大连6月，最值得看的30篇菌群文献！
6月，最值得看的30篇菌群文献！
今天是第792期日报。
一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]
① 菌群研究和分析方法正高速发展，研究方法标准化、数据共享平台的推广为联合独立项目、完善已有成果提供可能；② 实验设计需合理设置空白和对照组，并考虑实验动物的习性；③ 可参考对已知菌群的分析效果，决定采用标志基因组、元基因组还是转录组分析方法；④ 基于序列实际差异的菌群分析方法应逐步代替OTU分析；⑤ 基于菌群相对丰度的相关性分析容易出现假阳性，需要优化分析方法；⑥ 多组学数据联合有助于进行全面的、机制性的菌群研究。
Best practices for analysing microbiomes
05-23 DOI: 10.1038/s41579-018-0029-9
一文读懂：膳食纤维如何影响肠道菌群和健康（必读综述）
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 膳食纤维有利于维持肠道菌群健康，增加其多样性和功能；② 膳食纤维及其菌群代谢产物短链脂肪酸，可增强肠道屏障功能（促进粘液生成和连接蛋白表达）、降低肠腔内的氧含量、维持免疫系统健康；③ 对炎性肠病、结直肠癌、慢阻肺、哮喘、肥胖和糖尿病等免疫和炎症相关疾病均有益；④ 膳食纤维还能结合并调节营养物质和胆汁酸的吸收和代谢，其菌群代谢产物阿魏酸也对身体有益；⑤ 推荐每天50g的膳食纤维摄入量，但具体数值应根据个体情况决定。
The Impact of Dietary Fiber on Gut Microbiota in Host Health and Disease
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.012
肠道菌群在营养和健康中的作用（综述）
British Medical Journal[IF:20.785]
① 肠道菌群影响免疫、能量代谢等人体健康的诸多方面，菌群失调和多样性降低与多种疾病相关；② 饮食和营养影响肠道菌群，菌群发酵膳食纤维生成短链脂肪酸，有多种健康益处，三甲胺、吲哚丙酸等菌群代谢产物也对健康产生直接影响；③ 药物、食品添加剂、抗生素和杀虫剂，均可能对肠道菌群产生不良影响；④ 膳食纤维及益生元/菌等干预方法靶向肠道菌群，可对特定病症有改善作用，需更多随机对照临床试验进行验证；⑤ 个性化营养需考虑肠道菌群。
Role of the gut microbiota in nutrition and health
06-13 DOI: 10.1136/bmj.k2179
肠道菌群与代谢疾病：进展、机制和陷阱（综述）
Gut[IF:16.658]
① 代谢疾病中，基因、食物和药物影响菌群组成和数量、代谢产物和免疫间的平衡；② 菌群组成与肠道黏液层、抗微生物信号和SCFA生成相关；③ 丙酸和丁酸作用于GPCR，促进L细胞生成肠肽调节能量摄入和血糖，影响MAIT和Treg等免疫细胞，还能激活PPAR-γ以维持肠道厌氧环境，影响肠道屏障功能；④ 粪便普雷沃氏菌和Akk菌的研究提示，特定细菌的有益/害作用可能受多种因素影响，而不是绝对的；⑤ 谨防菌群研究中的“陷阱”，关联性不等于因果性。
Human gut microbiome: hopes, threats and promises
06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316723
Cell子刊：肠道菌群通过免疫途径调节宿主代谢
Cell Metabolism[IF:18.164]
① 果蝇的表达速激肽的肠内分泌细胞（EE）中，免疫缺陷（IMD）先天免疫通路信号可增强速激肽和胰岛素样肽3的表达、肠细胞脂动员和胰岛素信号；② IMD通路突变果蝇的代谢表型与无菌果蝇类似，果蝇幼虫的正常发育需要激活EE中的IMD通路；③ 肠道菌群代谢产物乙酸，经EE的膜受体PGRP-LC，使IMD通路活化，喂食乙酸或活化IMD通路均可加速无菌果蝇幼虫的发育；④ 先天免疫不仅是抵抗肠道感染的第一道防线，也为共生菌群调控宿主代谢提供一种途径。
The Drosophila Immune Deficiency Pathway Modulates Enteroendocrine Function and Host Metabolism
06-21 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.05.026
Nature子刊：色氨酸代谢平衡影响肠道菌群介导的代谢健康
Nature Medicine[IF:29.886]
① 高脂饮食显著增加小鼠肠道的吲哚胺2,3-加双氧酶（IDO）活性，促进色氨酸分解代谢为犬尿氨酸，限制了肠道菌群的吲哚-3-乙酸等色氨酸代谢产物生成；② 敲除编码IDO的基因Ido1或用药物抑制IDO活性，可改善高脂饮食喂养小鼠的胰岛素敏感性、肠粘膜屏障、内毒素和慢性炎症、肝脏和脂肪组织的脂代谢；③ 上述益处与肠道菌群变化和IL-22水平上升有关，用抗体中和IL-22可消除敲除Ido1的益处；④ 肥胖和糖尿病患者中也存在同样的色氨酸代谢变化。
