大连高通量+无偏差：新方法助力菌群研究

高通量+无偏差：新方法助力菌群研究

今天是第657期日报。

Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法

Nature Biotechnology[IF:41.667]

① 通过多步骤优化得到小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的全长cDNA，搭配合成长读测序，可用高通量方法获得高质量、无引物偏倚的SSU rRNA全长序列；② 用该方法分析7种环境样本的微生物群落构成，得到超过一百万个SSU rRNA序列，涵盖细菌、古细菌和真核生物，原始错误率约0.17%，与鸟枪法RNA测序相比无明显偏差；③ 对比现有SILVA数据库，观察到约半数新多样性；④ 该方法可使现有参考数据库以数量级方式扩展，帮助完善对全球微生物的分类和编目。

Retrieval of a million high-quality, full-length microbial 16S and 18S rRNA gene sequences without primer bias

01-01  DOI: 10.1038/nbt.4045

JCI：FODMAP饮食促进肠道炎症的机制是什么

Journal of Clinical Investigation[IF:12.784]

① 大鼠食用高FODMAP饮食（HFM），可增加粪便中的革兰氏阴性菌，提高脂多糖（LPS）的浓度，引起肠道炎症、屏障功能障碍、内脏高敏感性（VH）；② 抗生素处理可抑制上述症状，低FODMAP饮食（LFM）可逆转上述症状；③ 给大鼠结肠内灌注LPS、肠易激综合征（IBS）患者或HFM大鼠的粪便上清，可造成肠道屏障功能障碍及VH，用LPS拮抗剂治疗或敲除TLR4可抑制病症；④ IBS患者的粪便LPS高于健康人，LFM处理4周显著改善IBS患者的症状并降低粪便LPS水平。

FODMAP diet modulates visceral nociception by lipopolysaccharide-mediated intestinal inflammation and barrier dysfunction

01-02  DOI: 10.1172/JCI92390

Cell子刊：肠道共生菌中的屎肠球菌或可传播神经毒素

Cell Host and Microbe[IF:14.946]

① 肉毒杆菌神经毒素（BoNT）由一些梭菌属的菌株产生，是潜在的生物武器；② 在奶牛粪便中分离出的屎肠球菌中鉴定出BoNT样毒素BoNT/En；③ BoNT/En可切割神经元中的2种介导突触小泡分泌的蛋白VAMP2及SNAP-25，但切割位点与BoNT不同；④ 比较基因组学分析显示，携带BoNT/En的屎肠球菌菌株是一种共生菌类型，编码BoNT/En的基因位于一个假定的206kb大小的接合质粒上的典型BoNT基因簇中。

Identification of a Botulinum Neurotoxin-like Toxin in a Commensal Strain of Enterococcus faecium

01-25  DOI: 10.1016/j.chom.2017.12.018

Microbiome：共生菌群调节宿主皮肤的基因表达

Microbiome[IF:8.496]

① 皮肤上共有2820个与宿主免疫反应和表皮分化有关的基因受菌群调节；② 先天免疫反应基因与细胞因子活性相关的基因在菌群的影响下上调，包括toll样受体基因、抗菌肽基因，补体级联反应基因、IL-1家族细胞因子信号基因、T细胞归巢基因；③ 菌群也会通过调节表皮分化簇（EDC）基因的表达以调节表皮分化和发育，具有共表达模式的基因富集于转录因子Klf4，AP-1和SP-1的结合位点；④ 同时鉴定出皮肤和胃肠道中共有的菌群对转录的调控特征。

Commensal microbiota modulate gene expression in the skin

01-30  DOI: 10.1186/s40168-018-0404-9