大连干货汇总：菌群研究与肠道健康，8篇综

发布时间：2020-06-22 来源：大连胃肠医院

干货汇总：菌群研究与肠道健康，8篇综述读到爽！

今天是第789期日报。

Nature Reviews：共生菌和致病菌与肠道黏膜屏障间的互作（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 肠道共生菌酵解膳食纤维生成短链脂肪酸，供给肠道细胞能量；② 肠道细胞分泌黏液覆盖上皮粘膜层，共同构成肠粘膜屏障，黏液中含有的IgA和抗菌肽抵御有害共生菌和病原体入侵；③ 肠道致密共生菌保护其抵御病原体，而肠蠕动和附着性促进病原体定殖，肠道菌群组成或生理改变破坏肠粘膜屏障完整性；④ 小肠粘膜屏因具营养吸收功能，粘液层较薄；⑤ 致病菌的入侵策略包括：利用上皮细胞谱系、分泌酶降解粘液并破坏紧密连接、破坏粘液层和粘液生成。

Interactions of commensal and pathogenic microorganisms with the intestinal mucosal barrier

06-14 DOI: 10.1038/s41579-018-0036-x

Nature Reviews：一文读懂用于人体菌群研究的培养组学（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 培养组学使用多种培养条件促进难养菌生长，结合MALDI-TOF质谱和16S rRNA测序等技术，以鉴定细菌等微生物；② 人体肠道中存在约80%的未知细菌，近年来培养组学的应用不仅使可培养的人体细菌增加了上百种，还用于临床的致病菌分离鉴定，发现新的分类单元，减少了宏基因组的未分配OTU；③ 用培养组学获得的菌株可用于体外和动物实验，对于肠道菌群相关疾病的研究必不可少；④ 培养组学还能用于分离潜在的益生菌，是研发细菌疗法的基础。

Culturing the human microbiota and culturomics

06-24 DOI: 10.1038/s41579-018-0041-0

Cell：二代机器学习在生物网络中的应用（综述）

Cell[IF:30.41]

① 机器学习为一套数据分析技术，旨在从多维数据集中建立预测模型，可用于生物网络等研究复杂的细胞系统；② 二代机器学习方法可用于拓展对生物学网络及疾病生物学的认识、发现和开发新的治疗性化合物、研究和表征宿主-菌群互作，识别合成基因环路的设计规划和功能性网络结构；③ 机器学习与网络生物学交叉可应用于疾病生物学、药物研发、菌群研究和合成生物学等领域；④ 目前面临诸多挑战，如对数据量的巨大需要、模型的“黑盒子”等。

Next-Generation Machine Learning for Biological Networks

06-07 DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.015

肠道菌群与代谢疾病：进展、机制和陷阱（综述）

Gut[IF:16.658]

① 代谢疾病中，基因、食物和药物影响菌群组成和数量、代谢产物和免疫间的平衡；② 菌群组成与肠道黏液层厚度、抗微生物信号和SCFA生成相关；③ 丙酸和丁酸作用于GPCR，促进L细胞生成肠肽调节能量摄入和血糖，影响MAIT和Treg等免疫细胞，还能激活PPAR-γ以维持肠道厌氧环境，影响肠道屏障功能；④ 粪便普雷沃氏菌和Akk菌的研究提示，特定细菌的有益/害作用可能受多种因素影响，而不是绝对的；⑤ 谨防菌群研究中的“陷阱”，关联性不等于因果性。

Human gut microbiome: hopes, threats and promises

06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316723

一文读懂寄生虫-菌群互作（综述）

Trends in Immunology[IF:13.287]

① 寄生虫感染触发宿主的2型免疫反应，由警报素（IL-25、IL-33、TSLP）的释放开启；② 随后2型天然淋巴细胞活化，树突细胞成熟，Th2细胞分泌细胞因子促进B细胞分化并产生IgG及IgE抗体，M2巨噬细胞及嗜酸性粒细胞产生效应因子杀伤寄生虫；③ 寄生虫可能通过调节黏液分泌、肠道运动、黏蛋白糖基化、肠道pH值、肠道上皮损伤等改变肠道菌群；④ 寄生虫产物或虫卵可直接与肠道菌群互作，例如几丁质可作为特定菌种的底物或信号分子。

HelminthBacterial Interactions: Cause and Consequence

06-22 DOI: 10.1016/j.it.2018.06.002

一文读懂噬菌体与共生菌群和宿主免疫的互作（综述）

Trends in Microbiology[IF:11.02]

① 病毒组影响人类生理活动，其数量最多的组分是噬菌体；② 噬菌体调节病毒和细菌及菌群，与其原核及真核生物宿主相互作用；③ 噬菌体大部分基因转录在原噬菌体中被抑制，经细菌复制裂变分离，DNA损伤、其他刺激及基因表达随机波动可诱导原噬菌体基因组的去阻抑、切除和复制；④ 在体内，噬菌体对微生物构成和功能的作用，是否及如何调节细菌共生适应性，噬菌体之间及与真核生物的相互作用，机体免疫系统对噬菌体的影响和调节，仍需研究。

Close Encounters of Three Kinds: Bacteriophages, Commensal Bacteria, and Host Immunity

06-13 DOI: 10.1016/j.tim.2018.05.009

IBD治疗中的生物制剂（综述）

Mucosal Immunology[IF:7.478]

① 现有及在研中的治疗IBD的生物制剂包括：β7、α4、α4β7等整合素拮抗剂、IL-12/23 (p40)拮抗剂、IL-23 (p19)拮抗剂、TNF拮抗剂；② 临床治疗中使用生物制剂，应注意以下问题：避免产生抗药物的抗体、对体内药物水平进行监测、使用免疫调节剂进行联合治疗、疾病早期使用生物制剂的影响等；③ 一些新的生物制剂包括：抗MAdCAM药物/新型抗整合素药物等白细胞迁移阻断剂、JAK抑制剂、SIP-1抑制剂、磷酸二酯酶4抑制剂、SMAD7抑制剂等。

The current state of the art for biological therapies and new small molecules in inflammatory bowel disease

06-15 DOI: 10.1038/s41385-018-0050-3