大连都市现代化：生活变好了，菌群却没那么

发布时间：2020-06-29 来源：大连胃肠医院

都市现代化：生活变好了，菌群却没那么健康了

今天是第721期日报。

Nature Reviews：一文读懂城市化如何影响菌群和炎性肠病

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 城市化伴随着肠道菌群多样性和丰度降低，与炎性肠病（IBD）增加相关；② 城市居民的肠道菌群构成与乡村居民有显著差异（如后者中普氏菌属含量较高），与多种因素有关；③ 如卫生改善、饮食西化、食品添加剂和抗生素使用增加、污染物多、幼年期接触的微生物多样性减少；④ 某些共生菌在幼年期定殖于肠道，可“训练”发育中的免疫系统，降低IBD等疾病风险；⑤ 肠道病毒组、真菌组和寄生虫也受城市化影响，可能影响IBD，但研究不足。

Urbanization and the gut microbiota in health and inflammatory bowel disease

04-18 DOI: 10.1038/s41575-018-0003-z

Cell子刊：一文读懂结直肠癌相关的肠道菌群（综述）

Cancer Cell[IF:27.407]

① 结直肠癌相关的特定菌种包括：具核梭杆菌、产colibactin的大肠杆菌、产肠毒素的脆弱拟杆菌（ETBF）等；② 具核梭杆菌通过活化β-连环蛋白使肠道上皮细胞（IEC）生长失控；③ 编码聚酮化合物合成酶的大肠杆菌产生的colibactin具有基因毒性；④ ETBF可诱导精胺氧化酶产生活性氧，以损伤DNA；⑤ 硫酸盐还原细菌可产生具有基因毒性的硫化氢；⑥ 短链脂肪酸可通过抗炎、加强肠道屏障、减少IEC活性氧以抑制结肠炎症及肿瘤发生，但其作用及机制还有争议。

The Intestinal Microbiota in Colorectal Cancer

04-12 DOI: 10.1016/j.ccell.2018.03.004

靶向巨噬细胞治疗代谢疾病（综述）

Trends in Pharmacological Sciences[IF:12.797]

① 巨噬细胞在组织稳态、代谢疾病进展中起重要作用，是治疗胰岛素抵抗、非酒精性脂肪性肝病、动脉粥样硬化等疾病的理想靶点；② 最新的研究进展中，可特异性地靶向M1或M2巨噬细胞，并调节巨噬细胞中的特定基因；③ 包括炎症细胞因子TNF-α、IL-6、IL-1β，及趋化因子CCL2、CCL3、CCL5；④ 可利用特定受体（例如F4/80、CD11b、CD68）介导的吞噬作用，使药物靶向并进入巨噬细胞；⑤ 纳米颗粒、葡聚糖壳微粒、寡肽复合物等也可用于精确靶向巨噬细胞。

Macrophage-Targeted Therapeutics for Metabolic Disease

04-05 DOI: 10.1016/j.tips.2018.03.001

巨噬细胞在肠道定殖无需肠道神经系统

PNAS[IF:9.661]

① 肠道神经系统调节肌层巨噬细胞（MM）的炎症表型，在成年小鼠中，肠神经元是主要的集落刺激因子-1（CSF1）的来源；② 在发育过程中，MM先于肠神经元定殖与肠道中；③ 在Ret敲除小鼠（小肠及结肠中无神经系统）的肠道中中，发现了正常数量的MM，类似的，在先天性巨结肠患者（远端肠道缺乏神经节细胞）中，MM的丰度及分布也是正常的；④ 鉴定出内皮细胞及Cajal间质细胞是发育中的肠道的CSF1主要来源；⑤ 肠道神经系统对于MM的肠道定殖是非必需的。

Muscularis macrophage development in the absence of an enteric nervous system

04-17 DOI: 10.1073/pnas.1802490115

肠上皮发育过程中，菌群如何影响转录组和DNA甲基化

Genome Medicine[IF:7.071]

① 收集1周、4周、12周及16周龄的正常及无菌小鼠（代表婴儿期、青少年期、成年期）小肠中的肠道上皮细胞（IEC）；② 菌群依赖及非依赖性过程共同塑造IEC转录组及DNA甲基化特征的产后发育；③ 细菌对转录组的影响随时间增加，而大多数菌群依赖性的DNA甲基化差异在出生后早期即出现；④ 应答菌群的转录产物主要为产后发育阶段特异性的细胞过程，以及免疫通路、代谢过程等相关的调节基因；⑤ 鉴定出126个基因位点的DNA甲基化及RNA转录与菌群相关。

Exposure to the gut microbiota drives distinct methylome and transcriptome changes in intestinal epithelial cells during postnatal development

04-13 DOI: 10.1186/s13073-018-0534-5

台湾健康人的母乳菌群组成

Journal of Food and Drug Analysis[IF:3.048]

① 在6个月的时期内收集33名台湾健康母亲的母乳，分析母乳菌群的组成；② 在初乳及过渡期的母乳样本中，分别检测到154个及127个细菌物种，2种母乳中有42.6%的细菌物种相同；③ 母乳中最常见的细菌物种是表皮葡萄球菌、人乳链球菌、溶血性葡萄球菌，提示皮肤菌群对母乳菌群组成的重要影响；④ 4种乳杆菌属物种仅在21%的母乳样本中被检测到，而双歧杆菌几乎不存在于检测的母乳样本中；⑤ 金黄色葡萄球菌在所有母乳样本中均可检测到。

Profiles of commensal and opportunistic bacteria in human milk from healthy donors in Taiwan

04-05 DOI: 10.1016/j.jfda.2018.03.004

研究室内菌群，用基于RNA的分析方法更靠谱

Microbiome[IF:8.496]

① 在分析建筑环境中的菌群时，基于DNA的分析方法获得的大多微生物可能是死的或代谢不活跃的，而基于rRNA的方法获取的信息可能更能代表活的或代谢活跃的微生物；② 对比基于DNA及RNA的分析方法（分析DNA序列及rRNA转录产物），发现两者在分类学、群落结构、菌群相关网络中均存在显著区别；③ 基于DNA的分析方法鉴定出的一些罕见分类群，在基于RNA的分析方法中显示出更高的代谢活性；④ 提示直接分析rRNA更能真实反映出活跃的建筑环境菌群。

A comparison of methods used to unveil the genetic and metabolic pool in the built environment

04-16 DOI: 10.1186/s40168-018-0453-0

人口密度对城市绿地土壤菌群有何影响

Environmental Science & Technology[IF:6.198]

① 分析来自不同人口密度地区和主要城市环境绿地中的土壤菌群多样性、菌群组成和相互作用；② 细菌多样性与人口密度显著正相关，与住宅区土壤相比，公园和街道土壤菌群的物种多样性更高；③ 人口密度和绿地类型导致了菌群组成的显著差异，与土壤pH值、水分和质地也显著相关；④ 城市土壤菌群有良好的相关性，高密度人群地区丰富的土壤细菌互作较少，而高湿度土壤中丰富的细菌有较多的相互作用；⑤ 城市人口和土地利用变化对土壤菌群有重要影响。

Soil Bacterial Diversity Is Associated with Human Population Density in Urban Greenspaces

04-12 DOI: 10.1021/acs.est.7b06417