Genetic deficiency of indoleamine 2,3-dioxygenase promotes gut microbiota-mediated metabolic health
06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0060-4
Cell子刊：一文读懂，肠道菌群如何调节色氨酸代谢（综述）
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 在肠道中，色氨酸代谢主要通过3个途径；② 肠道菌群直接代谢色氨酸，代谢产物包括芳香烃受体的配体，在免疫稳态、肠道屏障功能中发挥作用；③ 免疫细胞及上皮细胞通过吲哚胺2,3-加双氧酶1（IDO1）介导的犬尿氨酸途径，在炎症、免疫反应、神经功能中扮演重要角色；④ 肠嗜铬细胞通过色氨酸羟化酶1（TpH1）介导的5羟色胺产生途径，肠道来源的5羟色胺具有刺激肠道运动、促进肠-脑轴信号等功能；⑤ 在不同疾病中，3个代谢途径受到不同的影响。
Gut Microbiota Regulation of Tryptophan Metabolism in Health and Disease
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.003
菌群与肝脏的双向交流，如何影响肝病与健康（综述）
Trends in Immunology[IF:13.287]
① 肠道和肝胆道存在宿主特异性菌群定植，肠道菌群影响肠壁屏障的完整性；② 肠道菌群调控肝脏和代谢功能，参与酒精性和非酒精性脂肪肝等的发病，胆汁酸及FXR等肝脏来源的信号影响菌群；③ 晚期肝病出现菌群成分易位所致的相关症状，菌群调控代谢性肝病的敏感性，原发性硬化性胆管炎、肝硬化及肝性脑病与菌群相关；④ 循环性菌群成分促进晚期肝病的发病；⑤ 肝-菌群双向交流在健康和各种肝脏疾病中发挥重要作用，可能成为治疗晚期肝病的靶点。
LiverMicrobiome Axis in Health and Disease
05-26 DOI: 10.1016/j.it.2018.05.002
胆汁酸在肠-肝轴中的作用（综述）
Journal of Hepatology[IF:12.486]
① 胆汁酸（BA）通过G蛋白耦联受体（TGR5）和法尼酯X受体（FXR）控制宿主代谢通路和调控炎症应答，是肠-肝对话的关键介导因子；② 肠道菌群与BA双向互作，BA通过塑造宿主肠道免疫和部分内源性抗菌特性影响肠道菌群的组成；③ 肠道菌群组成的改变也影响了对BA的代谢，通过BA受体改变信号传导；④ FXR是调控脂质、葡萄糖代谢的核心通路，维持肠道稳态、肠道屏障完整性及肠道免疫；⑤ BA介导肠-肝交流，可望成为多种肝脏疾病的治疗靶点。
Role of bile acids in the gut-liver axis
03-05 DOI: 10.1016/j.jhep.2017.11.025
Nature子刊：肠道菌群及其代谢物引发脂肪肝
Nature Medicine[IF:29.886]
① 分析脂肪肝患者的粪便宏基因组、分子表型组（肝转录组、血浆和尿液代谢组）和临床表型；② 患者肠道菌群基因丰富度低，菌群的膳食脂质代谢、内毒素、芳香族和支链氨基酸的生物合成能力增强；③ 与此一致的是患者的代谢组特征，且肝脏免疫炎症等基因表达增强；④ 粪菌移植实验表明肠道菌群可引发脂肪肝，长期苯乙酸摄入（PAA，菌群芳香族氨基酸代谢产物）也有相似作用；⑤ 基于分子表型组学和宏基因组学的建模可用于预测脂肪肝情况。
Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women
06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0061-3
北大王初等：来自中药的黄芩苷如何缓解肥胖和脂肪肝
PNAS[IF:9.661]
① 黄芩苷是一种来源于中草药中的类黄酮，具有抗脂肪变性的活性；② 利用定量化学蛋白组学分析方法，鉴定出黄岑苷的关键靶点肉毒碱棕榈酰转移酶1（CPT1），后者是脂肪酸氧化中的控制酶；③ 黄芩苷直接激活肝脏中的CPT1，促进脂质向线粒体中的内流，用于脂肪酸氧化；④ 长期使用黄芩苷处理可缓解饮食诱导的小鼠肥胖及肝性脂肪变性，并系统性改善其它代谢失调；⑤ 对CPT1上预测的黄岑苷结合位点进行破坏，可完全消除黄岑苷的有益作用。
Chemoproteomics reveals baicalin activates hepatic CPT1 to ameliorate diet-induced obesity and hepatic steatosis
06-11 DOI: 10.1073/pnas.1801745115
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