大连不可兼得？《自然》揭示进食如何调节肠
不可兼得？《自然》揭示进食如何调节肠道的屏障防御与营养吸收
今天是第1368期日报。
Nature：吸收营养or增强防御？肠屏障的神经免疫调节器
Nature[IF:43.07]
① 肠道固有层中，表达血管活性肠肽（VIP）的肠神经元与表达VIP受体2型（VIPR2）的CCR6+ 3型天然淋巴细胞（ILC3）细胞簇存在近距离互作；② VIPR2活化使ILC3生成的细胞因子IL-22减少，导致肠上皮细胞（IEC）产生的RegIIIγ等抗菌肽减少，可削弱肠屏障功能（加剧肠道致病菌移位），同时IEC的脂质结合和转运蛋白表达增加；③ 进食可快速活化VIP神经元，经VIP-ILC3轴引起肠道菌群的餐后变化，促进附于肠上皮的分节丝状菌生长，并增加脂质吸收。
Feeding-dependent VIP neuronILC3 circuit regulates the intestinal barrier
02-12, doi: 10.1038/s41586-020-2039-9
【主编评语】肠粘膜不仅参与摄取食物营养和菌群代谢物，同时还有重要的屏障功能，防止微生物入侵并抑制对肠腔内容物的炎症反应。Nature最新上线的一项研究，揭示了调节肠屏障吸收营养和抗微生物防御作用的一个关键的神经免疫回路。该研究表明，进食可快速激活肠道中表达VIP的神经元，从而抑制免疫细胞ILC3产生IL-22，这会增强肠上皮细胞的脂质吸收功能，但同时减少了抗菌肽表达，影响肠道屏障功能和菌群组成。这些发现有助于解释为何进食时间紊乱会削弱肠屏障、促进菌群失调、加剧代谢失衡，为减少脂质吸收和增强肠道屏障提供了新的潜在治疗靶点。（@mildbreeze）
Nature子刊：超长DNA片段提取助力纳米孔测序对复杂环境单菌基因组的组装
Nature Biotechnology[IF:31.864]
① 虽然基因组中重复元件结构对于理解基因组功能至关重要，但使用常规短读长的测序去组装重复元件非常困难；② 本文提出一套测序流程（Lathe）结合长读长序列组装和短读长序列纠错可以从复杂的微生物群落中组装完整的基因组；③ 这套流程成功在12种细菌的模拟群落中组装出7个完整基因组，在13个人类粪便样本中组装了20个环状基因组；④ 这一方法将在研究微生物功能尤其是重复元件的作用等方面具有广阔应用前景。
Complete, closed bacterial genomes from microbiomes using nanopore sequencing
02-10, doi: 10.1038/s41587-020-0422-6
【主编评语】基于二代测序让我们对复杂环境微生物群落组成和功能有了进一步的认识，然而更深层次的研究就需要从复杂环境中组装得到完整基因组，虽然三代测序准确率有待提升，但是却帮助我们将序列读长扩展到足够用的地步，可我们却还是无法从复杂环境中得到可用于三代测序的大片段DNA。因此，从复杂环境中组装完整基因组的工作，从样本提取就开始困难重重，本文提出了一整套方案，从样本提取到下游的生物信息学分析，带我们跨越障碍，组装高质量基因组。（@刘永鑫-中科院遗传发育所-宏基因组）
Nature子刊：密歇根克雷伯菌或可抑制大肠杆菌定植
Nature Microbiology[IF:14.3]
① 链霉素处理使单笼饲养小鼠肠道菌群发生随机变化，变形菌门细菌多样性降低；② 链霉素处理后，大肠杆菌能在多数单笼饲养小鼠肠道定植，而同笼饲养小鼠肠道中密歇根克雷伯菌丰度高，能抑制大肠杆菌定植；③ 与大肠杆菌相比，密歇根克雷伯菌对单糖利用有优势；④ 给小鼠补充大肠杆菌可利用、密歇根克雷伯菌不能利用的半乳糖醇，可抵消后者对前者定植的抵抗作用；⑤ 密歇根克雷伯菌可阻止鼠伤寒沙门氏菌在小鼠肠道的定殖，延长宿主存活时间。
Klebsiella michiganensis transmission enhances resistance to Enterobacteriaceae gut invasion by nutrition competition
01-20, doi: 10.1038/s41564-019-0658-4
【主编评语】肠道菌群中含有有益的微生物，可以防止病原体的定植。抗生素治疗会破坏肠道菌群结构，降低对病原菌的抵抗。Nature Microbiology最近发表的文章，研究了小鼠同笼饲养对密歇根克雷伯菌抑制大肠杆菌定植的影响。结果显示，密歇根克雷伯菌可能通过营养竞争的方式抑制大肠杆菌的定植。同时，研究还表明，密歇根克雷伯菌延缓了病原体鼠伤寒沙门氏菌在小鼠肠道中的定植，延长了小鼠存活时间。本研究提示，宿主间传播/共享的微生物或可抑制病原菌的定植，最大限度地减少抗生素的负面影响。（@nana）
您也许对以下文章感兴趣：
