 Inflammasome Through the SIRT3-SOD2-mtROS Signaling Pathway

2017-09-04 DOI: 10.1161/JAHA.117.006347

Neurotherapeutics：肠道菌群与神经内分泌系统（综述）

Neurotherapeutics[IF:5.166]

① 肠道菌群与神经内分泌系统通过下丘脑-垂体-肾上腺（HPA）轴产生多向相互作用；② 益生菌可能通过免疫调节及减少肠道屏障菌群易位作用，影响神经内分泌生理稳态；③ 无菌小鼠的皮质酮水平及HPA轴活性上升，表明肠道菌群对HPA轴发育及神经调节的中心作用；④ 受肠道菌群初始组成的差异、抗生素的脱靶效应等因素影响，口服抗生素可产生有益或有害影响；⑤ 同时，肠道菌群、神经内分泌系统间的通讯还可能与免疫系统、肠道-血脑屏障等系统相关。

Gut Microbiota and the Neuroendocrine System

01-27 DOI: 10.1007/s13311-017-0600-5

Microbiome：食物链如何影响鲈鱼的肠道菌群

Microbiome[IF:8.496]

① 将鲈鱼暴露于捕食者和不同食物配给中，检测肠道菌群的组成及功能变化，以及变化是否与宿主性别相关；② 鲈鱼个体的肠道菌群组成对食物配给和捕食者的存在有显著反应；③ 肠道菌群的物种丰富度随捕食者的存在而下降，鉴定出因捕食者而增加的一组不同细菌门中的23个分类群；④ 食物配给和捕食压力影响肠道菌群的代谢库，如次级代谢产物的生物合成、辅因子代谢和维生素；⑤ 食物配给对鲈鱼肠道菌群的影响存在性别差异。

Effects of predation stress and food ration on perch gut microbiota

02-06 DOI: 10.1186/s40168-018-0400-0