大连迎新春：华人团队近期肠道和菌群研究大

发布时间：2020-07-05 来源：大连胃肠医院

迎新春：华人团队近期肠道和菌群研究大放送

今天是第663期日报。日报将在大年三十到初七休刊，祝大家春节快乐！

中山大学医学院：新生儿中，髓系抑制细胞对调控炎症反应很重要

Nature Medicine[IF:29.886]

① 髓源性抑制细胞（MDSC）短暂出现于小鼠和人类的新生儿期，可强力抑制T细胞，此活性由母乳中的乳铁蛋白触发，由一氧化氮、PGE2、S100A9和S100A8蛋白介导；② 新生儿MDSC的转录组与肿瘤MDSC相似，但其抗微生物基因网络表达上调，有强效的抗菌活性；③ 小鼠模型中，MDSC可控制新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）；④ 极低体重婴儿易得NEC，其体内MDSC水平和免疫抑制活性较低；⑤ MDSC在新生儿中的短暂存在，或对菌群定殖带来的炎症反应有重要调控作用。

Transitory presence of myeloid-derived suppressor cells in neonates is critical for control of inflammation

01-15 DOI: 10.1038/nm.4467

MI：菌群代谢物SCFA促进肠上皮表达抗菌肽的机制

Mucosal Immunology[IF:7.478]

① 肠道菌群可刺激肠上皮细胞（IEC）表达抗菌肽，如RegIIIγ和某些防御素；② 在G蛋白偶联受体（GPR）43敲除的小鼠中，IEC表达的RegIIIγ和β-防御素水平较低；③ 对野生型小鼠而非GPR43敲除小鼠，喂食短链脂肪酸（SCFA）可促进IEC生成RegIIIγ和防御素，与在小鼠肠上皮体外培养的类肠组织中的情况一致；④ SCFA在IEC中激活mTOR和STAT3，敲除mOTR和STAT3可削弱SCFA对抗菌肽的诱导；⑤ 肠道菌群代谢物SCFA经GPR43促进IEC生成RegIIIγ和β-防御素。

GPR43 mediates microbiota metabolite SCFA regulation of antimicrobial peptide expression in intestinal epithelial cells via activation of mTOR and STAT3

02-07 DOI: 10.1038/mi.2017.118

香港理工大深圳研究院：快速高效的多重耐药质粒测序新方法

GigaScience[IF:6.871]

① 编码多重耐药性（MDR）的质粒是抗生素耐药基因在细菌间传播的分子载体；② 使用MinION新型纳米孔测序平台，可快速高效地获取多种MDR质粒序列；③ 用快速条形码测序方案，对单次MinION运行生成的长读序列进行组装，获得了多种菌株中的20个质粒的完整序列；④ 有单一长读序列覆盖整个质粒序列的记录；⑤ 用这种方法对MDR质粒进行系统评估，方便且性价比高。

Efficient generation of complete sequences of MDR-encoding plasmids by rapid assembly of MinION barcoding sequencing data

01-09 DOI: 10.1093/gigascience/gix132

清华深圳研究生院：中国城市中的垃圾渗滤液含有大量抗生素耐药基因

Water Research[IF:6.942]

① 在中国12个城市的垃圾渗滤液中，检测到21个抗生素耐药基因（ARG）类型，526个亚型，其中68个亚型占所有样本中ARG丰度的73.4%-93.4%；② 含量最高的ARG有4个，sul1、sul2、aadA和bacA，可作为ARG指标，通过线性函数对总丰度进行量化预测；③ 未检测到不同城市间存在明显不同的ARG区域分布模式；④ 污水处理厂厌氧污泥中90%的ARG亚型与渗滤液中的重叠；⑤ 微生物群落组成可能是垃圾渗滤液中ARG组成的决定因素，17个属可能是多重ARG的潜在宿主。

Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis

02-05 DOI: 10.1016/j.watres.2018.01.063

山东农业大学：羊的肠道菌群有什么特征？

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 高通量测序法分析小尾寒羊肠道菌群的结构和分布；② 与空肠相比，回肠和直肠的菌群有较高的菌种丰度，且有较高的细菌多样性相似度；③ 空肠中以厚壁菌门和蓝藻细菌为主，而回肠和直肠中，厚壁菌门和拟杆菌门占主要地位，拟杆菌属、瘤胃球菌属、乳杆菌属、梭菌属、Flavonifractor等是该肠段的主要菌属；④ 从空肠经回肠到直肠，乳杆菌属含量持续减少，拟杆菌属与之相反；⑤ 多种与挥发性脂肪酸生成有关的细菌在大肠中定殖。

The dynamic distribution of small-tail Han sheep microbiota across different intestinal segments

01-31 DOI: 10.3389/fmicb.2018.00032

中国农业大学：发酵玉米麸皮对肥育猪肠道菌群的影响

Frontiers in cellular and infection microbiology[IF:4.3]

① 分析经枯草芽孢杆菌MA139发酵的膳食玉米麸皮（CB）对肥育猪的生长及其肠道菌群组成的影响；② 60只肥育猪分为3个不同食物组：对照、添加10%CB、添加10%发酵CB（FCB），进行21天饲养试验；③ CB和FCB组中，猪的生长性能没有明显改变，对有机质的消化能力有所下降；④ FCB组中猪的肠道菌群的丰度和多样性有所下降；⑤ 与纤维素降解有关的细菌丰度，在CB组中较高，而FCB组中淀粉发酵细菌含量较高。

Dietary Corn Bran Fermented by Bacillus subtilis MA139 Decreased Gut Cellulolytic Bacteria and Microbiota Diversity in Finishing Pigs

2017-12-22 DOI: 10.3389/fcimb.2017.00526

香港科技大深圳研究院+中科院南海海洋研究所：中国南海的珊瑚菌群

Scientific Reports[IF:4.259]

① 在中国南海5个不同位置，收集盔形珊瑚属和蔷薇珊瑚属的样品，进行16S测序和多变量分析；② 每种珊瑚的微生物组合都是独特的，与对应位置的海水不同；③ 珊瑚菌群中，变形菌门是主导，其次是拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门和放线菌门；④ 宿主类型而不是地理位置或海水，是珊瑚微生物组合的主要决定因素；⑤ 盔形珊瑚属有61种共现菌，蔷薇珊瑚属有80种，大部分是珊瑚中的常见菌种，在宿主营养代谢、碳氮硫循环、宿主解毒和气候变化中有潜在作用。

Exploring coral microbiome assemblages in the South China Sea

02-05 DOI: 10.1038/s41598-018-20515-w

复旦大学：中国市场婴儿奶粉中添加的益生菌情况分析

International Dairy Journal[IF:2.067]

① 动物双歧杆菌乳双歧亚种（BAL）中的菌株是中国奶粉市场上最常见的添加益生菌；② 用4种基因型分型方法，包括16S rRNA、 MLST（多位点序列分型）、 PFGE（脉冲场凝胶电泳）、SNP-INDEL（单核苷酸多态性-插入删除多态性），对从20种市售奶粉中分离出的30种菌进行分析；③ 与产品标签信息进行比对，发现标签声明中菌株的整体正确性约80%；④ 结合使用多种分子生物学基因型分析方法，可准确有效的鉴定市售奶粉中常见的遗传背景相似的BAL菌株。

Identification and characterisation of bifidobacteria in infant formula milk powder obtained from the Chinese market

01-31 DOI: 10.1016/j.idairyj.2018.01.003