大连城市中国人，菌群在西化；隔日禁个食，

发布时间：2020-07-20 来源：大连胃肠医院

城市中国人，菌群在西化；隔日禁个食，菌好还减肥~

今天是第513期日报。

Microbiome：城市化，让中国人的菌群西化

Microbiome[IF:8.496]

① 对比中国湖南省的农村和城市人口的肠道菌群、血浆代谢组、饮食习惯和健康标志物；② 城市人口中，相对丰度教高的微生物，与其他研究中发现的疾病相关物种类似，且也在美国人体微生物组计划中更为普遍；③ 城市化与微生物多样性的缺失以及病毒、真菌和细菌相对丰度的变化都有关；④ 基因多样性，连同与抗生素耐药和毒性的序列，则在城市人口中增加，这与大肠杆菌、志贺氏杆菌的存在强烈相关；⑤ 城市化让中国和美国人的肠道菌群组成的进化趋同。

Recent urbanization in China is correlated with a Westernized microbiome encoding increased virulence and antibiotic resistance genes

2017-09-15 DOI: 10.1186/s40168-017-0338-7

Cell子刊：隔日禁食，造菌群促减肥！

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 给小鼠进行15个周期（30天）的隔日禁食（EODF），这刺激了在白色脂肪组织生成棕色脂肪，并大幅改善肥胖、胰岛素抵抗和肝性脂肪变性；② EODF使得肠道菌群的组成发生改变，增加发酵代谢产物乙酸和乳酸，增强棕色脂肪细胞中单羧酸转运蛋白-1的表达；③ 无菌小鼠抵抗EODF诱导的脂肪棕色化，在移植了进行EODF的小鼠菌群后，无菌小鼠的脂肪棕色化被激活，代谢稳态被改善；④ 这为脂肪棕色化和代谢疾病的治疗提供了新的机制研究思路。

Intermittent Fasting Promotes White Adipose Browning and Decreases Obesity by Shaping the Gut Microbiota

2017-09-16 DOI: 10.1016/j.cmet.2017.08.019

COCNMC：2018，IBS何去何从？(综述)

Current Opinion in Clinical Nutrition and Metabolic Care[IF:4.023]

① 并无足够的证据支持膳食纤维在肠易激综合征（IBS）中的有效作用（车前草除外），近期的研究发现益生元对于IBS的效果十分有限；② 近期的益生菌相关临床试验继续呈现出不同的结果，某些益生菌菌株表现出有效作用，而另外一些则没有显著效果；③ 近期的临床试验确认了低FODMAP（可发酵低聚糖、二糖、单糖及多元醇含量较低）饮食在IBS中的疗效；④ 研究发现了薄荷油在IBS中的潜在效应，需要进一步研究。

Irritable bowel syndrome and diet: where are we in 2018?

2017-09-01 DOI: 10.1097/MCO.0000000000000416

TI：口腔黏膜屏障中的免疫反应（综述）

Trends in Immunology[IF:13.287]

① 口腔黏膜持续暴露在菌群、咀嚼带来的持续伤害、饮食/空气来源的抗原中，暴露可触发免疫反应；② 介绍口腔黏膜屏障的基本特征，讨论可调节/训练局部免疫反应的因素，③ 口腔菌群在训练口腔黏膜稳态免疫中起重要作用，免疫反应也可调节口腔菌群，如IL-17信号通路调控共生口腔真菌（白色念珠菌）；④ 牙周炎患者的口腔菌群紊乱可使局部产生持续性炎症病理表现；⑤ 重点关注齿龈（持续暴露在刺激及动态环境中，其稳态常被破坏）处的免疫细胞网络。

Tissue-Specific Immunity at the Oral Mucosal Barrier

2017-09-09 DOI: 10.1016/j.it.2017.08.005

Microbiome：利用MinION，分析细菌群落

Microbiome[IF:8.496]

① 针对6个样本，扩增浓度已知的细菌rRNA操纵子序列（~4200bp），利用MinION系统测序；② 从近90000读长中，获得约33000个正反向序列，形成超过10000个可利用于分析的2D序列；③ 定量检测到超过1000种操作分类单元（OTU），不同rRNA操纵子的全序列覆盖从1到1951x；④ 开发出在5个细菌门中，从30个OTU中重建＞35x覆盖度的rRNA操纵子的迭代组装方法；⑤ 基于操纵子的16S和23S rRNA基因系统进化分析，展示出类似的种/株水平分辨率的树状拓朴结构。

Profiling bacterial communities by MinION sequencing of ribosomal operons

2017-09-15 DOI: 10.1186/s40168-017-0336-9

EMBOR：如何进行病毒分类？

EMBO Reports[IF:8.568]

① 将病毒分类的难度极大，一方面因为病毒并非细胞，缺少所有的蛋白质机器；② 另一方面是因为病毒需要依赖于其宿主进行复制，无法根据基于生殖隔离的原理来将不同病毒物种区分开来；③ 另外，病毒常常与其宿主或与其它病毒进行遗传物质的交换，使得通过系统发育树（常用于原核生物的分类）建立不同病毒之间的进化关联变得更加困难；④ 人类已经建立了不同的病毒分类方法，正在蓬勃发展的宏基因组学在病毒分类中应用广泛。

Viral taxonomy: The effect of metagenomics on understanding the diversity and evolution of viruses

2017-09-06 DOI: 10.15252/embr.201744982

Science：通过Paneth细胞，人类进一步了解克罗恩病

Science[IF:37.205]

① 克罗恩病患者的特征为小肠末端回肠（宿主-菌群互作较为强烈的部位）炎症；② Paneth细胞（一种特化的小肠上皮细胞）的自噬及内质网应激（未折叠蛋白反应，UPR）共同受损可驱动回肠炎症的发生；③ Bel等人的最新研究发现，Paneth细胞可通过分泌溶菌酶抑制细菌入侵；④ 在致病菌入侵后破坏高尔基体并干扰分泌的情况下，Paneth细胞可通过可通过分泌性自噬，绕开传统的分泌途径分泌溶菌酶；⑤ 自噬基因Ath16L1的突变与人的克罗恩病风险上升相关。

The road to Crohn's disease

2017-09-08 DOI: 10.1126/science.aao4158

BT：利用微生物发酵，将食物残渣变成良好化肥（综述）

BIORESOURCE TECHNOLOGY[IF:5.651]

① 食物残渣在固体废弃物中的比例很高，将之堆肥化是一个有效的、对环境比较友好的处理方法；② 这种技术存在以下问题：成分复杂，影响工业化的效率、气味的释放、工业过程的监控；③ 堆肥化过程中的微生物主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门的细菌组成；④ 这种过程会释放一些温室气体，但与填埋相比，总量仍是降低的，对其气体释放的长期监控仍是有必要的；⑤ 食物残渣生成的肥料被认为是最经济最有效的修复土壤的物质。

Composting of food wastes: Status and challenges

2017-06-27 DOI: 10.1016/j.biortech.2017.06.133