大连医疗难题：如何应对日益严峻的细菌耐药

医疗难题：如何应对日益严峻的细菌耐药性问题？

今天是第672期日报。

Nature子刊：耐药性感染带来的临床挑战及应对

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 对高耐药性的感染性疾病，尤其是由革兰氏阴性菌引起，需要开发新的治疗手段，但仍面临不小的挑战；② 临床诊断方面，以往都是根据白细胞数和C反应蛋白等进行诊断，但存在特异性差的问题，需要能很快确定致病菌的新手段；③ 其他挑战还包括临床医生开处方时是否能做到针对性治疗、抗生素临床管理和经验交流等；④ 解决方案包括开发推广快速廉价且特异性好的诊断方法，并进行个体化、安全有效、能抑制耐药的单价或联合用药治疗。

Clinical challenges in antimicrobial resistance

02-20  DOI: 10.1038/s41564-018-0121-y

Lancet子刊：WHO推进微生物耐药性全球监测系统

The Lancet Infectious Diseases[IF:19.864]

① 2015年10月22日，世界卫生组织发布了全球抗微生物药物耐药性监测系统（GLASS），是首个全球合作的标准化抗微生物药物耐药性监测手段；② GLASS提供了收集、分析、共享抗微生物药物耐药性数据的标准化方案，并记录了已有或新开发的各个国家级监测系统；③ GLASS收集的数据不仅包括实验室数据，还包括流行病学、临床、人群水平等方面的数据；④ 2017年7月8日，42个参与国家中的40个向GLASS提供了系统信息，20个国家提供了2016年的数据。

WHO Global Antimicrobial Resistance Surveillance System early implementation 201617

01-29  DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30060-4

mBio：警惕医院内的抗生素耐药性

mBio[IF:6.956]

① 碳青霉烯酶产生菌（CPO）分布广、难清除，尽管病人感染率很低，但在重症监护室废水和外排污口均检测到CPO；② CPO和携带耐药基因的质粒均具有多样性，CPO的种属及耐药性在环境和临床样品中存在差异；③ 医院相关环境菌群可能携带大量可移动基因元件，促进耐药性传播，环境和临床样品中广泛存在骨架相同的质粒；④ 通过大规模监测，发现了存在碳青霉烯耐药性克雷伯氏菌属的院内感染风险；⑤ 对医疗环境进行全面的耐药性监控有助于防控院内感染。

Genomic Analysis of Hospital Plumbing Reveals Diverse Reservoir of Bacterial Plasmids Conferring Carbapenem Resistance

02-06  DOI: 10.1128/mBio.02011-17

Bioinformatics：在宏基因组中分析ARG的新工具

Bioinformatics[IF:7.307]

① 为了从宏基因组数据集中快速鉴定并定量分析抗生素耐药基因（ARG），开发一款在线分析工具ARGs-OAP；② ARGs-OAP中包含一个结构化ARG数据集（SARG）；③ 新发布的SARG 2.0版本包括了CARD及ARDB数据库的序列，并纳入了NCBI-NR数据库中的最新序列，新版本的序列量为旧版本的3倍；④ ARGs-OAP 2.0版本利用SARGfam（一个高质量隐马尔可夫模型）提供了基于模型的组装序列鉴定；⑤ 并利用单拷贝必需基因的平均覆盖度，改善了细胞数量定量分析。

ARGs-OAP v2.0 with an Expanded SARG Database and Hidden Markov Models for Enhancement Characterization and Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Metagenomes

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