大连冷冻电镜：结构生物学家最爱，微生物学

发布时间：2020-07-12 来源：大连胃肠医院

冷冻电镜：结构生物学家最爱，微生物学家得会用~

今天是第593期日报。

Nature子刊：冷冻电镜在微生物学中的应用

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 冷冻电镜技术解析生物大分子的立体结构以研究其功能，通过将薄层生物样品快速冷冻，从而保留大分子的天然结构，且无需结晶；② 单颗粒分析技术能达到接近原子级的分辨率，揭示出许多参与基本生命过程的生物大分子/复合体（核糖体、RNA聚合酶等）的结构；③ 冷冻电子断层扫描技术分辨率略低（4-6nm），可直接看到大分子复合体在细胞内的形态和排布，多用于细菌和古细菌内相关结构（细胞骨架、化学感应及运动相关复合体）的研究。

The development of cryo-EM and how it has advanced microbiology

2017-11-24 DOI: 10.1038/s41564-017-0073-7

Microbiome：抗生素抗性基因在全球饮用水中普遍存在

Microbiome[IF:8.496]

① 为研究抗生素抗性基因（ARG）在饮用水中的分布，建立广泛的地区饮用水抗生素抗性组目录，并探讨ARG的潜在寄主；② 在全球25个城市饮用水样本中，共检测到属于16种ARG类型的181种亚型；③ 中国河南省的样本中ARG丰度最高，84％的样本中ARG丰度高于典型的沉积物和土壤生态系统；④ 饮水中杆菌肽、氨基糖苷、磺胺、β-内酰胺等抗性基因占优势，宿主为食酸菌属、不动杆菌属、气单胞菌属、甲基杆菌属等；⑤ 应警惕ARG在饮用水系统中的潜在水平传播。

Catalogue of antibiotic resistome and host-tracking in drinking water deciphered by a large scale survey

2017-11-28 DOI: 10.1186/s40168-017-0369-0

EST：警惕污水处理后残留的游离抗生素耐药基因

Environmental Science & Technology[IF:6.198]

① 在一个大型市政污水处理厂中，分析细胞相关及游离的抗生素耐药基因（ARG）；② 在未经处理的废水中，细胞相关ARG占主要部分；③ 经过生物处理、污泥沉降、膜过滤、消毒后，细胞相关的ARG显著减少，但ARG/16S rRNA的比值在消毒后上升；④ 污水处理过程去除游离ARG的比例为0.36log-2.68log，而细胞相关ARG的去除比例为3.21log-4.14log；⑤ 25天的储存后，游离ARG在生物处理后的废水及消毒后的废水中均增加。

Cell-free DNA: a neglected source for antibiotic resistance genes spreading from WWTPs

2017-11-28 DOI: 10.1021/acs.est.7b04283

FM：微生物组数据中的“0”

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 利用Yatsunenko等2012年发表的全球肠道数据，建立新的ANCOM-II方法；② 微生物组数据中的三种零分别为：极值零、结构性零和取样零，比较两个以上组别分类的平均相对丰度，同时考虑组成结构和数据中零的类型，当存在两个或以上顺序实验组时执行约束推理；③ 采用真实数据和负二项式分布等模拟研究，相比于DESeq2等常用方法，ANCOM-II法可有效控制错误发现率（FDR）；④ 假计数的方法非常保守，传统的t检验忽略了高FDR数据中的基本单纯结构。

Zeros in microbiome data

2017-11-07 DOI: 10.3389/fmicb.2017.02114

PP：寄生虫与大肠杆菌联合感染，加剧小鼠的营养不良症状

PLoS Pathogens[IF:6.608]

① 篮氏贾第鞭毛虫及凝聚性大肠杆菌（EAEC）联合感染小鼠，引起蛋白质营养不良；② 篮氏贾第鞭毛虫感染的小鼠缺少促炎症肠道反应，与儿童感染后的症状相似；③ 篮氏贾第鞭毛虫感染打乱了菌群-宿主通过蛋白质水解产生的共代谢产物，但宿主可通过利用烟酰胺恢复生长；④ EAEC促进肠道炎症及髓系细胞活化，联合感染时炎症维持，但抑制了髓系细胞的活化；⑤ EAEC抑制了宿主对篮氏贾第鞭毛虫的能量消耗调节响应，宿主代谢适应耗尽。

Cross-modulation of pathogen-specific pathways enhances malnutrition during enteric co-infection with Giardia lamblia and enteroaggregative Escherichia coli

2017-07-27 DOI: 10.1371/journal.ppat.1006471

Nature子刊：细菌+寄生虫联合感染，加剧营养不良

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 儿童营养不良是全球性健康问题，但单纯提供有营养的食物效果并不理想；② 构建小鼠联合感染模型，探究营养不良小鼠体内细菌肠道病原体（凝聚性大肠杆菌，EAEC）和寄生虫（贾第虫）的相互作用；③ 发现贾第虫和EAEC的共同感染，加剧了营养不良小鼠减重和肠损伤，并影响肠道菌群，导致宿主和菌群代谢状态的改变，降低营养不良宿主的生长速度；④ 寄生虫-细菌之间的相互作用还有待探讨，研究开启了设计更有效的儿童营养不良干预措施的第一步。

Infections: Feeding the microbial multitudes: co-infection in a malnourished host

2017-12-27 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.133

IJBM：利用加氏乳杆菌中的菊粉蔗糖酶，通过蔗糖合成菊粉

International Journal of Biological Macromolecules[IF:3.671]

① 菊粉由通过β-（2,1）糖苷键连接的果糖残基组成；② 克隆、表达和纯化来自加氏乳杆菌DSM 20604的菊粉蔗糖酶基因；③ 该重组菊粉蔗糖酶是一种分子量为63KDa的单体蛋白，其蔗糖水解和转糖基活性的最适pH为5.5；④ 蔗糖水解、转糖基活性和总活性的最佳温度分别为45、25和35℃，最佳酶用量为4.5U / g蔗糖，较高的蔗糖浓度极大促进了菊粉的生物合成；⑤ 菊粉蔗糖酶产生的是一种菊粉型果聚糖，分子量为5.858×10（6）Da。

Biosynthesis of inulin from sucrose using inulosucrase from Lactobacillus gasseri DSM 20604

2017-11-20 DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2017.11.120

CJ：牙周疾病、口腔菌群、胰腺癌之间的关联（综述）

Cancer Journal[IF:4.218]

① 对牙周疾病、口腔菌群、胰腺癌风险之间关联的流行病学研究进行系统性综述及meta分析；② 胰腺癌风险增加与牙周疾病相关，相对风险在1.5-2之间，meta分析后得出的相对风险为1.74；③ 对血液中靶向致病口腔细菌/共生口腔细菌的抗体进行分析，揭示了某些口腔细菌及口腔菌群多样性可能与胰腺癌相关；④ 胰腺癌、口腔菌群、牙周病之间可能存在着复杂关联，需要更大型的综合研究，以检测连续收集的流行病学/临床数据，以及血液、组织、菌群样本。

Oral Health and the Oral Microbiome in Pancreatic Cancer: An Overview of Epidemiological Studies

2017-11-30 DOI: 10.1097/PPO.0000000000000287