大连洞察菌群：了解组成很必要，了解功能更

发布时间：2020-07-13 来源：大连胃肠医院

洞察菌群：了解组成很必要，了解功能更重要~

今天是第586期日报。

TM：了解肠道菌群的功能更重要（必读观点文）

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 菌群研究中，宏转录组、宏蛋白质组、代谢组等功能组比宏基因组具有更高的扰动敏感度和变化性，更适于菌群功能特性的研究；② 应注意组学研究中存在的大量未知（细菌分类、基因、蛋白、代谢物）和菌群整体功能的动态变化及冗余；③ 对未知功能的菌群基因可依其同源性进行归纳，并根据出现频率总结出最需研究的基因列表，用体外、动物和人体试验，对可能影响健康/疾病的基因功能进行针对性研究；④ 整合组学研究可揭示新的菌群功能。

Human Gut Microbiome: Function Matters

2017-11-22 DOI: 10.1016/j.tim.2017.11.002

Nature Reviews：一文读懂PPI相关并发症和风险（必读综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 文献报道长期使用质子泵抑制剂（PPI）的并发症越来越多，强效抑酸作用诱导胃粘膜多种结构性和功能性改变，幽门螺杆菌感染时加重；② PPI治疗患者有轻中度风险感染艰难梭菌等，PPI治疗影响小部分接受利尿剂治疗的慢性肾疾病患者的镁和钙稳态，老年人使用PPI骨折发生率低；③ 混杂因素多且缺乏可信机制，导致多数PPI相关的严重不良事件缺乏足够证据；④ FDA推荐服用氯吡格雷者避免使用PPI，有适应症者应使用最小有效剂量和最短有效持续时间。

Proton-pump inhibitors: understanding the complications and risks

2017-12-01 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.117

张发明等：粪菌移植对IBD患者有显著成本效益

Oncotarget[IF:5.168]

① 对104名接受粪菌移植治疗IBD的患者进行分析；② 对不同年龄、性别、吸烟状态、疾病亚型的患者进行增量成本效益比（ICER）及净货币效益（NB）分析；③ 患者支付意愿阈值设置为人均GDP的3倍；④ 从健康角度，与在粪菌移植前接受传统治疗的患者相比，粪菌移植的ICER为-185712元/QALY，NB为45150元；⑤ 从社会角度，粪菌移植的ICER为-207417元/QALY，NB为48395元；⑥ 24岁以下的年轻患者、女性、非吸烟者及克罗恩病患者从粪菌移植中获益更多。

Cost-effectiveness analysis of fecal microbiota transplantation for inflammatory bowel disease

COM：人一生中的鼻腔菌群变化（必读综述）

Current Opinion in Microbiology[IF:6.635]

① 鼻腔菌群通过抵抗病原菌、提高免疫应答以维护微环境健康，在一生中随环境而改变，可能会导致短期或长期健康问题；② 婴儿阶段，人类鼻病毒（HRV）和呼吸道合胞病毒（RSV）可能导致急性呼吸道感染，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和金黄色葡萄球菌会使鼻腔菌多样性降低；③ 青春期前儿童鼻腔菌群中变形菌门和壁厚菌门较多，而成人放线菌门占比较多，身体衰老也可能影响鼻腔菌群；④ 鼻腔菌群具有治疗和预防呼吸道感染、调节呼吸道疾病的潜在作用。

Bacterial microbiota of the nasal passages across the span of human life

2017-11-17 DOI: 10.1016/j.mib.2017.10.023

FM：戊己丸调节肠道菌群，改善大鼠的IBS症状

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 炎症后肠易激综合征（PI-IBS）大鼠喂食戊己丸提取物或匹维溴铵；② 戊己丸可有效缓解腹痛、结肠动力异常及内脏高敏感性；③ 戊己丸可逆转PI-IBS引起的肠道菌群丰度降低，并显著增加Akk菌、拟杆菌属及Parasutterella的丰度；④ 另外，戊己丸可通过在结肠上皮细胞中增加黏蛋白的释放、上调紧密连接蛋白（闭合蛋白与ZO-1）、下调MLCK的表达，促进结肠粘膜中杯状细胞的增殖。

Wuji Wan formula ameliorates diarrhoea and disordered colonic motility in post-inflammation irritable bowel syndrome rats by modulating the gut microbiota

2017-11-23 DOI: 10.3389/fmicb.2017.02307

STM：测序+流行病学分析，揭示耐药菌爆发的传播途径

Science Translational Medicine[IF:16.796]

① 2008年在美国爆发了碳青霉烯耐药性肺炎克雷伯菌感染；② 通过整合基因组测序及流行病学方法，建立了在此次爆发期间，耐药性肺炎克雷伯菌的传播网络；③ 院内患者之间的传播在此次爆发期间起到重要作用，一小部分的患者间传播事件已足够解释耐药性肺炎克雷伯菌的区域传播；④ 鉴定出一个私人疗养院是爆发早期的一个关键“桥梁”；⑤ 模拟实时疫情爆发，通过上述整合性分析方法可快速推断出疫情的来源，并分析出传播方式。

Integrated genomic and interfacility patient-transfer data reveal the transmission pathways of multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae in a regional outbreak

2017-11-22 DOI: 10.1126/scitranslmed.aan0093

STM：单一患者引发的耐药菌爆发

Science Translational Medicine[IF:16.796]

① 革兰氏阴性肺炎克雷伯菌是院内感染的主要原因之一；② 2011年美国NIH临床中心经历了一次碳青霉烯耐药性肺炎克雷伯菌爆发，18人感染11人死亡；③ 对分离出的菌株进行全基因组测序分析，追踪出感染的来源是单一患者，并通过了3次独立的传播，该患者出院后3周才发生了第二起感染事件；④ 从2名患者中鉴定出8个粘菌素耐药性菌株的独特突变；⑤ 利用基因组测序可鉴定出耐药菌株的传播途径，并将患者体内的菌株与环境或院内设施中的分离株相关联。

Tracking a hospital outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with whole-genome sequencing

2012-08-22 DOI: 10.1126/scitranslmed.3004129

TM：干扰素在持续性鼠诺如病毒感染中的作用（综述）

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 小鼠诺如病毒（MNV）持续性感染模型提示先天性免疫可控制早期和持续性病毒感染，而不依赖于获得性免疫功能；② 干扰素（IFN）是控制针对持续性MNV的先天免疫的核心，且可调控获得性免疫；③ IFN-α/β控制MNV的系统性复制，IFN-λ控制MNV在肠道上皮中（IEC）的持留；④ MNV非结构性蛋白NS1决定其对肠道上皮细胞（IEC）的向性运动和持续性病毒的脱落；⑤ 许多问题尚待回答，如IFN-λ的产生及应答如何影响人MNV感染与发病？

The Role of Interferon in Persistent Viral Infection: Insights from Murine Norovirus

2017-11-17 DOI: 10.1016/j.tim.2017.10.010