大连用对实验模型，研究菌群和疾病才能事半

用对实验模型，研究菌群和疾病才能事半功倍

今天是第706期日报。

Nature：“脏”小鼠或许更适合疾病和药物研究

Nature[IF:40.137]

① 在小鼠中成功的药物约90%无法通过临床试验，有研究者认为这与实验小鼠过于干净有关；② 实验小鼠缺少感染，免疫系统相当“稚嫩”，而野生小鼠的免疫情况与人体更为相似；③ 通过与宠物店小鼠共饲养、感染病原体、移植野生小鼠肠道菌群等方法使实验小鼠“变脏”，可显著改善其免疫系统，增加对感染的抵抗力，且暴露于致结肠癌物质时疾病程度较轻；④ 缺乏设施支持是主要困难，但使用“脏”实验小鼠进行临床前药物研发的工作已经开展。

Squeaky clean mice could be ruining research

04-04  DOI: 10.1038/d41586-018-03916-9

PLoS Biology：选对实验系统，多快好省的研究菌群

PLoS Biology[IF:9.797]

① 菌群研究发现微生物组的巨大作用，进一步的研究菌群功能及与疾病的因果性，需要考虑实验系统的选择；② 共生领域的研究人员利用水螅、鱿鱼、蚜虫、鱼等实验系统，有效地解决了一些关键的科学问题；③ 小鼠模型是菌群研究的扛把子，但其肠道和共生菌群与人存在差异，因此存在缺陷；④ 使用更易处理的线虫、果蝇、斑马鱼等系统或许也在某些研究中发挥关键作用；⑤ 菌群的研究系统宜稍加丰富，应当促进不同学科人员的交流，改进和应用新系统。

Which experimental systems should we use for human microbiome science?

03-19  DOI: 10.1371/journal.pbio.2005245

Nature子刊：一个新的在线系统生物学分析工具XCMS

Nature Protocols[IF:10.032]

① XCMS是在线的系统生物学分析工具，用于代谢组数据分析；② 介绍了一个在其基础上新开发的分析流程，使得我们可以从代谢组原始数据出发，快速地挖掘出特异表达的代谢通路，支持整合基因组、蛋白组等多组学数据，有利于发现新的机制；③ 详尽阐述了使用该流程分析代谢组数据的步骤，展示了将多组学数据叠加到特异表达代谢通路和数据可视化的一些实例；④ 一次典型的分析耗时在半天以内，体现了该流程的方便性和快捷性。

Data processing, multi-omic pathway mapping, and metabolite activity analysis using XCMS Online

03-01  DOI: 10.1038/nprot.2017.151

Microbiome：瘤胃菌群移植如何改变受体肉牛的瘤胃菌群

Microbiome[IF:8.496]

① 分析瘤胃菌群移植后，受体肉牛的瘤胃菌群如何变化及重建；② 不同的肉牛个体在瘤胃菌群移植后，展现出显著不同的细菌群落重建模式，个体间的细菌恢复模式及程度在属水平上具有显著差异；③ 红蝽菌科、粪球菌属、乳杆菌属对移植的响应最大；④ 18个细菌种系型与宿主发酵参数相关，提示这些种系型可作为改善肉牛饲料转化效率的靶点菌群；⑤ 不同个体之间的古菌群落重建模式也存在差异，一些个体在接受移植后，瘤胃古菌恢复到移植之前的状态。

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