大连12月，最值得看的30篇菌群文献！

12月，最值得看的30篇菌群文献！

今天是第619期日报。

一图读懂：人与肠道菌群休戚与共的一生（必读Cell综述）

Cell[IF:30.410]

① 共生体的概念被认可和传播，人类从根本上改进了对进化、健康、疾病和衰老的认识；② 在人体发育的不同阶段，肠道微生物有对应特征并充分影响生理功能；③ 衰老进程中，运动减少、营养改变、药物和居住状态变化均会影响微生物及其产物，带来生理和免疫变化；④ 人体自身基因组很难改变，而微生物组却可通过粪菌移植、益生元/菌、抗生素等众多手段干预调节；⑤ 微生物组的改变会影响大脑和神经功能，人的精神和意识很大程度上也是属于微生物的。

Our Gut Microbiome: The Evolving Inner Self

2017-12-14  DOI: 10.1016/j.cell.2017.11.024

NEJM：一文读懂非酒精性脂肪性肝炎（综述）

New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）与超重和肥胖及代谢综合征密切相关，850万人的调查显示，80%的NASH患者超重或肥胖，72%血脂异常，44%诊断为2型糖尿病；② 肝细胞损伤和死亡是NASH鉴别诊断的关键，肝细胞损伤诱导应激应答；③ PNPLA3和TM6SF2多态性等遗传学因素以及肠道共生菌改变等环境因素，促进NASH和相关肝损伤的发生；④ 准确的诊断包括肝损伤的程度、纤维化的水平，治疗针对代谢应激、炎症和纤维化三个环节，目前正在进行多项临床研究。

Cause, Pathogenesis, and Treatment of Nonalcoholic Steatohepatitis

2017-11-23  DOI: 10.1056/NEJMra1503519

GB：一文读懂菌群多组学分析（必读综述）

Genome Biology[IF:11.908]

① 如何将人群研究的数据转化为分子机制研究，以找出影响人体健康的菌群特性，是菌群研究的一大挑战；② 菌群分子流行病学研究需整合多组学数据（宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组），包括数据的获得、整合、标准化、定量分析；③ 找出疾病相关因素，整合不同研究进行meta分析，并在动物和细胞实验中进行验证；④ 进行菌群分子流行病学研究需考虑实验设计因素、生物信息学数据分析和统计学等具体方法工具，需了解各种方法工具的局限性。

Experimental design and quantitative analysis of microbial community multiomics

2017-11-30  DOI: 10.1186/s13059-017-1359-z

Nature Reviews：肠道等上皮组织中的γδ T细胞（必读综述）

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

① 表皮及肠道的上皮组织中，存在大量的上皮内γδ T细胞，其对上皮组织的完整性、修复、宿主稳态、抑制病原体感染有着重要作用；② 树突状表皮γδ T细胞（DETC）存在与表皮中，在角质细胞损伤的情况下，DETC被活化，从树突状形态变为圆形，并释放胰岛素样生长因子I（IGF1）、角质细胞生长因子（KGF）及KGF2；③ 肠道γδ上皮内淋巴细胞（IEL）分泌KGF，诱导肠道上皮细胞增殖，并增加屏障完整性，在组织损伤后通过分泌TGFβ1促进上皮修复。

γδ T cells in homeostasis and host defence of epithelial barrier tissues

2017-09-18  DOI: 10.1038/nri.2017.101

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 2011年，MetaHIT团队提出“肠型”概念，将肠道菌群分为B、P和F三类；② 这有潜在研究和临床价值，但争议不小，不同人根据不同试验、算法和分析方法，认为菌群应分为2种、4种肠型甚至是连续不可分型；③ 为统一认识和指导实践，29位世界主流菌群科学家联合提出新的肠型分类器及公开比对数据库；④ 新方案充分利用和验证HMP等数据库，综合考虑菌群功能、生态学及临床需求，能更好指示出疾病和健康状态的菌群类型；⑤ 共识仍存局限，但意义重大。

Enterotypes in the landscape of gut microbial community composition

2018-01-01  DOI: 10.1038/s41564-017-0072-8

Lancet：40年来，肥胖病发病率至少升7倍（必收藏数据）

Lancet[IF:47.831]

① 选取1975-2016年间200个国家的2416项人群研究，分析1.289亿5岁以上人群的平均BMI趋势，包括3150万5-19岁青少年BMI的分层流行情况；② 全球年龄标准化的肥胖发病率，女孩由1975年的0.7%升至2016年的5.6%，男孩由0.9%升至7.8%，严重地区包括库克群岛、瑙鲁、帕劳等；③ 全球中重度低体重率呈下降趋势，印度的发生率最高，女孩/男孩分别为22.7%/30.7%；④ 尽管处在高水平，但高收入国家儿童和青少年平均BMI趋于稳定，部分亚洲国家则仍在上升。

Worldwide trends in body-mass index, underweight, overweight, and obesity from 1975 to 2016: a pooled analysis of 2416 population-based measurement studies in 1289 million children, adolescents, and adults

2017-12-16  DOI: 10.1016/S0140-6736(17)32129-3

Nature：新方法，促进菌群研究从相关到因果！

Nature[IF:40.137]

① 在结肠炎小鼠模型中定殖不同菌群，生存状况各异，共饲养让菌群有交流，小鼠展现出结肠炎中度敏感性；② 利用“微生物-表型三角剖分法”，发现毛螺菌科可防止疾病，通过定向微生物培养技术，明确Clostridium immunis阻止结肠炎倾向性小鼠死亡；③ 该方法具有普适性，利用它成功鉴定几种诱导一种肠道抗菌肽表达的共生菌；④ 对完全不同的表型，该方法将相关性微生物组分析“升格”为因果性微生物鉴定，预计可在人类微生物组研究中被广泛应用。

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